Hantuchová menjadi pemain tenis profesional pada tahun 1989, saat ia berusia 15 tahun. Ia mulai berlatih di Florida, tetapi masih kembali ke Bratislava, Slovakia, untuk belajar. Ia memenangkan turnamen WTA pertamanya pada tahun 2000, sebuah gelar ganda yang ia menangkan di Bratislava. Pada tahun 2001, ia memainkan turnamen Grand Slam pertamanya di Australia Terbuka. Hantuchová kalah dalam pertandingan pertamanya di Australia dari pemain Rusia Anna Kournikova. Namun, ia memenangkan turnamen ganda campuran, bermain dengan pemain Ceko Leos Friedl. Hantuchová memenangkan kompetisi ganda WTA keduanya dengan menang bersama pemain Rusia Elena Bovina di Luksemburg. Dia menyelesaikan tahun ini di 100 besar, dan diberi penghargaan oleh Asosiasi Tenis Wanita (WTA) karena menjadi pemain baru terbaik pada tahun 2001.
Pada tahun 2002, Hantuchová kalah di perempat final Kejuaraan Wimbledon dan AS Terbuka. Namun, bermain dengan Kevin Ullyett dari Zimbabwe, ia memenangkan ganda campuran di Australia Terbuka. Dia juga berada di urutan kedua di nomor ganda di Australia, bermain dengan pemain Spanyol Arantxa Sanchez Vicario. Ia dan Ullyett kalah di final ganda campuran di Wimbledon pada musim yang sama. Dia memenangkan turnamen tunggal WTA pertamanya, mengalahkan pemain Swiss Martina Hingis di turnamen Masters di Indian Wells di California. Ia juga memenangkan dua turnamen ganda WTA lainnya, di Florida dan Connecticut di Amerika Serikat. Kedua kali ia menang bersama Arantxa Sanchez Vicario. Hantuchová menyelesaikan musim di 10 besar, dan diberi penghargaan sebagai pemain yang paling berkembang pada tahun 2002 oleh WTA. Pada Januari 2003, Hantuchová adalah petenis wanita terbaik kelima di dunia. Pada Juni 2008, ini adalah yang terbaik yang pernah ia lakukan. Kemudian pada tahun 2003, ia berpisah dari pelatihnya yang berasal dari Inggris, Nigel Sears.
Sears melatih Hantuchová lagi pada tahun 2004 dan pada tahun 2005, di mana ia memenangkan ganda campuran di Perancis Terbuka dan AS Terbuka. Ini berarti ia telah memenangkan keempat turnamen ganda campuran Grand Slam. Pada bulan Juni 2005, ia dan pemain Jepang Ai Sugiyama memenangkan turnamen ganda tur WTA di Birmingham, Inggris. Pasangan yang sama berada di urutan kedua dalam final ganda di Prancis Terbuka. Hantuchová memenangkan gelar ganda WTA keenamnya bersama pemain Rusia Anastasia Myskina di Jerman pada Oktober 2004.
Hantuchová dan Sugiyama memenangkan turnamen ganda lainnya pada bulan Maret 2006, kali ini di Doha, Qatar. Hantuchová akhirnya berpisah dengan pelatihnya, Sears, untuk selamanya pada bulan April 2006. Ia kemudian memenangkan turnamen ganda WTA ke delapannya pada bulan Mei 2006 di Roma, Italia, lagi-lagi bersama Ai Sugiyama. Hantuchová memenangkan gelar WTA Tour pertandingan tunggal keduanya pada bulan Maret 2007, kembali mengalahkan Svetlana Kuznetsova di Indian Wells. Ia kemudian memenangkan gelar Tur tunggalnya yang ketiga pada bulan Oktober 2007, mengalahkan pemain Swiss Patty Schnyder di Linz, Austria. Hantuchová kalah di semi final Australia Terbuka 2008 dari pemain Serbia Ana Ivanović. Ia juga kalah di babak kedua di Wimbledon pada bulan Juni 2008. Sejak penampilannya di semi final, Hantuchová gagal melampaui babak keempat di salah satu turnamen Grand Slam.
Hantuchová juga bermain tenis untuk Slovakia dalam kompetisi tenis internasional yang disebut Fed Cup. Pada Juli 2011, ia telah memainkan 44 pertandingan dan memenangkan 29 di antaranya. Ia membantu Slovakia memenangkan Piala Fed pada tahun 2002. Pada tahun 2004, ia bermain untuk Slowakia di Olimpiade di Athena, Yunani. Ia disponsori oleh perusahaan pakaian olahraga Nike dan produsen raket Prince. Pada Oktober 2011, ia telah memenangkan lebih dari $7,9 juta dari bermain tenis. Dia adalah wanita Slovakia pertama yang memenangkan uang sebanyak ini hanya dari turnamen tenis.
.svg.png){kind=small}
;_Flag_of_Serbia_and_Montenegro_(2003–2006).svg.png){kind=small}
