Florida adalah negara bagian dengan keanekaragaman hayati, dengan 3.500 tanaman vaskular asli dan 1.500 vertebrata, jumlah yang lebih tinggi daripada semua kecuali tiga negara bagian lainnya. Sebuah studi Organisasi Pangan dan Pertanian Perserikatan Bangsa-Bangsa tahun 2003 menyatakan bahwa Selat Florida memiliki keanekaragaman hayati tertinggi di Samudra Atlantik, dan merupakan rumah bagi 25 spesies endemik.
Flora
Red tide juga telah menjadi masalah di pantai barat daya Florida. Meskipun ada banyak dugaan atas penyebab mekarnya ganggang beracun, tidak ada bukti bahwa hal itu disebabkan oleh polusi atau bahwa telah terjadi peningkatan panjang atau frekuensi wabah pasang merah.
Hama bunga
Flora asli terancam oleh berbagai tanaman invasif, termasuk Lada Brasil (Schinus terebinthifolius). Memiliki dan menanam pohon ini adalah ilegal. Sejumlah besar sukarelawan menebang tanaman invasif ini, terutama di sepanjang saluran air. Pinus Australia (Casuarina spp.) sedang diserang secara aktif.
Hama asing lainnya termasuk kumbang ambrosia Asia (Xyleborus glabratus), yang mengancam industri alpukat lokal dan pohon redbay (Persea borbonia).
Mengimpor siput darat Afrika Raksasa (achatina fulica) adalah ilegal. Siput ini mengancam bangunan, 500 jenis tanaman lokal, dan membawa meningitis.
Fauna
Spesies endemik di Florida termasuk Florida Scrub Jay (Aphelocoma coerulescens), Miami blue (Cyclargus thomasi bethunebakeri), Okaloosa darter (Etheostoma okaloosae), dan Key Deer (Odocoileus virginianus clavium).
Florida adalah tujuan populer untuk mengamati burung, karena banyaknya spesies yang dapat ditemukan di negara bagian ini pada berbagai waktu dalam setahun. Florida Ornithological Society mengelola daftar resmi burung-burung di Florida, yang saat ini berisi 498 spesies. Sebuah studi yang diterbitkan pada tahun 2003 oleh Komisi Konservasi Ikan dan Margasatwa Florida mendokumentasikan 196 spesies burung yang dikonfirmasi berkembang biak di negara bagian ini, dengan tambahan 19 spesies yang terdaftar sebagai penangkar yang mungkin atau kemungkinan berkembang biak. Great Florida Birding Trail, jalur sepanjang 2.000 mil (3.200 km), terdiri atas 489 lokasi di seluruh negara bagian yang merupakan lokasi pengamatan yang sangat baik.
Olahraga memancing juga populer di Florida; lebih dari 250 spesies ikan yang berbeda (termasuk 73 spesies non-asli) dapat ditemukan di Florida. Ada lebih dari 1.000 spesies ikan di perairan pantai Florida.
Pada tahun 2010, NOAA, mengutip Magnuson-Stevens Act, melarang penangkapan ikan kakap merah sampai populasinya pulih.
Pantai Atlantik Florida adalah rumah bagi satu-satunya terumbu karang yang luas di benua Amerika Serikat, dan terbesar ketiga di dunia. Seluruh sistem terumbu karang di Florida Keys adalah bagian dari Suaka Laut Nasional Florida Keys, dan sebagian besar terumbu karang dilindungi sebagai bagian dari Taman Nasional Biscayne.
Pada tahun 1977, pemerintah federal menempatkan aligator dalam daftar spesies yang terancam punah. Mereka dihapus dari daftar terancam punah pada tahun 1987 dan Florida mengizinkan perburuan selektif pada tahun 1988.
Habitat burung dan penyu
Pada tahun 1987, Brevard County, Florida menjadi tuan rumah bagi anggota terakhir Dusky Seaside Sparrow, yang sekarang sudah punah. Hanya ada dua spesies burung yang punah sejak daftar spesies yang terancam punah dimulai pada tahun 1973. Peristiwa ini telah memberikan tantangan untuk memastikan bahwa masalah lingkungan lainnya ditangani dengan cepat.
Florida Scrub Jay telah dianggap terancam selama bertahun-tahun, karena spesies ini bersifat teritorial dan tidak dapat berpindah ke tempat yang lebih baik ketika habitatnya terancam.
Pantai peneluran penyu tempayan dilindungi.