Bank Data Protein

Pengarang: Leandro Alegsa

18-06-2022

Protein Data Bank (PDB) adalah kumpulan informasi tentang struktur tiga dimensi (3-D) molekul biologis besar, seperti protein dan asam nukleat. Ahli biologi dan biokimia dari seluruh dunia mengirimkan data. Sebagian besar data berasal dari kristalografi sinar-X atau spektroskopi NMR. Siapa pun dapat mengakses PDB secara online gratis. Bank Data Protein Seluruh Dunia, wwPDB, mengelola PDB.

PDB berguna bagi para ilmuwan yang mempelajari biologi struktural dan genomik struktural. Banyak ilmuwan harus mengirimkan informasi mereka ke database. Jurnal ilmiah utama dan beberapa lembaga pendanaan, seperti National Institutes of Health di Amerika Serikat memiliki aturan yang menyuruh para ilmuwan untuk mengirim data ke PDB. PDB memiliki data asli atau primer. Ratusan database lain menggunakan kembali data tersebut. Basis data sekunder ini mengatur informasi dengan cara yang berbeda. Sebagai contoh, baik SCOP dan CATH menempatkan struktur ke dalam kelompok-kelompok yang diatur oleh jenis struktur dan ide-ide tentang bagaimana mereka terkait melalui evolusi. Gene ontology menempatkan data ke dalam kelompok berdasarkan gen.

Halaman terkait

Basis Data Gerakan Molekul
Bank Data Protein Seluruh Dunia (wwPDB) - situs induk untuk host regional (di bawah)

Bank Data Protein RCSB (Amerika Serikat)
PDBe (Eropa)
PDBj (Jepang)
BMRB, Bank Data Resonansi Magnetik Biologis (AS)

Dokumentasi wwPDB - dokumentasi tentang format file PDB dan PDBML
Melihat Struktur - Pengantar RCSB untuk kristalografi
Halaman Utama PDBsum - Mengekstrak data dari database lain tentang struktur PDB.
Nucleic Acid Database, NDB - cermin PDB terutama untuk mencari asam nukleat
Tutorial PDB pengantar yang disponsori oleh PDB

Pertanyaan dan Jawaban

T: Apa yang dimaksud dengan Bank Data Protein (PDB)?

J: Bank Data Protein (PDB) adalah kumpulan informasi tentang struktur tiga dimensi (3-D) molekul biologis besar, seperti protein dan asam nukleat.

T: Dari mana data dalam PDB berasal?

J: Sebagian besar data berasal dari kristalografi sinar-X atau spektroskopi NMR.

T: Siapa yang mengirimkan data untuk PDB?

J: Ahli biologi dan biokimia dari seluruh dunia mengirimkan data.

T: Apakah semua orang dapat mengakses PDB?

J: Ya, siapa pun dapat mengakses PDB secara gratis secara online.

T: Siapa yang mengelola PDB?

J: Bank Data Protein Dunia (wwPDB) mengelola PDB.

T: Mengapa PDB berguna bagi para ilmuwan?

J: PDB berguna bagi para ilmuwan yang mempelajari biologi struktural dan genomik struktural.

T: Siapa yang mengirimkan informasi mereka ke PDB?

J: Banyak ilmuwan yang mengirimkan informasi mereka ke pangkalan data. Jurnal ilmiah besar dan beberapa lembaga pendanaan, seperti National Institutes of Health di Amerika Serikat memiliki peraturan yang mewajibkan ilmuwan untuk mengirimkan data ke PDB.