Di bawah ini adalah garis waktu musim badai Atlantik 2006, daftar semua formasi badai, penguatan, pelemahan, pendaratan, transisi ekstratropis, serta disipasi. Musim badai Atlantik 2006 adalah musim di mana peristiwa El Niño menghentikan banyak aktivitas siklon tropis, terutama di akhir musim. Musim ini secara resmi dimulai pada tanggal 1 Juni 2006, dan berlangsung hingga 30 November. Untuk kenyamanan dan kejelasan, dalam garis waktu di bawah ini, semua pendaratan dicetak tebal. Garis waktu ini juga mencakup informasi yang tidak dirilis secara operasional, yang berarti bahwa informasi dari tinjauan pasca-badai oleh Pusat Badai Nasional, seperti informasi tentang badai yang tidak diperingatkan secara operasional, telah dimasukkan.

Bilah grafis di atas memberikan gambaran singkat tentang aktivitas badai selama musim, dan untuk kenyamanan, intensitas maksimum badai dimasukkan sebagai bilah warna. Badai Tropis Zeta dari tahun 2005 bertahan hingga tahun 2006, oleh karena itu bagian Januari telah dimasukkan dalam garis waktu teks.