Kapal ini meninggalkan Ushuaia, Argentina pada tanggal 11 November 2007, dalam pelayaran 19 hari yang dimaksudkan untuk menelusuri rute penjelajah abad ke-20 Ernest Shackleton melalui Drake Passage (daerah yang biasanya penuh badai dengan lautan yang ganas). Setelah mengunjungi Kepulauan Falkland dan Pulau Georgia Selatan, Explorer menabrak objek terendam tak dikenal di Selat Bransfield dekat dengan Pulau King George di Samudra Antartika, dekat Kepulauan Shetland Selatan, pada tanggal 23 November 2007. Objek yang ditabrak oleh Explorer menyebabkan lubang berukuran 10 x 4 inci (25 x 10 cm) pada sisi pelabuhan kapal (sisi kiri) yang memungkinkan air laut masuk ke dalam kapal.
Seorang penumpang melaporkan adanya air laut di kabin sekitar pukul 03:00 UTC. Meskipun beberapa laporan menunjukkan bahwa tidak ada dampak yang nyata, atau setidaknya tidak lebih dari keretakan es yang biasa dialami saat berlayar melalui perairan es, laporan lain mengatakan bahwa ada ledakan keras. Beberapa laporan juga mengindikasikan bahwa kapal tersebut melayang ke gunung es di sisi kanan Explorer saat kru sedang menilai kerusakan yang disebabkan oleh benturan asli ke sisi pelabuhan kapal.
Panggilan mayday dilakukan oleh kapal pada pukul 04:24 UTC, dan operasi penyelamatan dengan cepat dikoordinasikan oleh Prefectura Naval (Korps Penjaga Pantai) Republik Argentina, dan Pusat Pencarian dan Penyelamatan Angkatan Laut Chili. Chili mengirimkan kapal pemecah es Almirante Viel, dan kapal komersial terdekat termasuk MN Ushuaia, National Geographic Endeavour, dan kapal Norwegian Coastal Express MS Nordnorge yang beroperasi sebagai kapal pesiar penumpang pada saat itu. Pada pukul 07:30 UTC, semua 91 penumpang, 9 pemandu, dan 54 kru, dari lebih dari 14 negara, meninggalkan kapal dan naik ke rakit penyelamat, di mana mereka terapung-apung selama tiga hingga empat jam, sampai mereka dijemput oleh kapal Norwegia MS Nordnorge yang tiba di tempat kejadian pada pukul 10:00 UTC. Diyakini bahwa Explorer tenggelam sekitar pukul 19:00 UTC. Secara kebetulan, sebelumnya pada tahun 2007, MS Nordnorge terlibat dalam penyelamatan Antartika lainnya ketika mengevakuasi 294 penumpang dari kapal saudaranya, MS Nordkapp, ketika Nordkapp kandas di Pulau Deception, bagian dari kepulauan Kepulauan South Shetland Islands yang sama terpencilnya.
Beberapa dari mereka yang diselamatkan oleh Nordnorge dibawa ke Stasiun Eduardo Frei Montalva Chili di Pulau King George. Kemudian mereka diterbangkan dengan pesawat angkut C-130 Hercules dari Angkatan Udara Chili ke Punta Arenas, Chili, dalam dua penerbangan terpisah pada hari Sabtu, 24 November, dan Minggu, 25 November 2007. Sekitar 70 orang yang selamat dibawa ke Pangkalan Artigas Uruguay. Explorer tenggelam dalam waktu 20 jam setelah menabrak objek terendam yang tidak diketahui yang dilaporkan sebagai es.
