George Washington Parke Custis adalah cucu dari Martha Washington, dan tumbuh bersama Martha dan George Washington. Dia mendapatkan tanah yang sekarang menjadi Pemakaman Nasional Arlington pada tahun 1802. Dia mulai membangun Arlington House, tempat dia tinggal bersama istrinya Mary Lee Fitzhugh Custis. Tanah dan rumah itu diberikan kepada satu-satunya anak mereka yang hidup hingga dewasa, Mary Anna Custis Lee. Dia menikah dengan Robert E. Lee, seorang lulusan West Point dan perwira Angkatan Darat Amerika Serikat. Ketika Fort Sumter dipaksa menyerah pada awal Perang Saudara Amerika, Presiden Abraham Lincoln meminta Lee untuk menjadi jenderal tentara federal. Lee tidak langsung memberikan jawaban, tetapi menunggu untuk melihat apakah negara bagian asalnya, Virginia, akan meninggalkan Uni.
Lee meninggalkan tentara federal ketika Virginia mengatakan akan meninggalkan Amerika Serikat. Dia memutuskan dia tidak bisa berperang melawan negara asalnya. Dia menjadi pemimpin angkatan bersenjata Persemakmuran Virginia. Dia kemudian menjadi komandan Angkatan Darat Virginia Utara. Lee adalah seorang komandan yang hebat dan memenangkan beberapa pertempuran melawan pasukan Union. Sebagian besar perwira Union mengira Lee telah mengingkari janjinya kepada Union karena dia memilih untuk berperang melawan mereka. Bagian dari Arlington diambil dari keluarga Lee dan menjadi kuburan. Sebagian besar orang mati Union dimakamkan di sana.
Sebelum Perang Saudara, Amerika Serikat tidak memiliki pemakaman khusus militer yang besar. Para jenderal penting dimakamkan di Pemakaman Kongres bersama para pemimpin penting lainnya. Pemakaman militer Amerika diperlukan di perbatasan yang jauh, dan di dekat pertempuran dan rumah sakit di mana banyak tentara tewas. Ketika tentara Perang Saudara yang tewas memenuhi lahan pemakaman di dekat Washington, D.C., Quartermaster General Montgomery C. Meigs mengusulkan pada tahun 1864 bahwa 200 acre (81 hektar) dari properti keluarga Robert E. Lee di Arlington diambil untuk pemakaman.
Selama Perang Saudara, orang-orang menciptakan trik untuk menangkap atau mempersulit kehidupan orang Amerika yang bertempur di sisi lain perang. Pemerintah menaksir pajak atas properti dan bersikeras agar pemiliknya datang sendiri untuk membayarnya. Jika pemilik perkebunan tidak datang, pemerintah akan menjual tanah tersebut. Pemerintah membeli Arlington pada penjualan pajak tahun 1864 seharga $26.800. Nyonya Lee tidak datang sendiri, melainkan mengirim seorang agen untuk membayar pajak properti sebesar $92,07 yang terutang untuk tanah tersebut. Pemerintah menolak agennya, menolak untuk menerima pembayaran pajak. Pada tahun 1874, Custis Lee, ahli waris di bawah surat wasiat kakeknya yang menyerahkan tanah itu dalam kepercayaan kepada ibunya, menggugat Amerika Serikat yang mengklaim kepemilikan Arlington. Setelah Mahkamah Agung A.S. memutuskan 5-4 untuk mendukung Lee dalam United States v. Lee, memutuskan bahwa Arlington telah diambil secara ilegal, Kongres mengembalikan tanah itu kepadanya. Tahun berikutnya, Custis Lee menjualnya kembali kepada pemerintah seharga $150.000. Custis Lee dan Robert Todd Lincoln, Sekretaris Perang dan putra Presiden Lincoln, keduanya hadir ketika properti itu secara resmi diserahkan kepada pemerintah.
Pada tahun 2011, Badai Irene menumbangkan enam pohon besar di pemakaman. "Arlington Oak" yang berusia 220 tahun tumbang di dekat makam John F. Kennedy.