Metanogen adalah mikroorganisme yang membuat metana sebagai produk sampingan metabolik dalam kondisi anoksik. Organisme ini adalah archaea, domain yang berbeda dari bakteri. Mereka umum di lahan basah, di mana mereka membuat gas rawa.
Metanogen juga umum ditemukan dalam saluran pencernaan hewan seperti ruminansia dan manusia. Metana sering disemburkan keluar.
Dalam sedimen laut, metana diproduksi ketika sulfat rendah. Ini terjadi di bawah lapisan atas. Populasi archaea metanogenik memainkan peran penting dalam pengolahan air limbah anaerobik. Beberapa metanogen adalah ekstremofil, ditemukan di lingkungan seperti mata air panas dan ventilasi hidrotermal bawah laut serta di batuan "padat" kerak bumi, beberapa kilometer di bawah permukaan.
Metanogen mengubah asam asetat menjadi metana dalam proses fermentasi. Jangan bingung dengan metanotrof, yang menggunakan metana untuk kebutuhan karbon dan energi mereka.