Koalisi "Merah-Hijau" vs. Koalisi yang dipimpin Konservatif
Pada pemilu 1998, SPD mengatakan bahwa mereka ingin mengurangi tingkat pengangguran yang tinggi dan mengatakan bahwa orang-orang baru dibutuhkan dalam pemerintahan setelah 16 tahun pemerintahan Helmut Kohl.
Gerhard Schröder mengatakan bahwa dia adalah kandidat "Jalan Ketiga" sentris seperti Tony Blair dari Inggris dan Bill Clinton dari Amerika.
CDU/CSU mengatakan bahwa orang harus melihat seberapa baik keadaan mereka karena pemerintahan Kohl, dan bahwa CDU/CSU memiliki pengalaman dalam kebijakan luar negeri.
Tetapi pemerintah Kohl dirugikan dalam jajak pendapat karena pertumbuhan yang lebih lambat di timur dalam dua tahun sebelumnya, yang berarti kesenjangan antara timur dan barat melebar karena barat menjadi lebih kaya dan timur tidak.
Penghitungan kursi terakhir cukup untuk memungkinkan koalisi "merah-hijau" SPD dengan Aliansi '90/The Greens (Bündnis '90/Die Grünen), membawa Partai Hijau ke dalam pemerintahan nasional untuk pertama kalinya.
Bulan-bulan pertama pemerintahan baru ini diwarnai perselisihan kebijakan antara sayap kiri moderat dan tradisional SPD, dan sebagian pemilih merasa muak. Pemilihan negara bagian pertama setelah pemilihan federal diadakan di Hesse pada bulan Februari 1999. CDU meningkatkan suaranya sebesar 3,5%. CDU menjadi partai terbesar, dan menggantikan koalisi SPD/Hijau dengan koalisi CDU/FDP. Hasilnya sebagian dipandang sebagai referendum mengenai gagasan pemerintah federal untuk undang-undang kewarganegaraan baru, yang akan mempermudah penduduk asing yang sudah lama tinggal di Jerman untuk menjadi warga negara Jerman, dan juga untuk mempertahankan kewarganegaraan asli mereka.
Pada bulan Maret 1999, ketua SPD dan Menteri Keuangan Oskar Lafontaine, yang mewakili posisi sosial demokratik yang lebih tradisional, mengundurkan diri dari semua jabatan setelah kalah dalam perebutan kekuasaan internal partai melawan Schröder.
Dalam pemilihan umum negara bagian pada tahun 2000 dan 2001, masing-masing pemerintah koalisi yang dipimpin SPD atau CDU terpilih kembali ke tampuk kekuasaan.
Pemilihan Bundestag berikutnya adalah 22 September 2002. Gerhard Schröder memimpin koalisi SPD dan Partai Hijau meraih kemenangan 11 kursi atas CDU/CSU yang dipimpin oleh Edmund Stoiber (CSU). Dua faktor yang umumnya disebut-sebut yang memungkinkan Schröder memenangkan pemilihan umum meskipun peringkat persetujuannya buruk beberapa bulan sebelumnya: penanganan yang baik terhadap banjir Eropa 2002 dan penentangan tegas terhadap invasi Amerika Serikat ke Irak pada tahun 2003.
Perjanjian koalisi untuk koalisi merah-hijau kedua ditandatangani pada 16 Oktober 2002. Ada banyak menteri baru.
Kembalinya konservatif
Pada bulan Februari 2003, pemilihan umum berlangsung di negara bagian Hesse dan Lower Saxony, dimenangkan oleh kaum konservatif. Di Hesse, presiden menteri CDU Roland Koch terpilih kembali, dengan partainya CDU memperoleh kursi yang cukup untuk memerintah tanpa mitra koalisi sebelumnya, FDP.
Di Lower Saxony, mantan presiden menteri SPD, Sigmar Gabriel, kalah dalam pemilihan umum, yang mengarah ke pemerintahan CDU/FDP yang dikepalai oleh presiden menteri baru, Christian Wulff (CDU). Protes menentang perang Irak sedikit mengubah situasi ini, menguntungkan SPD dan Partai Hijau.
Pemilihan terakhir di negara bagian Bavaria menghasilkan kemenangan telak kaum konservatif, tidak hanya memperoleh mayoritas (seperti biasa), tetapi dua pertiga kursi parlemen.
Pada bulan April 2003, kanselir Schröder mengumumkan reformasi pasar tenaga kerja besar-besaran, yang disebut Agenda 2010. Ini termasuk perombakan sistem kantor pekerjaan Jerman (Arbeitsamt), pemotongan tunjangan pengangguran, dan subsidi bagi penganggur yang memulai bisnis mereka sendiri. Perubahan-perubahan ini umumnya dikenal dengan nama ketua komisi yang menggagasnya sebagai Hartz I - Hartz IV. Meskipun reformasi ini telah memicu protes besar-besaran, namun kini mereka dianggap bertanggung jawab atas peningkatan ekonomi dan penurunan angka pengangguran di Jerman pada tahun 2006/7.
Pemilu Eropa pada tanggal 13 Juni 2004 membawa kekalahan mengejutkan bagi Sosial Demokrat, yang hanya memperoleh sedikit lebih dari 21%, hasil pemilu terendah bagi SPD dalam pemilu nasional sejak Perang Dunia Kedua. Kaum liberal, Partai Hijau, konservatif, dan sayap kiri adalah pemenang pemilu Eropa di Jerman, karena para pemilih kecewa dengan pengangguran yang tinggi dan pemotongan jaminan sosial, sementara partai SPD yang memerintah tampaknya mementingkan pertengkaran di antara para anggotanya dan tidak memberikan arah yang jelas. Banyak pengamat percaya bahwa pemilu ini menandai awal dari akhir pemerintahan Schröder.
Kebangkitan Kanan
Pada bulan September 2004, pemilihan umum diadakan di negara bagian Saarland, Brandenburg, dan Saxony. Di Saarland, CDU yang memerintah mampu tetap berkuasa dan memperoleh satu kursi tambahan di parlemen dan SPD kehilangan tujuh kursi, sementara Liberal dan Hijau masuk kembali ke parlemen negara bagian. Partai Demokratik Nasional sayap kanan, yang tidak pernah mendapat lebih dari 1 atau 2% suara, menerima sekitar 4%, meskipun gagal mendapatkan kursi di parlemen negara bagian (sebuah partai harus memperoleh setidaknya 5% suara untuk mencapai perwakilan parlemen negara bagian).
Dua minggu kemudian, pemilihan umum diadakan di negara bagian timur Brandenburg dan Saxony: sekali lagi, secara keseluruhan, partai-partai yang berkuasa kehilangan suara dan meskipun mereka tetap berkuasa, partai-partai kanan-jauh membuat lompatan besar. Di Brandenburg, Deutsche Volksunion (DVU) masuk kembali ke parlemen negara bagian setelah memenangkan 6,1% suara. Di Saxony, NPD memasuki perjanjian non-kompetisi dengan DVU dan memperoleh 9,2% suara, sehingga memenangkan kursi di parlemen negara bagian. Karena kekalahan mereka pada pemungutan suara, CDU Saxony yang berkuasa terpaksa membentuk koalisi dengan SPD. Kebangkitan kanan ke kanan jauh mengkhawatirkan partai-partai politik yang berkuasa.
Pemilihan federal Jerman 2005
Pada tanggal 22 Mei 2005, seperti yang telah diprediksi, SPD dikalahkan di bekas pusatnya, Rhine-Westphalia Utara. Setengah jam setelah hasil pemilihan, ketua SPD Franz Müntefering mengumumkan bahwa kanselir akan membuka jalan bagi pemilihan federal dini dengan sengaja kehilangan mosi percaya.
Hal ini mengejutkan semua orang, terutama karena SPD berada di bawah 25% dalam jajak pendapat pada saat itu. Pada hari Senin berikutnya, CDU mengumumkan Angela Merkel sebagai kandidat konservatif untuk kanselir.
Sementara pada bulan Mei dan Juni 2005 kemenangan kaum konservatif tampak sangat mungkin, dengan beberapa jajak pendapat memberi mereka mayoritas absolut, hal ini berubah sesaat sebelum pemilihan pada tanggal 18 September 2005, terutama setelah kaum konservatif memperkenalkan Paul Kirchhof sebagai calon menteri keuangan, dan setelah duel TV antara Merkel dan Schröder di mana banyak yang menganggap Schröder telah tampil lebih baik.
Yang baru untuk pemilihan 2005 adalah aliansi antara Alternatif Elektoral untuk Buruh dan Keadilan Sosial (WASG) yang baru dibentuk dan PDS, yang berencana untuk bergabung menjadi partai bersama (lihat Partai Kiri.PDS). Dengan mantan ketua SPD Oskar Lafontaine untuk WASG dan Gregor Gysi untuk PDS sebagai tokoh terkemuka, aliansi ini segera menarik perhatian media dan masyarakat. Jajak pendapat pada bulan Juli menunjukkan angka 12%.
Setelah sukses dalam pemilihan negara bagian Saxony, aliansi antara partai-partai sayap kanan Partai Demokratik Nasional dan Deutsche Volksunion (DVU), yang berencana melompati "rintangan lima persen" dengan tiket partai yang sama, menjadi isu media lainnya.
Hasil pemilihan umum tanggal 18 September 2005 sangat mengejutkan. Hasil tersebut sangat berbeda dari jajak pendapat pada minggu-minggu sebelumnya. Kaum konservatif kehilangan suara dibandingkan dengan tahun 2002, hanya mencapai 35%, dan gagal mendapatkan mayoritas untuk pemerintahan "hitam-kuning" yang terdiri atas CDU/CSU dan FDP liberal. FDP memperoleh 10% suara, salah satu hasil terbaik mereka. Tetapi koalisi merah-hijau juga gagal mendapatkan mayoritas, dengan SPD kehilangan suara, tetapi mengumpulkan 34% dan hijau tetap pada 8%. Aliansi partai kiri mencapai 8,7% dan masuk Parlemen Jerman, sedangkan NPD hanya mendapat 1,6%.
Hasil yang paling mungkin dari pembicaraan koalisi adalah apa yang disebut "koalisi besar" antara konservatif (CDU/CSU) dan sosial demokrat (SPD), dengan tiga partai kecil (liberal, hijau dan kiri) sebagai oposisi. Koalisi lain yang mungkin termasuk "koalisi lampu lalu lintas" antara SPD, FDP dan Partai Hijau dan "koalisi Jamaika" antara CDU/CSU, FDP dan Partai Hijau. Koalisi yang melibatkan Partai Kiri dikesampingkan oleh semua partai (termasuk Partai Kiri itu sendiri), meskipun kombinasi salah satu partai besar dan dua partai kecil secara matematis akan memiliki mayoritas. Dari kombinasi-kombinasi ini, hanya koalisi merah-merah-hijau yang secara politis bahkan bisa dibayangkan. Baik Gerhard Schröder maupun Angela Merkel mengumumkan bahwa mereka telah memenangkan pemilihan dan harus menjadi kanselir berikutnya.
Pada tanggal 10 Oktober, pembicaraan diadakan antara Franz Müntefering, ketua SPD, Gerhard Schröder, Angela Merkel dan Edmund Stoiber, ketua CSU. Pada sore hari diumumkan bahwa CDU/CSU dan SPD akan memulai negosiasi koalisi formal dengan tujuan Koalisi Besar dengan Angela Merkel sebagai kanselir Jerman berikutnya.
Angela Merkel adalah wanita pertama, orang Jerman Timur pertama, dan ilmuwan pertama yang menjadi kanselir serta kanselir termuda di Jerman yang pernah ada. Pada tanggal 22 November 2005 Angela Merkel dilantik oleh presiden Horst Köhler untuk jabatan Bundeskanzlerin.