Anatomi komparatif adalah perbandingan ilmiah tubuh hewan. Tujuan anatomi komparatif adalah untuk melihat struktur kerjanya, dan untuk memutuskan hubungan filogenetik antara berbagai kelompok hewan. Pemisahan hewan ke dalam filum dilakukan terutama dengan anatomi komparatif: lihat Daftar filum hewan.
Teknik utama yang digunakan adalah diseksi dan mikroskop. Diseksi adalah metode kuno yang digunakan untuk mengetahui struktur bagian dalam makhluk hidup (biasanya dilakukan setelah makhluk hidup itu mati). Hal ini masih digunakan oleh mahasiswa kedokteran untuk mempelajari tentang detail tubuh manusia. Mikroskop sederhana pertama kali ditemukan pada abad ke-17, dan mikroskop majemuk (masih digunakan sampai sekarang) mulai tersedia pada abad ke-19. Tujuan mikroskop adalah untuk memungkinkan kita melihat detail kecil dari struktur. Selain itu, perbandingan yang cermat dari koleksi hewan yang besar (biasanya di museum) juga sering dilakukan.
Era besar anatomi komparatif adalah dari sekitar tahun 1800 hingga sekitar tahun 1950. Anatomi ini digunakan oleh mereka yang tidak percaya pada evolusi, seperti Georges Cuvier, dan oleh mereka yang percaya, seperti Thomas Henry Huxley. Charles Darwin sendiri menggunakan anatomi komparatif sebagai alat utama dalam karyanya tentang teritip. Saat ini, metode utama yang digunakan untuk mengetahui hubungan adalah evolusi molekuler, yang menggunakan analisis urutan DNA. Namun, untuk banyak tujuan penelitian, ahli zoologi masih membedah hewan. Untuk mendapatkan gelar di bidang biologi, Anda perlu mengetahui tentang struktur hewan (dan tumbuhan).
