Cokelat terbuat dari kakao, biji pohon kakao (Theobroma cacao) yang dikeringkan dan sebagian difermentasi. Pohon kakao adalah pohon pinus kecil (setinggi 4-8 m (15-26 kaki)) yang ditemukan di daerah tropis yang dalam di Amerika. Studi baru menunjukkan bahwa jenis tanaman yang paling banyak ditemukan pertama kali berasal dari lembah Amazon. Secara perlahan-lahan dipindahkan oleh manusia ke tempat lain di Amerika Selatan dan Tengah untuk bertani. Jenis awal dari jenis lain juga telah ditemukan di tempat yang sekarang menjadi Venezuela. Nama ilmiahnya, theobroma, berarti "makanan para dewa". Buahnya, yang disebut buah kakao, berbentuk seperti oval, dengan panjang 15-30 cm (6-12 in.) dan lebar 8-10 cm (3-4 in.). Buah ini akan matang dari kuning ke oranye, dan beratnya sekitar 500 g (1 lb) ketika matang.
Penggunaan kakao yang pertama kali diketahui adalah cokelat yang ditemukan dalam guci di situs Puerto Escondido di Honduras. Kakao digunakan di sana sekitar tahun 1100 SM/BCE Sebuah kuburan suku Maya Periode Klasik awal (460-480 Masehi/ CE) dari Río Azul, Guatemala, memiliki cangkir dengan kata-kata Maya untuk kakao di atasnya dengan jejak-jejak minuman cokelat tua. Suku Maya biasanya diberi pujian karena membuat minuman cokelat pertama lebih dari 2.000 tahun yang lalu. Minuman ini akan berubah lebih banyak lagi di Eropa.
Untuk membuat minuman tersebut, suku Maya menumbuk biji kakao menjadi pasta dan mencampurnya dengan air, tepung jagung, cabai, dan rempah-rempah. Mereka kemudian menuangkan minuman tersebut bolak-balik dari cangkir ke panci sampai tercipta busa. Minuman itu disajikan dingin. Suku Maya dari semua kelas sosial bisa mendapatkan minuman ini, tetapi orang kaya minum cokelat dari wadah atau cangkir mewah.
Pada tahun 1400-an, suku Aztec mengambil alih sebagian besar Mesoamerika, dan membawa kakao ke dalam budaya mereka. Mereka menganggap cokelat dengan Xochiquetzal, dewi kehamilan. Mereka juga menggunakan minuman cokelat sebagai pengorbanan kepada para dewa. Jenis minuman Aztec yang pahit dan pedas, dan disebut xocolatl. Minuman ini dibuat sangat mirip dengan minuman cokelat Maya. Vanilla, cabai, dan achiote ditambahkan ke dalam minuman, dan dipercaya dapat melawan kelelahan, karena kandungan theobromine, penambah suasana hati. Karena kakao tidak akan tumbuh di Meksiko tengah dan harus dibawa ke kekaisaran, cokelat adalah barang mewah yang penting di kekaisaran Aztec. Karena itu, biji kakao digunakan sebagai uang.
Pertama kali orang Eropa melihat cokelat adalah pada abad ke-16 ketika Montezuma (yang saat itu adalah penguasa Aztec) menunjukkan xocolatl kepada Hernán Cortés, seorang penakluk Spanyol. Apa yang kemudian disebut "chocolatl" oleh orang Spanyol dikatakan sebagai minuman yang terbuat dari bahan dasar cokelat dengan vanila dan rempah-rempah lainnya yang disajikan dingin. Para penguasa Montezuma dikatakan minum sekitar 2000 cangkir xocolatl per hari, 50 di antaranya diminum oleh Montezuma sendiri.
Karena gula belum datang ke Amerika, xocolatl dikatakan sebagai sesuatu yang tidak disukai pada awalnya. Minuman ini terasa pedas dan pahit, tidak seperti cokelat panas saat ini. Mengenai kapan xocolatl pertama kali dibuat hangat, sumber-sumber tidak yakin tentang kapan dan oleh siapa. Namun, Jose de Acosta, seorang misionaris Yesuit Spanyol yang tinggal di Peru dan kemudian Meksiko pada akhir abad ke-16, menggambarkan xocolatl sebagai minuman dengan rasa pahit yang sangat disukai penduduk asli.
Perubahan Eropa
Setelah mengalahkan prajurit Montezuma dan mengambil kekayaan Aztec, Cortés kembali ke Spanyol pada tahun 1528. Dia membawa biji kakao dan peralatan pembuatan minuman cokelat. Pada saat ini, cokelat masih hanya minuman pahit yang dibuat oleh suku Maya. Cokelat panas manis dan cokelat batangan belum dibuat.
Setelah datang ke Eropa, minuman ini perlahan-lahan mendapatkan popularitas. Istana Raja Charles V segera mulai meminumnya, dan apa yang saat itu hanya disebut "cokelat" menjadi minuman populer di kalangan kelas atas Spanyol. Selain itu, kakao juga diberikan sebagai hadiah ketika Keluarga Kerajaan Spanyol menikahi bangsawan lainnya. Kemudian, harga cokelat sangat mahal di Eropa karena biji kakao hanya tumbuh di Amerika Selatan.
Pengiriman cokelat pertama ke Eropa untuk tujuan penjualan adalah pengiriman dari Veracruz ke Sevilla pada tahun 1585. Itu masih berupa minuman, tetapi orang-orang Eropa menambahkan gula untuk mempermanisnya, dan mengeluarkan cabai. Mereka juga menambahkan vanili, kayu manis, dan rempah-rempah lainnya. Cokelat panas manis kemudian dibuat, membuat cokelat panas menjadi barang mewah di kalangan bangsawan Eropa pada abad ke-17. Bahkan ketika Chocolate house pertama (toko seperti kedai kopi sekarang) dibuka pada tahun 1657, minuman ini masih berharga mahal. Satu pon harganya 50 hingga 75 pence (antara 50 dan 75 USD sekarang).
Pada akhir 1600-an, Hans Sloane, presiden Royal College of Physicians, pergi ke Jamaika. Di sana, ia mencoba cokelat dan tidak menyukainya, tetapi ternyata lebih baik dengan susu. Ketika ia kembali ke Inggris, ia membawa resepnya, membawa cokelat susu ke Eropa.
Pada tahun 1828, Coenraad Johannes van Houten membuat mesin pembuat bubuk kakao pertama di Belanda. Mesin press ini memisahkan lemak kakao berminyak dari biji kakao, meninggalkan bubuk cokelat di belakangnya. Bubuk ini - seperti bubuk kakao yang digunakan sekarang - lebih mudah diaduk ke dalam susu dan air, dan menghasilkan cokelat padat. Dengan menggunakan bubuk kakao dan sedikit mentega kakao, cokelat batangan kemudian dapat dibuat. Istilah "cokelat" kemudian berarti cokelat padat, bukan cokelat panas.