Publikasi pribadi
Buku manuskrip Potter memiliki judul Kisah Peter Rabbit dan Kebun Mr. Naskah itu ditolak oleh enam penerbit. Bahkan Frederick Warne & Co. menolak untuk mencetaknya, meskipun telah menunjukkan minat pada karya seninya beberapa tahun yang lalu. Beberapa penerbit menginginkan cerita yang lebih pendek. Yang lainnya menginginkan cerita yang lebih panjang. Hampir semua penerbit menginginkan gambar-gambarnya diwarnai. Potter menjadi frustrasi karena bukunya terus ditolak. Dia sudah merencanakan seperti apa bentuk bukunya. Dia ingin gaya dan ukuran bukunya seperti Little Black Sambo. Dia juga sudah memikirkan berapa harga bukunya.
Akhirnya, dia memutuskan untuk menerbitkan buku itu sendiri. Pada tanggal 16 Desember 1901, 460 eksemplar pertama The Tale of Peter Rabbit cetakan pribadinya diberikan kepada keluarga dan teman-temannya.
Edisi komersial pertama
Pada tahun 1901, seorang teman keluarga Potter, Canon Hardwicke Rawnsley, mengubah cerita Potter menjadi sebuah puisi dan mencoba memberikan versinya, bersama dengan ilustrasinya dan beberapa tulisannya yang telah dikoreksi, kepada Frederick Warne & Co. Perusahaan menolak versi Rawnsley, tetapi mereka ingin melihat naskah lengkap Potter. Mereka berharap bahwa Kisah Peter Rabbit akan sesukses Little Black Sambo karya Helen Bannerman yang sangat populer dan buku-buku anak-anak lainnya yang dijual pada waktu itu. Ketika Warne bertanya mengapa tidak ada warna dalam ilustrasinya, Potter menjawab bahwa warna kelinci-coklat dan hijau tidak menarik. Warne mengatakan bahwa dia tidak akan menerbitkan buku itu, tetapi dia mengatakan bahwa dia mungkin akan menerbitkan buku-buku lain yang ditulisnya nanti.
Warne menginginkan ilustrasi berwarna dalam Kisah Peter Rabbit, yang disebutnya 'buku kelinci'. Dia juga menyarankan agar mereka hanya menggunakan 32 ilustrasi, bukan 42 ilustrasi pertama. Pada awalnya, Potter tidak ingin mewarnai ilustrasinya, tetapi dia menyadari bahwa tidak mewarnai ilustrasinya akan menjadi ide yang buruk. Dia mengirimi Warne beberapa ilustrasi warna baru dengan salinan edisi cetak pribadinya. Warne kemudian memberikan kedua ilustrasi ini kepada seniman buku bergambar yang terkenal, L. Leslie Brooke, untuk mengetahui pendapatnya tentang gambar-gambar tersebut. Brooke sangat senang dengan karya Potter. Pada saat yang sama, buku bergambar kecil menjadi sangat populer.
Potter terus menunjukkan salinan yang dicetak secara pribadi kepada keluarga dan teman-temannya. Tak lama kemudian, cetakan pribadi pertama sebanyak 250 eksemplar terjual habis, dan 200 eksemplar lagi harus disiapkan. Dia mencatat dalam satu salinan bahwa kelinci peliharaannya, Peter, telah meninggal pada tanggal 26 Januari 1901. Ia telah berusia sembilan tahun.
Potter dan Warne setuju untuk menerbitkan dengan harga murah 5.000 eksemplar. Tahun berikutnya, kontrak resmi ditandatangani pada bulan Juni 1902. Potter bekerja keras dalam proses penerbitan cerita itu-dia menggambar kembali gambar-gambarnya ketika dia membutuhkannya, membuat perubahan kecil pada tulisan, dan mengoreksi tanda baca. Bahkan sebelum diterbitkan pada awal Oktober 1902, 8.000 eksemplar pertama telah terjual. Pada akhir tahun ada 28.000 eksemplar yang dicetak. Pada pertengahan tahun 1903 ada cetakan kelima, dan pada bulan yang sama, ada cetakan keenam. Setahun setelah publikasi komersial pertama, ada 56.470 eksemplar yang dicetak.
Hak cipta Amerika
Kantor Warne di New York tidak mendaftarkan hak cipta untuk The Tale of Peter Rabbit di Amerika Serikat. Karena hal ini, salinan buku yang tidak berlisensi mulai muncul pada musim semi tahun 1903. Tidak ada yang bisa menghentikan pencetakan salinan yang tidak berlisensi.
Hal ini membuat Potter kehilangan banyak uang. Dia mulai sepenuhnya menyadari perlunya melisensikan buku-bukunya dengan benar ketika, setelah dia berhasil menerbitkan The Tale of Squirrel Nutkin, ayahnya menemukan mainan tupai bernama Nutkin di Burlington Arcade pada Natal 1903.