Pengaturan
Gim ini berlatar dunia fiksi yang sama dengan seri Halo lainnya. Sebagian besar permainan berlangsung di tahun 2553 di masa depan, lebih dari 500 tahun dari sekarang. Dalam alur cerita, manusia telah mengembangkan perjalanan yang lebih cepat dari cahaya, dan sekarang tinggal di banyak planet dan bulan di Tata Surya. Ketika manusia mulai membangun pemukiman lain di sebuah planet di sekitar bintang lain, mereka bertemu dengan alien Covenant. Covenant menyatakan perang agama terhadap umat manusia. Selama Halo 2, Covenant menemukan Bumi. Pada awal Halo 3, Covenant melancarkan invasi skala penuh ke Bumi.
Halo dari judul game ini adalah nama dari serangkaian senjata super luar angkasa yang dibangun oleh ras misterius yang disebut Forerunners jauh sebelum permainan. Halo adalah pertahanan terakhir melawan ras alien lain yang dikenal sebagai Flood. Flood ingin menggunakan setiap makhluk hidup di galaksi untuk makanan. Halo sebenarnya adalah senjata super raksasa, yang ketika diaktifkan, akan membunuh semua kehidupan di galaksi. Ini adalah satu-satunya cara untuk menghentikan Flood, untuk membuat mereka kelaparan dengan membunuh semua makanan mereka. Covenant tidak mengetahui hal ini dan berusaha menembakkan Halos sebagai bagian dari ramalan agama yang salah. Dalam game Halo pertama, Halo: Combat Evolved, manusia dan Master Chief berhasil menghentikan Covenant untuk menembakkan salah satu Halos. Mereka juga menghancurkan salah satu dari mereka dalam prosesnya. Penghancuran salah satu Halos memulai keadaan darurat. Semua Halos sekarang dapat ditembakkan dari satu tempat, menggunakan perangkat yang disebut Ark. Covenant, masih belum memahami kebenarannya, meluncurkan invasi ke Bumi, tempat mereka percaya Bahtera itu terkubur. Di sinilah cerita Halo 3 dimulai.
Karakter
Karakter utama Halo 3 adalah Master Chief. Master Chief adalah seorang prajurit super, anggota terakhir yang masih hidup dari Proyek Spartan. Proyek Spartan dimulai oleh manusia untuk secara genetik, menggunakan gen, membuat tentara yang lebih kuat, lebih cepat, dan lebih tangguh daripada manusia normal mana pun. Karakter lain dari Halo 1 dan 2, yang dikendalikan oleh pemain kedua dalam permainan co-op adalah Arbiter, pemimpin alien Elites. Di Halo 2 dia adalah musuh, tetapi di Halo 3 dia bergabung dengan manusia. Karakter lain yang kembali termasuk veteran tentara manusia sagent Avery Johnson, AI Cortana, robot 343 Guilty Spark dan Gravemind, pemimpin berbahaya dari Flood.
Plot
Halo 3 dimulai di mana Halo 2 ditinggalkan. Pemain sekali lagi bermain sebagai Master Chief saat dia jatuh ke Bumi. Dia jatuh di Kenya dekat kota Mombasa. Dia ditemukan oleh satu regu marinir yang dipimpin oleh sersan Avery Johnson, komandan dari Halo dan Halo 2. Pemain dan marinir berjuang melalui pasukan Covenant yang menyerang ke pos terdepan manusia. Di sini mereka menemukan pasukan manusia melakukan upaya terakhir untuk menghentikan Covenant mengaktifkan portal yang mereka temukan terkubur di gurun Kenya. Namun, mereka tidak berhasil, dan Covenant membuka portal ke Ark, di mana mereka akan dapat menembakkan Halos dan menghancurkan galaksi. Tepat setelah armada pesawat ruang angkasa Covenant meninggalkan portal, sebuah kapal besar menabrak kota Mombasa. Kapal ini telah diambil alih oleh Flood. Pemain sebagai Master Chief, harus berjuang masuk ke dalam pesawat ruang angkasa yang hancur dan menemukan robot Cortana yang dapat memberi tahu mereka cara untuk membuka kembali portal dan mengikuti Covenant. Setelah pemain berhasil, manusia membuka kembali portal dan mengejar Covenant untuk menghentikan mereka menembakkan Halos. Bergabung dengan mereka adalah 343 Guilty Spark, salah satu robot yang membantu membangun Halo yang hancur dari game pertama. Setelah melalui portal, pemain dan sekutunya menemukan struktur besar seukuran planet yang dikenal sebagai Ark, tempat semua Halo dapat ditembakkan. Dipimpin oleh 343 Guilty Spark, pemain menuju ke pusat Ark di mana pemimpin Covenant, Nabi Kebenaran sedang bersiap untuk menembak.
Saat pemain tiba untuk menghentikan Nabi Kebenaran, kapal High Charity yang dipenuhi Flood, tiba dalam upaya untuk mengambil alih Bahtera. Pemain, Arbiter, dan Johnson sekarang menghabisi semua Flood di area tersebut sebelum Arbiter membunuh Nabi Kebenaran dan mencegah Halos ditembakkan. Namun, tidak ada waktu bagi pemain untuk beristirahat, karena dia sekarang harus menuju ke reaktor nuklir di pusat pesawat ruang angkasa yang dipenuhi Flood, High Charity dalam upaya untuk membunuh Flood. Setelah ini selesai, pemain dan Arbiter harus pergi dan mengaktifkan satu cincin Halo. Ini akan menghancurkan Bahtera dan membunuh semua Flood di area Galaksi Bima Sakti ini sambil menyelamatkan sisanya. Pemain dan Arbiter berangkat untuk mengaktifkan satu Halo dan menyelamatkan Galaksi. Ketika mereka tiba, 343 Guilty Spark memperingatkan mereka bahwa mengaktifkan Halo ini akan menghancurkan seluruh Ark dan Halo itu sendiri. Pemain mengabaikan peringatan itu. Ini membuat 343 Guilty Spark marah. Dia membunuh Sergent Johnson, dan mencoba membunuh Master Chief untuk menjaga agar Halo miliknya tidak dihancurkan. Ini adalah 'pertarungan bos' terakhir dari permainan. Pemain mengalahkan robot, dan mengaktifkan Halo. Hitung mundur dimulai tetapi sudah terlambat bagi pemain sebagai Master Chief dan AI Cortana. Mereka berhasil naik pesawat ruang angkasa untuk membawa mereka pergi tetapi terjebak dalam ledakan dan terbelah menjadi dua. Master Chief diasumsikan mati.
Jika pemain menyelesaikan permainan dengan kesulitan apa pun, setelah kredit Anda melihat bahwa Master Chief dan Cortana selamat. Jika Anda menyelesaikan permainan pada tingkat kesulitan "Legendaris", Anda dapat melihat akhir alternatif setelah kredit.