Bagian-bagian pohon adalah akar, batang, cabang, ranting dan daun. Batang pohon terutama terbuat dari jaringan penyangga dan pengangkut (xilem dan floem). Kayu terdiri atas sel-sel xilem, dan kulit kayu terbuat dari floem dan jaringan lain di luar kambium vaskular.
Pertumbuhan batang
Saat pohon tumbuh, pohon bisa menghasilkan cincin pertumbuhan saat kayu baru diletakkan di sekitar kayu lama. Di daerah dengan iklim musiman, kayu yang dihasilkan pada waktu yang berbeda dalam setahun bisa menghasilkan cincin terang dan gelap secara bergantian. Di daerah beriklim sedang, dan iklim tropis dengan pergantian musim basah-kering tunggal, cincin pertumbuhan bersifat tahunan, setiap pasang cincin terang dan gelap merupakan satu tahun pertumbuhan. Di daerah dengan dua musim hujan dan kemarau setiap tahun, mungkin ada dua pasang cincin terang dan gelap setiap tahun; dan di beberapa daerah (terutama daerah semi-gurun dengan curah hujan yang tidak teratur), mungkin ada cincin pertumbuhan baru dengan setiap curah hujan.
Di daerah hutan hujan tropis, dengan iklim yang konstan sepanjang tahun, pertumbuhannya terus menerus. Cincin pertumbuhan tidak terlihat dan tidak ada perubahan pada tekstur kayu. Pada spesies yang memiliki cincin tahunan, cincin-cincin ini dapat dihitung untuk mengetahui umur pohon. Dengan cara ini, kayu yang diambil dari pohon-pohon di masa lalu dapat diberi tanggal, karena pola ketebalan cincinnya sangat khas. Ini adalah dendrokronologi. Sangat sedikit pohon tropis yang dapat diberi tanggal secara akurat dengan cara ini.
Akar
Akar pohon hampir selalu berada di bawah tanah, biasanya di daerah berbentuk bola yang berpusat di bawah batang, dan memanjang tidak lebih dalam dari tinggi pohon. Akar juga bisa berada di atas tanah, atau jauh di bawah tanah. Sebagian akar pendek, sebagian lagi panjangnya mencapai beberapa meter.
Akar memberikan dukungan untuk bagian-bagian di atas tanah, menahan pohon agar tetap tegak, dan menjaganya agar tidak tumbang saat angin kencang.
Akar mengambil air, dan nutrisi, dari tanah. Tanpa bantuan jamur untuk penyerapan nutrisi yang lebih baik, pohon akan menjadi kecil atau mati. Sebagian besar pohon memiliki spesies jamur favorit yang mereka asosiasikan untuk tujuan ini.
Cabang
Di atas tanah, batang pohon memberikan ketinggian pada cabang-cabang yang menghasilkan daun, berkompetisi dengan spesies tanaman lain untuk mendapatkan sinar matahari. Pada semua pohon, bentuk cabang-cabang meningkatkan paparan daun terhadap sinar matahari. Cabang-cabang mulai dari batang, besar dan tebal, dan semakin mengecil semakin jauh mereka tumbuh dari batang. Cabang-cabang itu sendiri terpecah menjadi cabang-cabang yang lebih kecil, kadang-kadang berkali-kali, sampai pada akhirnya menjadi sangat kecil. Ujung yang kecil disebut ranting.
Daun
Daun-daun pohon dipegang oleh cabang-cabangnya. Daun-daun biasanya dipegang di ujung cabang. Meskipun ada juga yang memiliki daun di sepanjang cabang. Fungsi utama daun adalah fotosintesis dan pertukaran gas. Daun seringkali berbentuk datar, sehingga menyerap cahaya paling banyak, dan tipis, sehingga sinar matahari bisa sampai ke bagian hijau di dalam sel, yang mengubah sinar matahari, karbon dioksida dari atmosfer, dan air dari akar, menjadi glukosa dan oksigen. Sebagian besar biomassa pohon berasal dari proses ini.
Sebagian besar daun memiliki stomata, yang membuka dan menutup, dan mengatur pertukaran karbondioksida, oksigen, dan uap air dengan atmosfer.
Pohon yang berdaun sepanjang tahun adalah pohon cemara, dan pohon yang menggugurkan daunnya adalah pohon gugur. Pohon dan semak yang meranggas, umumnya kehilangan daunnya di musim gugur, karena cuaca menjadi dingin. Sebelum hal ini terjadi, daun-daun berubah warna. Daun-daun akan tumbuh kembali di musim semi.
Pengecualian
Kata "pohon" dalam bahasa Inggris berarti tanaman berumur panjang yang memiliki batang utama yang jelas, dan tumbuh dengan tinggi dan ukuran yang cukup besar. Dengan demikian tidak semua pohon memiliki semua organ atau bagian seperti yang disebutkan di atas. Misalnya, sebagian besar palem (mirip pohon) tidak bercabang, dan pakis pohon tidak menghasilkan kulit kayu. Ada juga lebih banyak pengecualian.
Berdasarkan bentuk dan ukurannya secara umum, semua ini secara umum dianggap sebagai pohon. Pohon bisa sangat bervariasi. Tanaman yang mirip dengan pohon, tetapi umumnya lebih kecil, dan mungkin memiliki banyak batang, atau memiliki cabang yang muncul di dekat tanah, disebut "semak", atau "bush". Karena ini adalah kata-kata umum dalam bahasa Inggris, tidak ada perbedaan yang tepat antara semak dan pohon. Mengingat ukurannya yang kecil, tanaman bonsai secara teknis tidak akan menjadi "pohon", tetapi memang "pohon". Jangan mengacaukan penggunaan pohon untuk suatu spesies tanaman, dengan ukuran atau bentuk spesimen individu. Bibit pohon cemara tidak sesuai dengan definisi pohon, tetapi semua pohon cemara adalah pohon.