Pembungkaman gen adalah istilah umum yang menggambarkan proses epigenetik regulasi gen. Istilah ini digunakan untuk menggambarkan "mematikan" gen dengan mekanisme selain rekayasa genetika. Artinya, gen yang akan diekspresikan ("dihidupkan") dalam keadaan normal dimatikan oleh mesin di dalam sel. Ketika gen dibungkam, itu berarti bahwa RNA-nya tidak dapat membuat protein.
Gen diatur pada tahap transkripsi, atau kemudian, sebelum penerjemahan.
Pembungkaman gen transkripsi dilakukan dengan modifikasi histone, yang menempatkan heterokromatin di sekitar gen. Ini berarti mesin transkripsi (RNA polimerase, faktor transkripsi, dll.) tidak dapat mencapai gen. Gen dapat dibungkam oleh metilasi DNA. Hal ini terjadi secara teratur selama perkembangan, ketika gen dihidupkan dan dimatikan pada tahap yang berbeda.
Pembungkaman gen pascatranskripsi dilakukan dengan cara memblokir atau menghancurkan mRNA dari gen tertentu. Penghancuran mRNA mencegah penerjemahan untuk membentuk produk gen yang aktif (dalam banyak kasus, protein). Cara umum mRNA dibungkam adalah dengan RNAi.
Pembungkaman gen transkripsi dan pasca-transkripsi digunakan untuk mengatur gen. Metode pembungkaman gen juga melindungi genom organisme dari transposon dan virus. Dengan demikian, pembungkaman gen mungkin merupakan bagian dari sistem kekebalan kuno yang melindungi sel dari DNA dan RNA infeksius tersebut.