Pra-sejarah
Penelitian arkeologi telah mengungkapkan tanda-tanda kehidupan manusia di Sulawesi Utara sejak 30.000 tahun yang lalu, berdasarkan bukti-bukti yang ada di gua Liang Sarru di pulau Salibabu. Bukti lain menunjukkan adanya kehidupan sekitar 6.000 tahun yang lalu di Situs Lereng Bukit Passo di Kecamatan Kakas dan 4.000 tahun yang lalu hingga awal Masehi di gua Liang Tuo Mane'e di Arangkaa di Pulau Karakelang.
Periode awal
Periode Kolonial
Pada akhir abad ke-16, Portugis dan Spanyol tiba di Sulawesi Utara. Portugis adalah bangsa barat pertama yang tiba di Sulawesi Utara. Sebuah kapal Portugis mendarat di Manado Kesultanan Maguindanao menguasai pulau-pulau utara pada waktu itu. Portugis membangun benteng di Amurang.
Kapal Spanyol berlabuh di pulau Talaud dan Siau, terus ke Ternate. Spanyol membangun benteng di Manado, sejak saat itu Minahasa mulai dikuasai Spanyol. Perlawanan terhadap pendudukan Spanyol memuncak pada tahun 1660-1664.
Kapal Belanda mendarat di Kota Manado pada tahun 1660 dalam membantu perjuangan Konfederasi Minahasa melawan Spanyol. Persatuan republik anggota Konfederasi Minahasa mengadakan Perjanjian Perdagangan dengan VOC. Perjanjian kerjasama perdagangan ini kemudian membuat VOC memonopoli perdagangan, yang lambat laun mulai memaksakan kehendaknya, akhirnya menimbulkan perlawanan tahun 1700-an di Ratahan yang berpuncak pada Perang Minahasa-Belanda tahun 1809-1811 di Tondano.
Orang Spanyol telah menjajah Kepulauan Filipina. Mereka menjadikan Minahasa sebagai perkebunan kopi. Spanyol menjadikan Manado sebagai pusat perdagangan kopi untuk pedagang Cina. Beberapa suku Minahasa membantu Spanyol merebut benteng Portugis di Amurang pada tahun 1550-an. Para penjajah Spanyol kemudian membangun benteng di Manado. Akhirnya, Spanyol menguasai seluruh Minahasa.
Pada abad ke-16 salah satu komunitas Indo-Eurasia pertama di Nusantara berada di Manado. Raja pertama Manado adalah Muntu Untu (1630). Dia setengah keturunan Spanyol. Spanyol kemudian memberikan Minahasa kepada Portugis dengan imbalan 350.000 dukat dalam sebuah perjanjian. Penguasa Minahasa mengutus Supit, Pa'at, dan Lontoh untuk berperang dengan Belanda untuk memaksa Portugis keluar dari Minahasa. Mereka berhasil pada tahun 1655. Mereka membangun benteng mereka sendiri pada tahun 1658 dan memaksa keluar Portugis terakhir beberapa tahun kemudian.
Pada awal abad ke-17 Belanda telah menggulingkan kesultanan Ternate. Mereka mulai mengurangi kekuatan Spanyol dan Portugal di Nusantara. Pada tahun 1677 Belanda menaklukkan kepulauan Sangir. Dua tahun kemudian, Robert Padtbrugge, gubernur Maluku, mengunjungi Manado. Dia membuat perjanjian dengan kepala suku Minahasa. Hal ini membuat Belanda mendominasi selama 300 tahun ke depan. Namun, pemerintahan langsung oleh Belanda baru dimulai pada tahun 1870. Belanda membantu menyatukan konfederasi Minahasa. Pada tahun 1693 orang Minahasa memenangkan kemenangan militer melawan suku Mongondow di selatan. Pengaruh Belanda meningkat dan agama Kristen dan budaya Eropa tumbuh di Minahasa. Sekolah-sekolah misionaris di Manado pada tahun 1881 adalah salah satu upaya pertama pendidikan massal di Indonesia. Lulusan sekolah-sekolah tersebut dapat bekerja sebagai pegawai negeri, tentara, dan pemerintah Hindia Belanda. Hubungan Minahasa dengan Belanda seringkali buruk. Terjadi perang antara Belanda dan Tondano pada tahun 1807 dan 1809. Wilayah Minahasa tidak berada di bawah kekuasaan langsung Belanda sampai tahun 1870. Namun akhirnya Belanda dan Minahasa menjadi sangat dekat. Sehingga, Minahasa sering disebut sebagai provinsi ke-12 Belanda. Bahkan pada tahun 1947, Manado membentuk gerakan politik Twapro, kependekan dari Twaalfde Profincie (Provinsi Keduabelas) yang menginginkan integrasi formal Minahasa ke dalam Kerajaan Belanda.
Kemerdekaan
Jepang menduduki daerah itu dari tahun 1942 hingga 1945. Itu adalah periode perampasan, dan pasukan sekutu mengebom Manado secara besar-besaran pada tahun 1945. Selama masa kemerdekaan setelahnya, terjadi perpecahan antara Minahasa yang pro-Indonesia dan pro-Belanda. Pengangkatan Sam Ratulangi sebagai gubernur Indonesia Timur pertama kemudian berhasil memenangkan dukungan Minahasa kepada Republik Indonesia. Setelah kemerdekaan Indonesia, Indonesia dibagi menjadi 8 Provinsi, dan Sulawesi adalah salah satu provinsi tersebut. Gubernur pertama Sulawesi adalah S.G.J.Ratulangi, juga dikenal sebagai pahlawan nasional. Pada tahun 1948 di Sulawesi dibentuk Negara Indonesia Timur, yang kemudian menjadi salah satu negara bagian dalam Negara Indonesia Serikat. Negara Indonesia Timur dibubarkan, dan dilebur ke dalam Negara Republik Indonesia. Berdasarkan Undang-Undang Nomor 13 Tahun 1964, dibentuk Provinsi Sulawesi Utara. Tanggal 14 Agustus 1959 ditetapkan sebagai hari jadi provinsi tersebut.
Pada bulan Maret 1957, para pemimpin militer Sulawesi Utara dan Selatan menuntut lebih banyak kebebasan dari Jawa. Mereka menginginkan pembangunan yang lebih aktif, pembagian uang pajak secara adil, dan bantuan melawan pemberontakan Kahar Muzakar di Sulawesi Selatan. Mereka menginginkan pemerintahan pusat yang dipimpin oleh Sukarno dan Hatta secara seimbang. Pada awalnya gerakan 'Permesta' (Piagam Perjuangan Semesta) hanyalah sebuah gerakan reformasi daripada gerakan separatis.
Negosiasi antara pemerintah pusat dan pemimpin militer Sulawesi mencegah kekerasan di Sulawesi Selatan, tetapi para pemimpin Minahasa tidak puas dengan hasil kesepakatan dan gerakan itu pecah. Takut akan dominasi selatan, para pemimpin Minahasa mendeklarasikan negara otonom Sulawesi Utara mereka sendiri pada Juni 1957. Pada waktu itu pemerintah pusat telah menguasai Sulawesi Selatan, tetapi di Utara tidak ada tokoh kuat pemerintah pusat dan ada desas-desus bahwa Amerika Serikat bersenjata dengan pemberontakan di Sumatra Utara, juga memiliki hubungan dengan para pemimpin Minahasa.
Kemungkinan intervensi asing mendorong pemerintah pusat untuk meminta bantuan militer dari Sulawesi Selatan. Pasukan Permesta kemudian dipindahkan dari Sulawesi Tengah, Gorontalo, Sangir, dan Morotai di Maluku. Pesawat-pesawat Permesta (yang dipasok oleh AS dan diterbangkan oleh pilot-pilot Filipina, Taiwan, dan Amerika) dihancurkan. AS kemudian bergerak, dan pada bulan Juni 1958 tentara pemerintah pusat mendarat di Minahasa. Pemberontakan Permesta berakhir pada pertengahan tahun 1961.
Pemberontakan Sumatra dan Sulawesi gagal. Mereka bahkan membantu menciptakan apa yang tidak mereka inginkan karena pusat bereaksi terhadap ancaman pemberontakan. Otoritas pemerintah pusat meningkat sementara otonomi daerah menjadi lebih lemah. Nasionalisme radikal menjadi lebih kuat. Kekuatan partai komunis dan kekuasaan Sukarno meningkat sementara Hatta melemah. Sukarno akhirnya mendirikan demokrasi terpimpin pada tahun 1958.
Sejak reformasi 1998, pemerintah Indonesia telah mulai mengadopsi undang-undang yang meningkatkan otonomi daerah, ide utama yang diperjuangkan Permesta.
