Pada bulan April 1861, Perang Saudara Amerika pecah. Carson meninggalkan pekerjaannya sebagai agen Indian, dan bergabung dengan Tentara Union. Dia diangkat menjadi letnan. Dia memimpin Infanteri Sukarela New Mexico ke-1. Dia melatih orang-orang baru. Pada Oktober 1861, ia diangkat menjadi kolonel. Relawan bertempur melawan pasukan Konfederasi di Valverde, New Mexico pada Februari 1862. Konfederasi memenangkan pertempuran ini, tetapi kemudian dikalahkan.
Kampanye melawan Apache
Setelah Konfederasi diusir dari New Mexico, komandan Carson, Mayor James Henry Carleton, mengalihkan perhatiannya ke penduduk asli Amerika. Sejarawan Edwin Sabin menulis bahwa perwira ini memiliki "kebencian psikopat terhadap Apache". Carleton memimpin pasukannya jauh ke dalam wilayah Mescalero Apache. Mescalero Apache lelah berperang, dan menempatkan diri mereka di bawah perlindungan Carson. Carleton menempatkan Apache ini di sebuah reservasi terpencil dan sepi di sebelah timur Sungai Pecos.
Carson tidak menyukai suku Apache. Dia menulis dalam sebuah laporan bahwa Apache Jicarilla "benar-benar orang Indian yang paling merendahkan dan menyusahkan yang kami miliki di departemen kami .... [Setiap hari kami menyaksikan mereka dalam keadaan mabuk di alun-alun kami." Carson dengan setengah hati mendukung rencana Carleton. Dia lelah. Dia telah menderita cedera dua tahun sebelumnya yang memberinya masalah besar. Dia mengundurkan diri dari Angkatan Darat pada Februari 1863. Carleton menolak menerima pengunduran diri itu karena dia ingin Carson memimpin kampanye melawan Navajo.
Kampanye melawan Navajos
Carleton telah memilih lokasi suram di Sungai Pecos untuk reservasi. Reservasi ini disebut Bosque Redondo (Round Grove). Dia memilih situs ini untuk Apache dan Navajo karena jauh dari pemukiman kulit putih. Dia juga ingin Apache dan Navajo ini bertindak sebagai penyangga untuk setiap tindakan agresif yang dilakukan terhadap pemukiman kulit putih dari Kiowas dan Comanches di sebelah timur Bosque Redondo. Dia juga berpikir bahwa keterpencilan dan kehancuran reservasi akan mencegah pemukiman kulit putih.
Suku Apache Mescalero berjalan sejauh 130 mil ke reservasi. Pada bulan Maret 1863, empat ratus Apache telah menetap di sekitar Fort Sumner di dekatnya. Yang lainnya telah melarikan diri ke barat untuk bergabung dengan kelompok Apache yang melarikan diri. Pada pertengahan musim panas, banyak dari orang-orang ini menanam tanaman dan melakukan pekerjaan pertanian lainnya.
Pada tanggal 7 Juli, Carson, dengan sedikit hati untuk pengumpulan Navajo, memulai kampanye melawan suku tersebut. Perintahnya hampir sama dengan perintah untuk pengumpulan Apache: dia harus menembak semua laki-laki di lokasi, dan membawa para wanita dan anak-anak sebagai tawanan. Tidak ada perjanjian damai yang harus dibuat sampai semua Navajo berada di reservasi.
Carson mencari Navajo jauh-jauh dan luas. Dia menemukan rumah, ladang, hewan, dan kebun mereka, tetapi Navajo ahli dalam menghilang dengan cepat dan bersembunyi di tanah mereka yang luas. Penangkapan itu merupakan frustrasi besar bagi Carson. Dia berusia 50-an tahun, lelah, dan sakit. Pada musim gugur 1863, Carson mulai membakar rumah-rumah dan ladang Navajo, dan memindahkan hewan-hewan mereka dari daerah tersebut. Navaho akan kelaparan jika penghancuran ini terus berlanjut. Seratus delapan puluh delapan Navajo menyerah. Mereka dikirim ke Bosque Redondo. Kehidupan di Bosque berubah menjadi suram. Pembunuhan terjadi. Apache dan Navajo bertempur. Air di Pecos mengandung mineral yang membuat orang kram dan sakit perut. Penduduk harus berjalan sekitar dua belas mil untuk menemukan kayu bakar.
Canyon de Chelly
Carson ingin istirahat musim dingin dari kampanye. Mayor Carleton menolak. Kit diperintahkan untuk menyerang Canyon de Chelly. Di sinilah banyak orang Navajo berlindung. Sejarawan David Roberts menulis, "Penyisiran Carson melalui Canyon de Chelly pada musim dingin 1863-1864 akan terbukti menjadi tindakan yang menentukan dalam Kampanye."
Canyon de Chelly adalah tempat suci bagi suku Navajo. Mereka percaya bahwa tempat itu sekarang akan menjadi tempat perlindungan terkuat mereka. Tiga ratus orang Navajo berlindung di tepi ngarai di tempat yang disebut Fortress Rock. Mereka melawan invasi Carson dengan membangun tangga tali, jembatan, menurunkan pot-pot air ke dalam aliran sungai, dan menjauhkan diri dari pandangan. Tiga ratus Navajo ini selamat dari invasi. Pada bulan Januari 1864, Carson menyapu Ngarai 35 mil dengan pasukannya. Dia menebang ribuan pohon persik di Canyon. Hanya sedikit Navajo yang terbunuh atau tertangkap. Namun, invasi Carson membuktikan kepada Navajo bahwa orang kulit putih dapat menyerang negara mereka kapan saja. Banyak Navajo menyerah di Fort Canby.
Pada Maret 1864, ada 3.000 pengungsi di Fort Canby. Tambahan 5.000 orang tiba di kamp. Mereka menderita kedinginan dan kelaparan yang hebat. Carson meminta persediaan untuk memberi makan dan pakaian mereka. Ribuan Navajo dibawa ke Bosque Redondo. Banyak yang meninggal di sepanjang jalan. Orang-orang yang tersesat di belakang ditembak dan dibunuh. Dalam sejarah Navajo, perjalanan mengerikan ini dikenal sebagai The Long Walk. Pada tahun 1866, laporan menunjukkan bahwa Bosque Redondo gagal total. Mayor Carleton dipecat. Kongres memulai penyelidikan. Pada tahun 1868, sebuah perjanjian ditandatangani, dan Navajo diizinkan untuk kembali ke tanah air mereka. Bosque Redondo ditutup.
Pertempuran Pertama Tembok Adobe
Pada tanggal 25 November 1864, Carson memimpin pasukannya melawan suku-suku barat daya pada Pertempuran Pertama Adobe Walls di Texas panhandle. Adobe Walls adalah pos perdagangan yang ditinggalkan yang diledakkan oleh penduduknya untuk mencegah pengambilalihan oleh penduduk asli Amerika yang bermusuhan. Para pejuang pada Pertempuran Pertama adalah Angkatan Darat Amerika Serikat dan massa Kiowas, Comanches, dan Apache Plains. Itu adalah salah satu pertempuran terbesar yang terjadi di Great Plains. Komisi Perpustakaan dan Arsip Negara Bagian Texas menulis: "Hasil dari Adobe Walls adalah kekalahan spiritual yang menghancurkan bagi orang Indian. Hal itu juga mendorong militer AS untuk mengambil tindakan terakhirnya untuk menghancurkan orang Indian untuk selamanya. Dalam setahun, perang panjang antara orang kulit putih dan Indian di Texas akan mencapai kesimpulannya."
Pertempuran itu adalah hasil dari keyakinan Jenderal Carleton bahwa penduduk asli Amerika bertanggung jawab atas serangan yang terus berlanjut terhadap pemukim kulit putih di sepanjang Santa Fe Trail. Dia ingin menghukum para pencuri dan pembunuh ini, dan membawa Carson untuk melakukan pekerjaan itu. Dengan sebagian besar Angkatan Darat yang terlibat di tempat lain selama Perang Saudara Amerika, perlindungan yang dicari para pemukim hampir tidak ada. Mereka memohon bantuan. Carson memimpin 260 kavaleri, 75 infanteri, dan 72 pengintai Tentara Ute dan Jicarilla Apache. Selain itu, dia memiliki dua meriam howitzer gunung.
Pada pagi hari tanggal 25 November, Carson menemukan dan menyerang sebuah desa Kiowa yang terdiri dari 176 pondok. Setelah kehancuran, dia bergerak maju ke Adobe Walls. Carson menemukan desa-desa Comanche lainnya di daerah itu, dan menyadari bahwa dia akan menghadapi kekuatan penduduk asli Amerika yang sangat besar. Seorang Kapten Pettis memperkirakan bahwa 1.200 hingga 1.400 Comanche dan Kiowa mulai berkumpul. Jumlahnya akan membengkak menjadi mungkin 3.000 orang. Pertempuran selama empat hingga lima jam pun terjadi. Ketika Carson kehabisan amunisi dan peluru howitzer, dia memerintahkan anak buahnya untuk mundur ke desa Kiowa terdekat. Di sana mereka membakar desa dan banyak jubah kerbau yang bagus. Pengintai asli Amerika-nya membunuh dan memutilasi empat Kiowa yang sudah tua dan lemah. Pengunduran diri ke New Mexico kemudian dimulai. Ada beberapa kematian di antara pasukan Carson. Jenderal Carleton menulis kepada Carson: "Peristiwa brilian ini menambah satu lagi daun hijau pada karangan bunga laurel yang telah Anda menangkan dengan begitu mulia dalam pelayanan negara Anda." Pertempuran ini dianggap oleh beberapa orang sebagai momen terbaik Carson, dan dianggap sebagai salah satu faktor yang membuat Kiowas dan Comanches menuntut perdamaian pada tahun 1865.
"Lemparkan beberapa peluru ke dalam kerumunan di sana."
Kit Carson kepada perwira artileri Letnan Pettis
Beberapa dari mereka yang telah mempelajari pertempuran itu percaya bahwa Carson benar dalam memerintahkan pasukannya untuk mundur. Hanya satu kulit kepala Comanche yang dilaporkan diambil oleh tentara Carson. Pertempuran Pertama di Adobe Walls akan menjadi yang terakhir kalinya Comanche dan Kiowa memaksa pasukan Amerika untuk mundur dari pertempuran. Adobe Walls menandai awal dari akhir suku-suku dataran dan cara hidup mereka.
Satu dekade kemudian, Pertempuran Kedua Adobe Walls terjadi pada tanggal 27 Juni 1874, antara 250 dan 700 Comanche dan sekelompok 28 pemburu yang mempertahankan Adobe Walls. Setelah pengepungan selama empat hari, ratusan penduduk asli Amerika mundur. Pertempuran Kedua menyebabkan Perang Sungai Merah tahun 1874-1875, perang yang mengakibatkan relokasi akhir suku Indian Plains Selatan ke reservasi di Oklahoma.