Sekarang ada cukup banyak contoh seleksi alam dalam populasi alami.
Resistensi antibiotik
Contoh yang terkenal dari seleksi alam yang sedang beraksi adalah perkembangan resistensi antibiotik pada mikroorganisme. Sejak penemuan penisilin pada tahun 1928 oleh Alexander Fleming, antibiotik telah digunakan untuk melawan penyakit bakteri. Populasi alami bakteri mengandung, di antara sejumlah besar anggota individu mereka, variasi yang cukup besar dalam materi genetik mereka, sebagai hasil mutasi. Ketika terpapar antibiotik, sebagian besar bakteri mati dengan cepat, tetapi beberapa memiliki mutasi yang membuat mereka sedikit kurang rentan. Jika paparan antibiotik singkat, individu-individu ini akan bertahan hidup dari pengobatan. Eliminasi individu yang tidak memiliki resistensi adalah contoh dari seleksi alam.
Mengingat waktu yang cukup, dan paparan berulang terhadap antibiotik, populasi bakteri yang kebal antibiotik akan muncul. Hal ini mengarah pada apa yang dikenal sebagai perlombaan senjata evolusioner, atau co-evolusi, di mana bakteri terus mengembangkan strain yang kurang rentan terhadap antibiotik, sementara para peneliti medis terus mengembangkan antibiotik baru yang dapat membunuh mereka. Strategi respons biasanya mencakup penggunaan antibiotik yang berbeda dan lebih kuat; namun, strain baru MRSA baru-baru ini muncul yang resisten bahkan terhadap obat-obatan ini. Situasi yang sama terjadi dengan resistensi pestisida pada tanaman dan serangga, dan dengan resistensi malaria terhadap kina.
Kamuflase
Salah satu studi kasus yang terkenal adalah studi evolusi ngengat merica, dan masih banyak contoh lainnya. Sebagian besar ngengat yang terbang di siang hari ini berwarna terang, tetapi hanya sedikit ngengat yang berwarna gelap. Pada awalnya, ngengat berwarna terang bertahan hidup lebih baik karena mereka berkamuflase dengan warna terang dari pohon-pohon di dekatnya. Hal ini menyulitkan burung untuk melihatnya.
Ketika pabrik-pabrik dibangun, polusi membuat semua pohon terlihat hitam. Sekarang ngengat berwarna terang terlihat jelas pada kulit kayu yang gelap. Ngengat berwarna gelap memiliki keuntungan setelah lingkungan berubah. Gen yang mengendalikan warna gelap menyebar melalui populasi ngengat. Setelah perang dunia kedua, kontrol terhadap polusi bekerja untuk membuat lingkungan lebih bersih. Kemudian ngengat yang lebih terang sekali lagi memiliki keuntungan, dan sekarang jauh lebih umum.
Mimikri adalah contoh lainnya: Beberapa serangga yang tidak berbahaya meniru serangga lain yang berbahaya, atau yang rasanya busuk. Mimikri berevolusi karena peniru yang lebih baik bertahan hidup lebih baik. Mereka hidup untuk menghasilkan lebih banyak keturunan daripada peniru yang kurang baik. Gen-gen dari mimik yang lebih baik menjadi lebih umum dalam spesies. Seiring waktu, spesies mimik menjadi lebih dekat dengan model mereka.