Hewan-hewan di Selandia Baru memiliki sejarah yang tidak biasa. Hal utama yang perlu diketahui adalah bahwa pulau-pulau tersebut merupakan bagian dari Gondwana, yang darinya mereka terpisah 84 juta tahun (mya) yang lalu. Selandia Baru memiliki beberapa hewan dan tumbuhan yang bertahan hidup dari masa itu, dan burung-burung yang terbang ke sana jauh setelahnya. Pulau-pulau ini terkenal dengan burung-burung terestrialnya, beberapa di antaranya adalah spesies besar (moas). Selama jutaan tahun, kepulauan ini tidak memiliki karnivora mamalia asli, dan satu-satunya pemangsa moas adalah burung-burung lain, seperti elang raksasa Haast.
Manusia tiba di Selandia Baru kurang dari 1.300 tahun yang lalu. Pada saat itu, satu-satunya mamalia di negara ini adalah kelelawar (yang terbang di sana), dan pinniped dan singa laut (yang berenang di sana). Ini berarti bahwa semua relung ekologi yang ditempati oleh mamalia di negeri lain ditempati di Selandia Baru oleh serangga atau burung. Karena hal ini, negara ini memiliki jumlah burung yang tidak bisa terbang yang luar biasa banyak, yang hanya kiwi, dan kakapo yang bertahan hidup.
Karena kurangnya predator, bahkan kelelawar menghabiskan sebagian besar waktunya di tanah. Ada juga sekitar 60 spesies kadal (30 tokek dan 30 skink), dan empat spesies katak (semuanya langka dan terancam punah). Ada dua spesies tuatara, Sphenodon, satu-satunya reptil yang masih hidup dalam ordonya. Fosil-fosil yang masih hidup ini adalah reptil dari jenis yang berkembang sejak 200 juta tahun yang lalu. Saat memetakan genomnya, telah ditemukan bahwa spesies ini memiliki antara lima hingga enam miliar pasang basa urutan DNA. Reptil ini sekarang hanya hidup di pulau-pulau di Selat Cook dan Bay of Plenty.
Manusia membawa serta Tikus Polinesia (Kiore) dan anjing. Orang Eropa kemudian membawa hewan-hewan peliharaan mereka. Dari semua ini, tikus, musang, kucing, tikus dan anjing semuanya memiliki efek serius pada hewan asli Selandia Baru. Mereka telah mendorong banyak spesies menuju kepunahan. Possum kemudian diintroduksi dari Australia untuk industri bulu, dan rusa dari Eropa sebagai hewan untuk diburu. Keduanya secara serius merusak habitat hutan dari banyak burung.
Dalam beberapa tahun terakhir ini, orang melakukan upaya untuk menyingkirkan mamalia dari lepas pantai, baik hewan-hewan besar maupun kecil. Di beberapa bagian daratan utama, mamalia benar-benar dimusnahkan di dalam area berpagar untuk menciptakan "pulau ekologi". Contohnya adalah Suaka Margasatwa Karori di Kota Wellington, di mana sekitar satu ton possum mati disingkirkan setelah pemasangan pagar anti mamalia, dan Proyek Restorasi Maungatautari.
