Mikrobioma manusia (atau mikrobiota manusia) adalah kumpulan mikroorganisme yang hidup pada kita. Mereka hidup di kulit, di air liur dan mulut, di mata, dan di usus dan saluran pencernaan lainnya. Mikroorganisme ini termasuk bakteri, archaea, jamur dan eukariota bersel tunggal ('protozoa'). Setiap orang membawa jauh lebih banyak mikroba ini daripada jumlah sel manusia di dalam tubuh. Tubuh manusia memiliki sekitar 100 triliun sel, dan membawa sekitar sepuluh kali lebih banyak mikroorganisme dalam usus saja.
Mikrobioma adalah "komunitas ekologi mikroorganisme komensal, simbiotik, dan patogen yang secara harfiah berbagi ruang tubuh kita". Istilah ini awalnya diciptakan oleh Joshua Lederberg. Dia berpikir bahwa mikroorganisme yang hidup di dalam tubuh manusia dalam kesehatan dan penyakit adalah penting. Banyak artikel ilmiah membedakan "microbiome" dan "microbiota" untuk menggambarkan genom kolektif mikroorganisme yang hidup di ceruk lingkungan atau mikroorganisme itu sendiri. Namun, menurut definisi aslinya, istilah-istilah ini sebagian besar sinonim.
Beberapa organisme ini berguna bagi manusia. Namun, sebagian besar tidak memiliki efek yang diketahui. Mereka hanyalah simbion: mereka hidup bersama kita. Mereka yang diharapkan hadir adalah anggota flora normal. Dalam keadaan normal, mereka tidak menyebabkan penyakit, tetapi bahkan dapat membantu kesehatan kita. Studi pada tahun 2009 menanyakan apakah kesehatan kita rusak jika kita mengurangi biota ini. Hal ini tentu saja terjadi pada flora usus.
Meskipun "flora" mengacu pada tanaman daripada bakteri, istilah 'flora usus' digunakan secara luas dan akrab bagi para ahli biologi. 'Biota' mengacu pada kumpulan total organisme dalam suatu ekosistem. Istilah 'mikrobiota' paling baik untuk bakteri dan mikroorganisme lainnya, tetapi tidak diragukan lagi 'flora' akan sering digunakan.
Mikroba yang sedang dibahas pada umumnya non-patogenik (tidak menyebabkan penyakit kecuali jika mereka tumbuh secara tidak normal); mereka hidup secara harmonis dan bersimbiosis dengan inangnya.
Para peneliti telah mengetahui bahwa sebagian besar populasi mikroba yang ditemukan dalam tubuh manusia bukanlah bakteri, tetapi kelas organisme bersel tunggal yang sangat tua yang disebut archaea. Mereka termasuk metanogen yang menghasilkan metana dan dapat menyebabkan perut kembung.
