Flora usus terdiri atas mikroorganisme yang hidup dalam sistem pencernaan hewan. Ini adalah reservoir mikroba terbesar dalam mikrobioma manusia.
Tubuh manusia, yang terdiri dari sekitar 100 triliun sel, membawa sekitar sepuluh kali lebih banyak mikroorganisme dalam usus. Aktivitas metabolisme yang dilakukan oleh bakteri ini menyerupai organ tubuh, sehingga beberapa orang menyebut flora usus sebagai 'organ yang terlupakan'. Diperkirakan bahwa flora usus ini memiliki sekitar 100 kali lebih banyak gen secara keseluruhan daripada yang ada dalam genom manusia.
Bakteri membentuk sebagian besar flora di usus besar dan hingga 60% dari massa kering feses. Di suatu tempat antara 300 dan 1000 spesies yang berbeda hidup di dalam usus, dengan perkiraan terbanyak sekitar 500. Namun, kemungkinan 99% bakteri berasal dari sekitar 30 atau 40 spesies. Jamur dan protozoa juga merupakan bagian dari flora usus, tetapi hanya sedikit yang diketahui tentang aktivitas mereka.
Penelitian menunjukkan bahwa hubungan antara flora usus dan manusia bukan sekadar komensal (hidup berdampingan yang tidak berbahaya), melainkan hubungan simbiosis. Meskipun manusia dapat bertahan hidup tanpa flora usus, mikroorganisme melakukan sejumlah fungsi yang berguna, seperti memfermentasi substrat energi yang tidak terpakai, melatih sistem kekebalan tubuh, mencegah pertumbuhan bakteri patogen yang berbahaya, mengatur perkembangan usus, memproduksi vitamin untuk inang (seperti biotin dan vitamin K), dan memproduksi hormon untuk mengarahkan inang untuk menyimpan lemak. Namun demikian, dalam beberapa kondisi, beberapa spesies dapat menyebabkan penyakit dengan menghasilkan infeksi atau meningkatkan risiko kanker bagi inang.
Senyawa makanan seperti polifenol, oligosakarida dan polisakarida mungkin berguna untuk bakteri baik dan membantu mengurangi spesies patogen flora usus manusia.
Lebih dari 99% bakteri dalam usus bersifat anaerobik, tetapi dalam sekum, bakteri aerobik mencapai kepadatan tinggi.
Pandangan tradisional adalah bahwa tidak ada filum metazoa yang dapat memecah selulosa dengan memproduksi enzim selulase. Sebaliknya, herbivora mengandung, di dalam usus mereka, mikroorganisme yang menghasilkan selulase. Hal ini penting karena selulosa adalah senyawa organik yang paling umum di Bumi. Sekitar 33% dari semua materi tanaman adalah selulosa (kandungan selulosa kapas adalah 90% dan kandungan selulosa kayu adalah 40-50%). Baru-baru ini, muncul bukti bahwa beberapa hewan memang memproduksi selulase mereka sendiri. Pertanyaannya belum cukup jelas.
