Sifat-sifat tanpa fungsi
Tidak semua ciri-ciri suatu organisme merupakan adaptasi. Mungkin perlu investigasi lapangan atau eksperimen untuk mengetahui apakah hal itu memiliki fungsi dalam kehidupan spesies tersebut.
Adaptasi cenderung merefleksikan kehidupan masa lalu suatu spesies. Jika suatu spesies baru saja mengubah gaya hidupnya, adaptasi yang dulunya berharga mungkin menjadi sisa-sisa yang berkurang. Hewan yang hidup di gua-gua yang gelap sering kehilangan warna dan penglihatannya dalam jangka waktu yang lama.
Alasan untuk ini bisa beragam. Hilangnya struktur dan fungsi mungkin merupakan adaptasi positif yang menghemat energi dan material. Tetapi mungkin hanya produk sampingan dari gen yang dipilih untuk fungsi lain (pleiotropi). Atau struktur mungkin terkait dalam perkembangan, dan dipengaruhi oleh seleksi untuk beberapa struktur lainnya.
Merupakan aturan umum bahwa setiap adaptasi yang tidak lagi berguna akan menjadi organ vestigial (lihat apendiks vermiform), atau dapat dipilih dan diadaptasikan ke fungsi lain (lihat ossicles telinga).
Adaptasi dengan berbagai fungsi
Banyak adaptasi yang memiliki lebih dari satu fungsi. Hal ini sering menjadi alasan mengapa beberapa sifat menjadi sangat mencolok sehingga hampir mendefinisikan spesies yang bersangkutan. Kaki kuda juga merupakan pertahanan utama: tendangan kuda sangat merusak. Tanduk rusa jantan berfungsi sebagai fungsi seksual dan juga pertahanan terhadap predator. Otak besar manusia tidak hanya berfungsi untuk bahasa, tetapi juga untuk berpikir dan memecahkan masalah. Bulu burung tidak hanya digunakan untuk terbang; bulu burung adalah dasar dari konservasi panas, pengaturan suhu, dan pemberian sinyal.
Kompromi dan konflik antara adaptasi
Ini adalah kebenaran yang mendalam bahwa Alam tidak tahu yang terbaik; bahwa evolusi genetika... adalah kisah pemborosan, seadanya, kompromi dan kesalahan. Peter Medawar.
Adaptasi tidak pernah sempurna. Selalu ada pertukaran antara berbagai fungsi dan struktur dalam tubuh. Organisme secara keseluruhanlah yang hidup dan bereproduksi, oleh karena itu, rangkaian lengkap adaptasi yang diwariskan ke generasi mendatang.
Semua adaptasi memiliki kelemahan: kaki kuda sangat bagus untuk berlari di atas rumput, tetapi mereka tidak dapat menggaruk punggung mereka; rambut mamalia membantu pengaturan suhu, tetapi menawarkan ceruk untuk ektoparasit. Kompromi dan make-shift terjadi secara luas, bukan kesempurnaan. Tekanan seleksi menarik ke arah yang berbeda, dan adaptasi yang dihasilkan adalah semacam kompromi.
Karena fenotipe secara keseluruhan adalah target seleksi, maka tidak mungkin untuk meningkatkan secara bersamaan semua aspek fenotipe pada tingkat yang sama. Ernst Mayr.p589
Burung Merak
Kamuflase untuk menghindari deteksi akan hancur ketika warna-warna cerah ditampilkan pada waktu kawin. Di sini risiko terhadap kehidupan diimbangi oleh kebutuhan untuk reproduksi. Kereta hias merak (tumbuh baru pada waktunya untuk setiap musim kawin) adalah adaptasi yang terkenal. Hal ini harus mengurangi kemampuan manuver dan terbangnya, dan sangat mencolok; juga, pertumbuhannya membutuhkan sumber makanan.
Penjelasan Darwin tentang keuntungannya adalah dalam hal seleksi seksual: "Hal ini tergantung pada keuntungan yang dimiliki individu tertentu dibandingkan individu lain dari jenis kelamin dan spesies yang sama, dalam kaitannya dengan reproduksi". Jenis seleksi seksual yang diwakili oleh burung merak disebut 'pilihan pasangan', yang berarti prosesnya memilih yang lebih cocok daripada yang kurang cocok, dan karenanya memiliki nilai kelangsungan hidup. Dalam praktiknya, merak biru Pavo cristatus adalah spesies yang cukup sukses, dengan jangkauan alam yang luas di India, sehingga hasil keseluruhan dari sistem perkawinan mereka cukup layak.
Kelahiran manusia
Ukuran otak janin manusia pada saat lahir berarti otak bayi yang baru lahir belum cukup matang. Otak bayi yang baru lahir tidak boleh lebih besar dari sekitar 400cc, jika tidak, otak tidak akan bisa melewati panggul ibu. Namun ukuran yang dibutuhkan untuk otak orang dewasa adalah sekitar 1400ccs.
Hal-hal yang paling vital dalam kehidupan manusia (gerak, bicara) hanya harus menunggu sementara otak tumbuh dan matang. Itulah hasil dari kompromi kelahiran. Sebagian besar masalah berasal dari sikap bipedal tegak kita, yang tanpanya panggul kita bisa dibentuk lebih sesuai untuk kelahiran. Neanderthal memiliki masalah yang sama.
Perubahan fungsi dari waktu ke waktu
Fungsi dari suatu sifat dapat, dan sering kali, berubah dari waktu ke waktu. Beberapa istilah telah digunakan untuk menggambarkan hal ini: praadaptasi, eksaptasi, kooptasi. 'Preadaptation' adalah istilah yang paling umum digunakan ketika struktur atau sifat yang sudah ada sebelumnya yang diwarisi dari nenek moyang berevolusi dengan fungsi yang berbeda. Ini adalah istilah yang digunakan oleh Julian Huxley dan Ernst Mayr. Istilah 'pra-' tidak berarti pandangan ke depan, itu hanya berarti adaptasi sudah tersedia, melayani beberapa fungsi yang lebih tua. 'Eksaptasi' adalah kata Stephen J. Gould.
Salah satu contoh praadaptasi adalah pada dinosaurus, yang mengembangkan bulu dengan fungsi termo-insulasi dan tampilan jauh sebelum bulu-bulu tersebut digunakan untuk terbang oleh burung-burung purba. Kelenjar keringat pada mamalia kemudian berubah menjadi kelenjar susu. Contoh lain adalah perjalanan panjang ossicles telinga mamalia, yang dimulai dari penutup insang ikan purba, kemudian menjadi bagian dari rahang bawah reptil, dan kemudian menjadi bagian dari telinga bagian dalam mamalia. Contoh lainnya adalah sayap penguin. Setelah digunakan untuk terbang, sayap-sayap ini sekarang digunakan untuk 'terbang' di bawah air.
Perubahan fungsi pada organ dan struktur sangat umum dalam evolusi. Banyak fitur tetrapoda (vertebrata darat) berevolusi dari fitur-fitur dengan fungsi yang berbeda pada ikan bersirip lobus leluhur (Sarcopterygii).
