Spektrometer massa biasanya digunakan dalam salah satu dari dua cara: Pemindaian Penuh atau Pemantauan Ion Selektif (SIM). GC-MS tipikal dapat bekerja dengan salah satu cara saja, atau keduanya pada saat yang sama.
MS pemindaian penuh
Apabila mengumpulkan data dalam mode pemindaian penuh, kisaran target fragmen massa dipilih dan dimasukkan ke dalam metode instrumen. Contoh rentang luas fragmen massa yang khas untuk dipantau adalah m / z 50 hingga m / z 400. Penentuan kisaran apa yang akan digunakan sebagian besar ditentukan oleh apa yang diharapkan berada dalam sampel sambil menyadari pelarut dan kemungkinan gangguan lainnya. Jika MS mencari fragmen massa dengan m / z yang sangat rendah, MS dapat mendeteksi udara atau faktor lain yang mungkin mengganggu. Menggunakan rentang pemindaian yang besar akan mengurangi sensitivitas instrumen. Mesin akan melakukan pemindaian lebih sedikit per detik, karena setiap pemindaian akan memerlukan lebih banyak waktu untuk mendeteksi kisaran fragmen massa yang lebih luas.
Pemindaian penuh berguna dalam menentukan senyawa yang tidak diketahui dalam sampel. Ini memberikan lebih banyak informasi daripada SIM dalam hal mengkonfirmasi atau menyelesaikan senyawa dalam sampel. Sebagian besar instrumen dikendalikan oleh komputer yang mengoperasikan program komputer yang disebut "metode instrumen". Metode instrumen mengontrol suhu dalam GC, laju pemindaian MS dan kisaran ukuran fragmen yang terdeteksi. Ketika seorang ahli kimia sedang mengembangkan metode instrumen, ahli kimia mengirimkan larutan uji melalui GS-MS dalam mode pemindaian penuh. Ini memeriksa waktu retensi GC dan sidik jari fragmen massa sebelum pindah ke metode instrumen SIM. Instrumen GC-MS khusus, seperti detektor bahan peledak, memiliki metode instrumen yang dimuat sebelumnya di pabrik.
Pemantauan ion yang dipilih
Dalam selected ion monitoring (SIM), metode instrumen berfokus pada fragmen ion tertentu. Hanya fragmen-fragmen massa tersebut yang dideteksi oleh spektrometer massa. Keuntungan SIM adalah, bahwa batas deteksi lebih rendah, karena instrumen hanya melihat sejumlah kecil fragmen (misalnya, tiga fragmen) selama setiap pemindaian. Lebih banyak pemindaian dapat dilakukan setiap detik. Karena hanya beberapa fragmen massa yang diminati yang dipantau, gangguan matriks biasanya lebih rendah. Untuk meningkatkan peluang membaca hasil positif dengan benar, rasio ion dari berbagai fragmen massa sebanding dengan standar referensi yang diketahui.
Jenis-jenis ionisasi
Setelah molekul-molekul menempuh panjang kolom, melewati garis transfer dan masuk ke dalam spektrometer massa, mereka diionisasi dengan berbagai metode. Biasanya hanya satu metode ionisasi yang digunakan pada waktu tertentu. Setelah sampel terfragmentasi, sampel kemudian akan dideteksi, biasanya oleh dioda pengganda elektron. Dioda memperlakukan fragmen massa yang terionisasi seperti sinyal listrik yang kemudian terdeteksi.
Ahli kimia memilih teknik ionisasi secara terpisah dari memilih Full Scan atau pemantauan SIM.
Ionisasi elektron
Jenis ionisasi yang paling umum adalah ionisasi elektron (EI). Molekul-molekul masuk ke dalam MS (sumbernya adalah quadrupole atau perangkap ion itu sendiri dalam perangkap ion MS) di mana molekul-molekul tersebut dipukul dengan elektron bebas yang dipancarkan dari filamen. Ini seperti filamen yang akan ditemukan dalam bola lampu pijar standar. Elektron mengenai molekul, menyebabkan molekul terfragmentasi dengan cara yang khas yang dapat diulang. Teknik "ionisasi keras" ini menghasilkan penciptaan lebih banyak fragmen dengan rasio massa terhadap muatan (m/z) yang rendah. EI hanya memiliki sedikit, jika ada, fragmen yang memiliki massa yang mendekati massa molekul asli. Ahli kimia menganggap ionisasi keras sebagai penembakan elektron ke dalam molekul sampel. Sebaliknya, "ionisasi lunak" menempatkan muatan pada molekul sampel dengan memukulnya dengan gas yang dimasukkan. Pola fragmentasi molekul tergantung pada energi elektron yang diterapkan pada sistem, biasanya 70 eV (elektron Volt). Penggunaan 70 eV membantu untuk membandingkan spektrum yang dihasilkan dari sampel uji terhadap spektrum perpustakaan yang diketahui. (Spektrum perpustakaan dapat berasal dari perangkat lunak atau perangkat lunak yang dipasok oleh produsen atau perangkat lunak yang dikembangkan oleh National Institute of Standards (NIST-USA)). Perangkat lunak mencari spektrum perpustakaan menggunakan algoritma pencocokan seperti Pencocokan Berbasis Probabilitas atau pencocokan dot-product. Banyak lembaga standardisasi metode sekarang mengontrol algoritma dan metode ini untuk memastikan objektivitasnya.
Ionisasi kimiawi
Dalam ionisasi kimia (CI), gas reagen, biasanya metana atau amonia dimasukkan ke dalam spektrometer massa. Ada dua jenis CI: CI positif atau CI negatif. Bagaimanapun, gas reagen akan berinteraksi dengan elektron dan analit dan menyebabkan ionisasi 'lunak' dari molekul yang diinginkan. Ionisasi yang lebih lembut akan memecah molekul ke tingkat yang lebih rendah daripada ionisasi keras EI. Ahli kimia lebih memilih CI daripada EI. Hal ini karena CI menghasilkan setidaknya satu fragmen massa dengan berat yang hampir sama dengan berat molekul analit yang diinginkan.
Ionisasi Kimia Positif
Dalam Positive Chemical Ionization (PCI), gas reagen berinteraksi dengan molekul target, paling sering dengan pertukaran proton. Ini menghasilkan spesies ion dalam jumlah yang relatif tinggi.
Ionisasi Kimia Negatif
Dalam Ionisasi Kimia Negatif (NCI), gas reagen mengurangi dampak elektron bebas pada analit target. Penurunan energi ini biasanya meninggalkan fragmen dalam persediaan yang besar. (Fragmen-fragmen tidak pecah lebih lanjut).
Interpretasi
Tujuan utama analisis instrumen adalah untuk mengukur sejumlah zat. Hal ini dilakukan dengan membandingkan konsentrasi relatif di antara massa atom dalam spektrum massa yang dihasilkan. Ada dua jenis analisis yang mungkin dilakukan, komparatif dan asli. Analisis komparatif pada dasarnya membandingkan spektrum yang diberikan dengan pustaka spektrum untuk melihat apakah karakteristiknya ada untuk beberapa sampel yang diketahui dalam pustaka. Hal ini paling baik dilakukan oleh komputer karena ada banyak distorsi visual yang dapat terjadi karena variasi dalam skala. Komputer juga dapat mengkorelasikan lebih banyak data (seperti waktu retensi yang diidentifikasi oleh GC), untuk menghubungkan data tertentu secara lebih akurat.
Metode analisis lainnya mengukur puncak-puncak dalam kaitannya satu sama lain. Dalam metode ini, puncak tertinggi ditetapkan pada 100%. Puncak-puncak lainnya diberi nilai yang sama dengan rasio tinggi puncak terhadap tinggi puncak tertinggi. Semua nilai di atas 3% ditetapkan. Massa total senyawa yang tidak diketahui biasanya ditunjukkan oleh puncak induk. Nilai puncak induk ini dapat digunakan untuk menyesuaikan dengan rumus kimia yang mengandung berbagai unsur yang diyakini ada dalam senyawa tersebut. Pola isotop dalam spektrum bersifat unik untuk unsur yang memiliki banyak isotop. Jadi, ini juga dapat digunakan untuk mengidentifikasi berbagai unsur yang ada. Ini memberitahu rumus kimia keseluruhan dari molekul yang tidak diketahui. Karena struktur dan ikatan molekul pecah dengan cara yang khas, mereka dapat diidentifikasi dari perbedaan massa puncak. Struktur molekul yang diidentifikasi harus konsisten dengan karakteristik yang dicatat oleh GC-MS. Biasanya, identifikasi ini dilakukan secara otomatis oleh program komputer yang disertakan dengan instrumen. Program-program tersebut mencocokkan spektrum terhadap perpustakaan senyawa yang dikenal yang memiliki daftar elemen yang sama yang dapat hadir dalam sampel.
Analisis "spektrum penuh" mempertimbangkan semua "puncak" dalam spektrum. Tetapi, pemantauan ion selektif (SIM) hanya memonitor puncak-puncak terpilih yang terkait dengan zat tertentu. Para ahli kimia berasumsi bahwa pada waktu retensi tertentu, sekumpulan ion merupakan karakteristik dari senyawa tertentu. SIM adalah analisis yang cepat dan efisien. SIM bekerja paling baik ketika analis memiliki informasi sebelumnya tentang sampel atau hanya mencari beberapa zat tertentu. Ketika jumlah informasi yang dikumpulkan tentang ion-ion dalam puncak kromatografi gas yang diberikan berkurang, sensitivitas analisis meningkat. Jadi, analisis SIM memungkinkan kuantitas senyawa yang lebih kecil untuk dideteksi dan diukur. Tetapi tingkat kepastian tentang identitas senyawa itu berkurang.
GC-tandem MS
Ketika fase kedua fragmentasi massa ditambahkan, misalnya menggunakan quadrupole kedua dalam instrumen quadrupole, maka disebut tandem MS (MS/MS). MS/MS baik dalam mengukur senyawa target tingkat rendah dalam sampel dengan matriks senyawa latar belakang yang tidak menarik.
Quadrupole pertama (Q1) dihubungkan dengan sel tumbukan (q2) dan quadrupole lainnya (Q3). Kedua quadrupole dapat digunakan dalam mode pemindaian atau mode statis, tergantung pada jenis analisis MS/MS yang digunakan. Jenis analisis meliputi pemindaian ion produk, pemindaian ion prekursor, Pemantauan Reaksi Terpilih (SRM) dan Pemindaian Kehilangan Netral. Sebagai contoh: Apabila Q1 dalam mode statis (melihat satu massa saja seperti dalam SIM), dan Q3 dalam mode pemindaian, maka akan diperoleh apa yang disebut spektrum ion produk (juga disebut "daughter spectrum"). Dari spektrum ini, seseorang dapat memilih ion produk yang menonjol yang dapat menjadi ion produk untuk ion prekursor yang dipilih. Pasangan ini disebut "transisi" dan membentuk dasar untuk SRM. SRM sangat spesifik dan hampir sepenuhnya menghilangkan latar belakang matriks.