Di Mesir Kuno, bangsa Ibrani telah menjadi budak dan berdoa untuk kembali ke Tanah Perjanjian ("Bebaskanlah Kami"). Sementara itu, seorang budak wanita bernama Yocheved dan anak-anaknya, Miriam dan Harun, menyaksikan beberapa bayi laki-laki diambil dan dibantai dengan kejam oleh para prajurit Firaun Seti I, yang khawatir bahwa peningkatan jumlah pria Ibrani akan memuncak pada pemberontakan. Khawatir akan keselamatan putranya sendiri, dia menempatkannya di dalam keranjang di Sungai Nil. Keranjang itu tiba di istana Firaun dan Miriam menyaksikan saudaranya diambil oleh istri Firaun, yang menamainya Musa.
Dua puluh tahun kemudian, Musa dan saudara angkatnya, Ramses, secara tidak sengaja menghancurkan kuil ketika sedang berlomba dengan kereta mereka, dan Firaun menegur mereka. Musa mencoba menyalahkan Firaun dan mengatakan bahwa Ramses hanya menginginkan persetujuannya. Pada jamuan makan malam di istana malam itu, Firaun menunjuk Ramses sebagai Pangeran Bupati dan memberinya wewenang atas semua kuil di Mesir. Musa kemudian diberi Tzipporah, seorang gadis Midian yang ditangkap oleh imam Hotep dan Huy sebagai selir, setelah dia hampir menyerang Ramses. Musa akhirnya mempermalukan Tzipporah dengan mendorongnya ke dalam kolam di istana, dan Ramses kemudian mengangkatnya sebagai Kepala Arsitek Kerajaan.
Malamnya, Musa membantu Tzipporah melarikan diri dari istana dan, secara kebetulan, bertemu dengan saudara kandungnya, Miriam dan Harun. Miriam mencoba menjelaskan kepada Musa tentang masa lalunya yang sebenarnya, tetapi dia menolak untuk mendengarkan dan berlari kembali ke istana. Dia kemudian mengalami mimpi buruk di mana dia menyaksikan beberapa bayi Ibrani dilemparkan ke Sungai Nil dan kemudian, Seti mengungkapkan bahwa dia "mengorbankan" anak-anak Ibrani, untuk mencegah pembalasan. Keesokan harinya, Musa menyaksikan seorang pengawas Mesir mencambuk seorang budak Ibrani tua. Dia secara tidak sengaja membunuh pengawas itu dengan mendorongnya dari perancah. Meskipun Ramses memohon kepada Musa untuk tetap tinggal dan bahwa dia tidak bersalah, Musa mengucapkan selamat tinggal, sebelum mengasingkan dirinya ke padang gurun.
Musa kemudian tiba di tanah orang Midian, suatu suku di mana Tzipporah adalah anggotanya. Dia disambut ke dalam suku tersebut oleh Imam Besar dan ayah Tzipporah, Yitro, dan menjadi bagian dari komunitas mereka ("Melalui Mata Surga"). Dia dan Tzipporah kemudian menikah. Ketika mengejar seekor domba yang tersesat ke dalam sebuah gua, Musa bertemu dengan semak yang terbakar. Melalui ini, suara Tuhan memerintahkannya untuk kembali ke Mesir dan membimbing orang-orang Ibrani yang diperbudak ke Tanah Perjanjian. Dia menganugerahkan tongkat gembala Musa dengan kekuatan-Nya dan berjanji bahwa Dia akan memberi tahu Musa apa yang harus dikatakan.
Musa dan Tzipporah kemudian melakukan perjalanan ke Mesir dan menemukan bahwa selama dia tidak ada, perlakuan terhadap budak-budak telah memburuk dan Firaun serta istrinya telah meninggal dunia, sehingga Ramses mengambil alih. Dia dengan senang hati menyambut Musa. Ketika Musa meminta Ramses untuk membebaskan orang-orang Ibrani dan menunjukkan aliansinya dengan Tuhan dengan mengubah tongkatnya menjadi ular kobra Mesir, Hotep dan Huy dengan sombong menciptakan kembali transformasi ini ("Playing With The Big Boys Now"), hanya untuk membuat ular-ular mereka dimakan oleh ular-ular Musa. Bukannya mengalah, Ramses malah melipatgandakan beban kerja orang Ibrani. Musa dan Tzipporah kemudian bertemu dengan Harun dan Miriam, yang pertama mencaci Musa karena tidak merasa kasihan atas tahun-tahun perbudakan yang telah dialami oleh orang Ibrani. Miriam kemudian meyakinkan saudaranya dan budak-budak lainnya untuk mempercayai mereka. Tuhan kemudian menimpakan Sepuluh Tulah ke Mesir, namun Ramses tidak gentar dan menolak untuk memenuhi permintaan Musa.
Musa kemudian mempersiapkan orang Ibrani untuk menghadapi tulah terakhir dengan menginstruksikan mereka untuk mengecat tiang pintu mereka dengan darah domba. Tulah terakhir - Malaikat Maut - menyapu kota, membunuh anak-anak sulung Mesir - termasuk putra Ramses - dan menyelamatkan anak-anak Ibrani. Ramses yang sedih kemudian mengizinkan Musa dan orang-orang Ibrani untuk pergi.
Keesokan harinya, Musa, Harun, Miryam, dan Tzipporah bersama dengan orang-orang Ibrani lainnya meninggalkan Mesir dan tiba di Laut Merah ("When You Believe"). Ramses dan pasukannya kemudian tiba dan mengejar mereka, dan Musa membelah laut dengan tongkatnya. Orang-orang Ibrani dipandu menyeberang dengan selamat dan air menutup tentara Mesir, sementara Ramses selamat dan dilemparkan ke bebatuan. Musa kemudian mengucapkan salam perpisahan terakhir yang emosional kepada saudaranya, sebelum memimpin orang-orang Ibrani ke Gunung Sinai, di mana ia menerima Sepuluh Perintah Allah.