Seleksi penyeimbangan mengacu pada proses selektif di mana alel-alel yang berbeda (versi gen yang berbeda) disimpan dalam kumpulan gen suatu populasi pada frekuensi di atas frekuensi mutasi gen.

Hal ini biasanya terjadi ketika heterozigot untuk suatu gen memiliki kebugaran relatif lebih tinggi daripada homozigot. Dengan cara ini polimorfisme genetik dilestarikan.

Bukti untuk menyeimbangkan seleksi dapat ditemukan dalam jumlah alel dalam populasi yang dipertahankan di atas frekuensi tingkat mutasi. Semua penelitian modern telah menunjukkan bahwa variasi genetik yang signifikan ini umum terjadi pada populasi panmictic. Ini adalah pengalaman lapangan Darwin, Wallace dan lainnya, bahwa populasi alami di alam liar sangat bervariasi. Koleksi museum dari spesies tunggal menceritakan kisah yang sama.

Ada beberapa cara seleksi penyeimbang bekerja untuk mempertahankan polimorfisme. Dua yang utama dan paling banyak dipelajari adalah keuntungan heterozigot dan seleksi yang bergantung pada frekuensi.