Flagel (jamak: flagela) adalah struktur panjang seperti cambuk yang membantu beberapa organisme bersel tunggal bergerak. Flagela tersusun dari mikrotubulus. Mereka membantu mendorong sel dan organisme dalam gerakan seperti cambuk. Flagela eukariota biasanya bergerak dengan gerakan "S", dan dikelilingi oleh membran sel.
Flagela secara struktural hampir identik dengan Cilia yang jauh lebih kecil. Sedemikian rupa sehingga telah diusulkan protista yang memiliki keduanya harus disatukan dalam Filum Undulipodia. Sebelumnya, Margulis telah mengusulkan bahwa Ciliata saja harus ditempatkan dalam Filum Ciliophora. Harus diakui, Protista adalah kumpulan dari bentuk-bentuk bersel tunggal yang berbeda, tetapi sementara taksonomi yang lebih canggih sedang berubah (berubah), Protista masih merupakan istilah yang berguna.
Silia dan flagella adalah organel sel, unit khusus yang menjalankan fungsi yang terdefinisi dengan baik, seperti mitokondria dan plastida. Sekarang cukup jelas bahwa semua atau sebagian besar organel-organel ini berasal dari prokariota yang dulunya independen (bakteri atau archaea), dan bahwa sel eukariota adalah 'komunitas mikro-organisme' yang bekerja sama dalam 'perkawinan kenyamanan'.
