Penduduk paling awal dari daerah yang kita ketahui tinggal di lembah sungai Vltava sekitar 500 SM. Suku-suku Slavonik datang ke Bohemia sekitar tahun 500 Masehi. Ada legenda tentang bagaimana kota Praha dimulai. Putri Libuše, pemimpin suku Slavonik, memilih seorang petani sederhana Přemysl untuk menjadi suaminya. Dia menyuruh Přemysl untuk pergi dan menemukan sebuah desa di tepi Vltava dan memulai sebuah kota di sana. Kota itu menjadi Praha, diperintah oleh keluarga Přemyslid.
Pada paruh kedua abad ke-9 benteng asli kastil dibangun. Pada masa pemerintahan Wenceslas I (Václav dalam bahasa Ceko) pada abad ke-10, gereja St Vitus dibangun di kastil Praha. Wenceslas dibunuh oleh saudaranya ketika ia pergi ke gereja. Ia kemudian diangkat menjadi orang suci. Pada awal abad ke-11 keluarga Přemyslid juga berkuasa di Moravia. Vratislav II adalah raja pertama yang disebut Raja Bohemia.
Penguasa lain, juga disebut Wenceslas I, memerintah sebagai Raja Bohemia dari tahun 1230. Dia mendorong seni. Banyak orang Jerman datang untuk tinggal di Praha. Pada tahun 1257 Raja Otakar II mendirikan daerah Praha yang disebut Lesser Quarter untuk ditinggali orang Jerman. Raja Přemyslid terakhir adalah Raja Wenceslas III. Dia dibunuh di Moravia.
Selama Abad Pertengahan, Praha menjadi sangat penting sebagai ibu kota Kekaisaran Romawi Suci yang diperintah oleh Charles IV (1316-1378) yang merupakan penguasa paling kuat di Eropa pada saat itu. Charles membuat Praha menjadi kota yang besar, membangun Katedral St Vitus, sebuah universitas, dan jembatan terkenal yang disebut Jembatan Charles yang masih ada.
Setelah Charles IV ada banyak argumen dan perkelahian di Praha. Seorang imam bernama Jan Hus mengatakan bahwa Gereja Katolik telah menjadi terlalu berkuasa. Dia ditangkap dan dibakar di tiang pancang pada tahun 1415. Banyak orang setuju dengan apa yang dikatakan Hus. Orang-orang ini disebut Hussite. Mereka melemparkan banyak orang penting Katolik keluar jendela (disebut "defenestrasi"). Banyak lagi pertempuran yang terjadi, dan selama bertahun-tahun Bohemia diperintah oleh raja-raja yang tinggal di negara lain.
Dari tahun 1526 keluarga Habsburg memerintah Bohemia. Mereka beragama Katolik dan memerintah Kekaisaran Romawi Suci. Pada tahun 1576 Kaisar Rudolph II memindahkan ibu kota dari Wina ke Praha. Praha menjadi kota yang kaya lagi, dan orang-orang bebas beribadah sebagai Katolik atau Protestan. Setelah Rudolph II ada banyak pertikaian agama dan lebih banyak orang yang dilempar keluar jendela. Akhirnya pertempuran itu menjadi bagian dari Perang Tiga Puluh Tahun. Ketika Ferdinand II memenangkan pertempuran, banyak orang Protestan meninggalkan negara itu. Bangunan-bangunan baru di Praha dibangun dengan gaya Barok. Bahasa Jerman, bukan bahasa Ceko, digunakan di istana. Maria Theresa adalah satu-satunya ratu yang memerintah Praha. Salah satu dari 16 anaknya adalah Marie Antoinette yang menjadi ratu Prancis. Ketika putranya Joseph II memerintah, orang-orang berhenti bertengkar tentang agama. Orang-orang bebas berbicara apa yang mereka pikirkan, dan tidak ada lagi perbudakan. Praha sekarang memiliki tiga bagian: Kota Tua, Lesser Quarter dan Kota Baru. Orang-orang terkenal seperti Wolfgang Amadeus Mozart sering mengunjungi kota ini.
Pada abad ke-19 industri datang ke Praha. Pabrik-pabrik dibangun, rel kereta api dibangun antara Praha dan Wina. Gerakan nasionalis Ceko menjadi sangat kuat setelah tahun 1848. Mereka ingin menggunakan bahasa mereka sendiri, bukan bahasa Jerman. Komposer Smetana dan Dvořák menulis musik tentang negara mereka, sering menggunakan folksong Ceko. Teater Nasional dibuka pada tahun 1881.
Pada bulan Juni 1914, Archduke Franz Ferdinand, pewaris tahta Habsburg, dibunuh. Hal ini menyebabkan Perang Dunia I. Setelah perang, sebuah republik independen bernama Cekoslowakia dibentuk dengan Praha sebagai ibukotanya. Bohemia, Moravia dan Slowakia adalah bagian dari republik ini. Pada tahun 1938 Hitler menginvasi negara ini. Negara ini dibebaskan oleh pasukan Soviet pada bulan Mei 1945. Namun, komunis segera merebut kekuasaan dan negara itu diperintah oleh komunis yang harus mematuhi Uni Soviet. Perdana Menteri Alexander Dubček secara bertahap mencoba melakukan reformasi. Periode waktu ini disebut "Musim Semi Praha". Pada tahun 1968 Uni Soviet mengirim tank ke Praha ke Lapangan Wenceslas untuk memulihkan kekuasaan mereka.
Demokrasi secara bertahap datang ke Praha pada tahun 1989 ketika Revolusi Beludru terjadi. Pada tahun 1993 Republik Ceko dan Slovakia terpecah menjadi dua negara. Saat ini, kedua negara ini adalah bagian dari Uni Eropa.
