Thomas Hunt Morgan (25 September 1866 - 4 Desember 1945) adalah seorang ahli genetika dan embriologi Amerika. Morgan mengambil gelar PhD di Johns Hopkins University pada tahun 1890, dan meneliti embriologi saat berada di Bryn Mawr College.
Setelah penemuan kembali pewarisan Mendelian pada tahun 1900, Morgan mengalihkan penelitiannya ke lalat buah Drosophila melanogaster. Pada tahun 1904, E.B. Wilson mengundang Morgan untuk bergabung dengannya di Universitas Columbia. Langkah ini membebaskan Morgan untuk fokus sepenuhnya pada pekerjaan eksperimental. Di Ruang Lalatnya yang terkenal di Columbia, Morgan mampu menunjukkan bahwa gen dibawa pada kromosom dan merupakan dasar mekanis hereditas. Penemuan-penemuan ini membentuk dasar dari ilmu genetika modern.
Morgan pindah ke California pada tahun 1928 untuk mengepalai Divisi Biologi di California Institute of Technology (CalTech). Penelitian difokuskan pada genetika dan evolusi; embriologi eksperimental; fisiologi; biofisika dan biokimia.
Ia diberi Hadiah Nobel dalam bidang Fisiologi atau Kedokteran pada tahun 1933. Itu adalah yang pertama diberikan untuk genetika, untuk penemuannya mengenai peran yang dimainkan oleh kromosom dalam hereditas. Hadiah itu tidak dibagikan dengan peneliti utama laboratoriumnya, Alfred Sturtevant, sebuah keputusan Komite Nobel yang tentu saja kontroversial.
Pekerjaan awal Morgan dengan Drosophila adalah pada asosiasi yang dikenal sebagai 'kopling' dan 'tolakan', yang ditemukan oleh para pekerja Inggris pada tahun 1909 dan 1910 menggunakan Sweet Pea. Ini, pada kenyataannya, adalah fenomena yang sama, yang kemudian disebut keterkaitan. Makalah pertama Morgan berurusan dengan demonstrasi keterkaitan jenis kelamin gen untuk mata putih pada lalat, lalat jantan menjadi heterogametik (XY).
Selama karirnya yang cemerlang, Morgan menulis 22 buku dan 370 makalah ilmiah, dan, sebagai hasil karyanya, Drosophila menjadi 'organisme model' utama dalam genetika. Divisi Biologi yang ia mulai di California Institute of Technology menghasilkan tujuh pemenang Hadiah Nobel.