Johannes Peter Müller (14 Juli 1801 - 28 April 1858), adalah seorang ahli fisiologi Jerman, ahli anatomi komparatif, ahli ichthyologist, dan herpetologist. Pada tahun 1833 ia menjadi Profesor fisiologi di Universitas Berlin.

Pada bagian akhir hidupnya, ia terutama mengabdikan dirinya pada anatomi komparatif. Ikan dan invertebrata laut adalah subjek favoritnya. Ia melakukan 19 perjalanan ke Baltik dan Laut Utara, Laut Adriatik dan Mediterania untuk menyelidiki kehidupan air asin.

Dia menulis karya komprehensif tentang anatomi amfibi, yang pada eranya termasuk reptil. Selain itu, ia juga mendeskripsikan beberapa spesies ular baru.

Müller membimbing beberapa ahli fisiologi dan biologi terkemuka, termasuk Hermann von Helmholtz, Emil du Bois-Reymond, Theodor Schwann, Friedrich Gustav Jakob Henle, Carl Ludwig dan Ernst Haeckel. Pada tahun 1834, ia terpilih sebagai anggota asing Akademi Ilmu Pengetahuan Kerajaan Swedia. Ia dianugerahi Medali Copley dari Royal Society pada tahun 1854.