Sel eukariotik biasanya jauh lebih besar daripada prokariota. Mereka bisa sampai 10 kali lebih besar. Sel eukariota memiliki banyak membran dan struktur internal yang berbeda, yang disebut organel. Mereka juga memiliki sitoskeleton. Sitoskeleton terdiri dari mikrotubulus dan mikrofilamen. Bagian-bagian tersebut sangat penting dalam bentuk sel. DNA eukariotik dimasukkan ke dalam bundel yang disebut kromosom, yang dipisahkan oleh spindel mikrotubular selama pembelahan sel. Sebagian besar eukariota memiliki semacam reproduksi seksual melalui pembuahan, yang tidak digunakan prokariota.
Prokariota tidak memiliki jenis kelamin, tetapi mereka dapat meneruskan DNA ke bakteri lain. Pembelahan sel mereka adalah aseksual. Konjugasi bakteri adalah ketika bakteri memindahkan elemen genetik (seringkali plasmid atau transposon) dari satu ke yang lain.
Eukariota memiliki set kromosom linier yang terletak di nukleus dan jumlah kromosom biasanya khas untuk setiap spesies.
Membran internal
Dalam sel eukariotik, ada banyak hal dengan membran di sekelilingnya. Semuanya bersama-sama disebut sistem endomembran. Kantung sederhana, yang disebut vesikel atau vakuola, kadang-kadang dibuat dengan cara membuat kuncup dari membran lain, seperti bagaimana anak-anak membuat gelembung dengan mainan mereka. Banyak sel mengambil makanan dan benda-benda lain menggunakan sesuatu yang disebut endositosis. Dalam endositosis, membran yang paling dekat dengan bagian luar membengkok ke dalam dan kemudian menjepit untuk membuat vesikel. Banyak organel lain yang memiliki membran mungkin dimulai sebagai vesikel.
Nukleus dikelilingi oleh dua selaput membran yang memiliki lubang-lubang di dalamnya sehingga benda-benda bisa masuk dan keluar. Selubung nuklir memiliki benda-benda yang mencuat keluar yang terlihat seperti tabung dan lembaran. Ini disebut retikulum endoplasma yang sering disingkat menjadi ER. ER bekerja dengan memindahkan protein di sekitar dan memungkinkan mereka untuk matang.
ER memiliki dua bagian, ER kasar dan ER halus. ER kasar memiliki ribosom yang melekat padanya. Protein yang dibuat oleh ribosom yang melekat pada ER kasar masuk ke bagian dalam ER kasar, yang disebut lumen. Setelah itu, mereka biasanya masuk ke dalam vesikel, yang tumbuh dan menjepit dari ER halus. Pada sebagian besar eukariota, vesikel dengan protein di dalamnya menyatu dengan tumpukan vesikel pipih yang disebut badan Golgi, di mana protein di dalamnya diubah lagi.
Vesikel kadang-kadang diubah sehingga mereka dapat melakukan satu hal dengan sangat baik. Ini disebut spesialisasi, atau diferensiasi. Misalnya, lisosom memiliki enzim di dalamnya yang memecah makanan yang berasal dari vakuola makanan, dan peroksisom memiliki enzim yang memecah peroksida, suatu racun, sehingga tidak beracun lagi.
Banyak protozoa memiliki vakuola kontraktil, yaitu vakuola yang dapat melebur atau menjepit dari membran luar. Vesikel kontraktil sering digunakan untuk mendapatkan dan membuang air yang tidak dibutuhkan. Ekstrusom menembakkan benda-benda yang membuat predator pergi atau menangkap makanan. Pada organisme multiseluler, hormon sering dibuat dalam vesikel. Pada tumbuhan yang rumit, sebagian besar bagian dalam sel tumbuhan diambil oleh vakuola sentral. Vakuola sentral itu adalah hal utama yang menjaga tekanan osmotik sehingga sel dapat mempertahankan bentuknya.