Permukaan lubang Messel saat ini kira-kira 60 m di bawah tanah setempat dan luasnya sekitar 0,7 km². Lapisan serpih minyak awalnya memanjang hingga kedalaman 190 m. 47 juta tahun yang lalu pada Eosen ketika endapan Messel terbentuk, daerah itu 10° lebih jauh ke selatan daripada sekarang. Periode itu tepat setelah Palaeocene-Eocene Thermal Maximum, dan iklim serta ekologi situs ini sangat berbeda dari sekarang. Serangkaian danau yang besar, dikelilingi oleh hutan sub-tropis yang subur mendukung keanekaragaman kehidupan yang luar biasa. Dasar danau Messel mungkin merupakan titik pusat drainase dari sungai dan anak sungai di dekatnya. Endapan lubang terbentuk selama zaman Eosen dari periode Palaeogene sekitar 47 juta tahun yang lalu. Hal ini didasarkan pada penanggalan fragmen basal di bawah strata yang mengandung fosil.
Serpih minyak, yang dibentuk oleh pengendapan anoksik lambat dari lumpur dan vegetasi mati di dasar danau, adalah batuan utama di lokasi tersebut.
Sedimennya memanjang 130 m ke bawah dan terletak di atas fondasi batu pasir yang lebih tua. Fosil-fosil di dalam serpih menunjukkan kejernihan dan pengawetan yang luar biasa karena karakteristik pengendapan danau yang unik.
Lapisan atas danau memiliki banyak kehidupan, tetapi dasarnya anoksik. Karena airnya tidak banyak terganggu, hanya sedikit oksigen yang sampai ke tingkat yang lebih rendah. Hal ini mencegah banyak spesies epifaunal (hidup di dasar) dan infaunal (menggali) hidup di sana. Itulah sebabnya mengapa jasad-jasad yang mati hanya sedikit yang rusak. Pembalikan lapisan danau (yang disebabkan oleh variasi musiman) menurunkan kandungan oksigen di dekat permukaan dan menyebabkan "kematian" spesies air secara periodik. Dikombinasikan dengan laju pengendapan yang relatif rendah (0,1 mm/tahun), ini merupakan lingkungan yang sangat baik untuk pelestarian fauna dan flora.
Pelepasan gas vulkanik
Daerah di sekitar Pit Messel secara geologis dan tektonik aktif selama Eosen. Pelepasan gas vulkanik dapat menjelaskan pengendapan besar spesies non-akuatik.
Pergeseran bawah permukaan melepaskan konsentrasi besar gas reaktif (seperti karbon dioksida dan hidrogen sulfida) ke dalam danau dan ekosistem yang berdampingan, membunuh organisme yang rentan. Selama pelepasan ini, burung-burung dan kelelawar mungkin telah jatuh jika berada di dekat permukaan danau, dan terrestrial bisa kewalahan di dekat tepi danau.