Perang Saudara Amerika terjadi di tiga wilayah daratan yang penting, atau "teater". Teater Timur mencakup semua daratan di sebelah timur Pegunungan Appalachian. Teater Barat mencakup segala sesuatu di antara Pegunungan Appalachian dan Sungai Mississippi dan di sepanjang sungai. Teater Trans-Mississippi mencakup wilayah di sebelah barat sungai Mississippi.
Baik Amerika Serikat maupun Konfederasi memiliki ibu kota di teater Timur. Washington D.C. telah menjadi ibu kota AS sejak tahun 1800. Ketika Selatan memisahkan diri, pertama kali bernama Montgomery, Alabama tetapi segera berubah menjadi Richmond, Virginia sebagai ibu kota Negara Konfederasi. Richmond dan Washington hanya berjarak sekitar 90 mil (145 km). Salah satu pertempuran pertama perang terjadi di Virginia. Pertempuran Pertama Bull Run ini terjadi pada 21 Juli 1861. Konfederasi memenangkan pertempuran. Tentara Uni Potomac kemudian mencoba merebut Richmond dalam Kampanye Semenanjung selama musim semi 1862. Pada saat ini, Robert E. Lee mengambil alih komando Angkatan Darat Virginia Utara dan mengalahkan tentara Union. Dia kemudian memenangkan Pertempuran Kedua Bull Run pada Agustus 1862. Lee mencoba memenangkan perang dengan menyerang Maryland. Ketika ia kalah dalam Pertempuran Antietam, ia mundur kembali ke Virginia.
Ada banyak peperangan laut dalam Perang Saudara Amerika, tetapi angkatan laut Union jauh lebih kuat. Lincoln menempatkan Konfederasi di bawah blokade, yang berarti angkatan laut Union tidak akan membiarkan kapal apa pun masuk atau keluar dari pelabuhan selatan. Konfederasi menggunakan kapal-kapal yang disebut pelari blokade untuk membawa barang-barang dari Eropa. Hal-hal yang dibawa Konfederasi termasuk senjata. Angkatan laut masing-masing pihak juga bertempur di sungai. Kapal-kapal itu termasuk ironclads, yang dilindungi oleh besi di sisinya, dan cottonclads, yang menggunakan kapas di sepanjang sisinya. Selama Pertempuran Hampton Roads, kapal besi Konfederasi Virginia bertempur melawan kapal besi Union Monitor. Ini adalah pertama kalinya dalam sejarah dunia bahwa dua ironclads saling bertempur.
Di teater Barat, banyak pertempuran terjadi di sepanjang Sungai Mississippi. Ulysses S. Grant adalah seorang jenderal Uni yang penting di barat. Konfederasi mencoba mengirim tentara mereka ke negara bagian Kentucky selama musim panas 1861. Selama bulan-bulan awal tahun 1862, tentara Union membuat Konfederasi mundur dari Kentucky dan dari Tennessee barat. Konfederasi mencoba merebut kembali Tennessee barat dengan menyerang tentara Grant di Pertempuran Shiloh. Grant memenangkan pertempuran itu. Konfederasi kemudian mencoba mengirim tentara mereka ke Kentucky timur selama musim gugur 1862. Mereka meninggalkan Kentucky setelah kalah dalam Pertempuran Perryville.
Utara memenangkan kendali atas hampir semua Sungai Mississippi. Ini dengan merebut kota-kota di sepanjang sungai selama musim gugur 1862 dan musim semi 1863. Namun, Konfederasi masih menguasai Vicksburg, kota dan benteng yang penting. Jika mereka menguasai kota itu, Konfederasi dapat memindahkan tentara dan perbekalan dari satu sisi sungai ke sisi lainnya. Grant memulai Pengepungan Vicksburg selama bulan Mei 1863. Pengepungan berlanjut untuk waktu yang lama. Pada tanggal 4 Juli 1863, Konfederasi di Vicksburg menyerah kepada Grant. Ini adalah salah satu titik balik dalam perang, karena membagi Konfederasi menjadi dua bagian.
Ada juga pertempuran di sebelah barat lembah sungai Mississippi, di teater Trans-Mississippi. Misalnya, dua pertempuran penting adalah Pertempuran Wilson's Creek dan Pertempuran Pea Ridge. Konfederasi mencoba untuk menyerang New Mexico selama bulan Februari dan Maret 1862 tetapi mereka dikalahkan pada Pertempuran Glorieta Pass. Setelah Uni merebut Vicksburg, daerah ini menjadi terpisah dari negara-negara Konfederasi lainnya. Pertempuran lain terjadi di daerah ini setelah penangkapan Vicksburg.
Selama pengepungan Vicksburg di barat, titik balik lain datang di timur. Setelah memenangkan beberapa pertempuran, Lee memutuskan untuk menyerang Utara lagi. Lee dan Angkatan Darat Virginia Utara pergi ke Pennsylvania. Tentara Konfederasi bertemu dengan Tentara Union di dekat Gettysburg, Pennsylvania. Kedua pasukan bertempur dalam Pertempuran Gettysburg. Pertempuran ini berlangsung selama tiga hari: 1 hingga 3 Juli 1863. Lebih banyak tentara tewas di Gettysburg daripada dalam pertempuran Perang Saudara lainnya. Uni memenangkan pertempuran. Ini menghentikan invasi Tentara Konfederasi ke Utara. Lee dan pasukannya didorong kembali ke Selatan.
Setelah ini, Presiden Lincoln memutuskan bahwa Grant adalah jenderal terbaiknya. Dia menempatkan Grant untuk mengendalikan semua pasukan Union. Lincoln juga menjadikan William T. Sherman sebagai jenderal yang bertanggung jawab atas pasukan Union di Georgia. Grant memimpin banyak serangan terhadap pasukan Lee. Pertempuran-pertempuran ini membentuk Kampanye Overland. Sementara itu, Sherman membakar Atlanta dan Savannah. Dia melakukan ini untuk mencoba membuat Selatan lebih lemah dan mempersulit orang-orang Selatan untuk memasok makanan dan kebutuhan lain kepada Tentara Konfederasi. Sherman kemudian berbaris ke utara melalui Carolina Selatan dan Carolina Utara. Jenderal Konfederasi Joseph E. Johnston menyerang Sherman di Pertempuran Bentonville. Sherman memenangkan pertempuran itu.
Lee bertahan selama dia bisa di Virginia. Akhirnya dia memutuskan bahwa dia memiliki terlalu sedikit tentara untuk terus memerangi Union, yang memiliki lebih banyak tentara dan persediaan. Lee menyerah kepada Grant pada tanggal 9 April 1865, di dekat Appomattox Court House. Setelah Lee menyerah, banyak tentara Konfederasi lainnya juga menyerah. Jenderal Konfederasi terakhir yang menyerah adalah Brigadir Jenderal Stand Watie. Dia menyerah pada 23 Juni 1865, di Oklahoma.
Setelah perang berakhir, Presiden Lincoln mengampuni semua tentara Konfederasi. Ini berarti tentara Konfederasi tidak akan ditangkap atau dihukum karena berperang melawan Uni. Negara-negara bagian selatan akan diizinkan untuk bergabung kembali dengan Amerika Serikat. Namun, beberapa Konfederasi tidak ingin kembali ke Amerika Serikat. Beberapa dari mereka pindah ke Meksiko atau Brasil.