Konjugasi bakteri adalah transfer materi genetik di antara sel bakteri melalui kontak langsung sel-ke-sel atau dengan koneksi seperti jembatan di antara dua sel.

Konjugasi adalah mekanisme transfer gen horizontal, seperti halnya transformasi dan transduksi, meskipun kedua mekanisme lain ini tidak melibatkan kontak sel-ke-sel.

Konjugasi bakteri ditemukan oleh pemenang Hadiah Nobel Joshua Lederberg dan Edward Tatum. Mereka menunjukkan bahwa bakteri Escherichia coli memasuki fase seksual di mana bakteri ini dapat berbagi informasi genetik.

Konjugasi bakteri sering salah dianggap setara dengan reproduksi seksual, karena melibatkan pertukaran materi genetik. Selama konjugasi, sel donor menyediakan elemen genetik konjugatif atau yang dapat dimobilisasi, yang paling sering berupa plasmid atau transposon. Sebagian besar plasmid konjugatif memiliki sistem yang memastikan bahwa sel penerima belum mengandung elemen serupa.

Informasi genetik yang ditransfer sering kali bermanfaat bagi penerima. Manfaatnya dapat mencakup resistensi antibiotik, toleransi xenobiotik atau kemampuan untuk menggunakan metabolit baru. Plasmid yang menguntungkan tersebut dapat dianggap sebagai endosimbion bakteri. Unsur-unsur lain, bagaimanapun, dapat dipandang sebagai parasit bakteri dan konjugasi sebagai mekanisme yang berevolusi oleh mereka untuk memungkinkan penyebarannya.