Pada awalnya, Muhammad Ali mengobarkan perang atas nama Sultan Ottoman, Mahmud II, di Arab dan Yunani. Belakangan, ia terlibat konflik terbuka dengan Kesultanan Utsmaniyah.
Kampanye militer pertamanya adalah ekspedisi ke Semenanjung Arab. Kota-kota suci Mekah, dan Madinah telah direbut oleh House of Saud, yang memegang bentuk Islam yang disebut Wahhabisme. Dipersenjatai dengan semangat keagamaan mereka yang baru, Muhammad ibn Saud mulai menaklukkan bagian-bagian Arab.
Dengan tentara utama Utsmaniyah yang sibuk di Eropa, Mahmud II berpaling kepada Muhammad Ali untuk merebut kembali wilayah-wilayah Arab. Muhammad Ali pada gilirannya menunjuk putranya, Tusun Pasha, untuk memimpin ekspedisi militer pada 1811. Kampanye itu berbalik di Arab; namun, serangan kedua diluncurkan pada tahun 1812 yang merebut kembali Hejaz.p43-44 Setelah kampanye dua tahun, Saudi dihancurkan dan sebagian besar keluarga Saudi ditangkap. Pemimpin keluarga, Abdullah ibn Saud, dikirim ke Istanbul, dan dieksekusi. p48
Muhammad Ali selanjutnya mengalihkan perhatiannya pada kampanye militer yang dirancangnya sendiri, dimulai dengan Sudan yang dipandangnya sebagai tambahan wilayah, emas, dan budak yang berharga. Sudan pada saat itu tidak memiliki otoritas pusat yang nyata dan menggunakan persenjataan primitif dalam pertikaian sukunya.
Pada tahun 1820 Muhammad Ali mengirim pasukan yang terdiri dari 5.000 tentara yang dikomandoi oleh putra ketiganya, Ismail, ke selatan ke Sudan dengan maksud menaklukkan wilayah itu dan menundukkannya ke dalam otoritasnya.p51 Pasukan Ali berhasil masuk ke Sudan pada tahun 1821, tetapi mendapat perlawanan sengit. Akhirnya, pasukan dan senjata api Mesir memastikan penaklukan Sudan. Ali sekarang memiliki pos terdepan yang darinya dia dapat memperluas ke sumber Sungai Nil di Ethiopia, dan Uganda. Pemerintahannya menangkap budak-budak dari Sudan, yang kemudian dijadikan resimen kaki tentara. Pemerintahan Ali yang keras di Sudan, dan para penerusnya, pada akhirnya mengarah pada perjuangan kemerdekaan yang populer dari Mahdi yang memproklamirkan diri sebagai Mahdi, Muhammed Ahmed, pada tahun 1881.
Ketika Muhammad Ali memperluas kekuasaannya ke Afrika, Kesultanan Utsmaniyah menghadapi pemberontakan etnis di wilayah-wilayah Eropa-nya. Pemberontakan Yunani melawan pemerintahan Utsmaniyah dimulai pada tahun 1821. Tentara Utsmaniyah gagal memadamkan pemberontakan, dan kekerasan etnis menyebar sampai ke Konstantinopel. Sultan Mahmud II menawarkan Muhammad Ali pulau Kreta sebagai imbalan atas dukungannya dalam memadamkan pemberontakan.
Muhammed Ali mengirim 16.000 tentara, 100 angkutan, dan 63 kapal pengawal di bawah komando putranya, Ibrahim Pasha.p71 . Inggris, Prancis, dan Rusia turun tangan untuk melindungi Yunani. Pada 20 Oktober 1827 di Navarino, seluruh angkatan laut Mesir ditenggelamkan oleh armada Sekutu Eropa di bawah komando Laksamana Edward Codrington (1770-1851). Muhammad Ali menderita kehilangan angkatan lautnya yang kompeten dan mahal. Dengan armadanya hancur, Mesir tidak memiliki cara untuk mendukung pasukannya di Yunani dan terpaksa mundur. Pada akhirnya kampanye tersebut membuat Muhammad Ali kehilangan angkatan lautnya tanpa keuntungan.
Untuk mengimbangi kerugiannya dan Mesir, penaklukan Suriah mulai dilakukan. Seperti penguasa Mesir sebelum dia, Ali ingin mengendalikan Levant, baik untuk nilai strategis dan sumber daya alamnya yang kaya. Suriah tidak hanya memiliki sumber daya alam yang melimpah, tetapi juga memiliki komunitas perdagangan internasional yang berkembang pesat dengan pasar yang berkembang dengan baik di seluruh Levant. Ini akan menjadi pasar tawanan untuk barang-barang yang sekarang diproduksi di Mesir. Mungkin yang terbaik dari semuanya, Suriah diinginkan sebagai negara penyangga antara Mesir dan Sultan Ottoman.
Armada baru dibangun, tentara baru dibangkitkan dan pada tanggal 31 Oktober 1831, di bawah Ibrahim Pasha, invasi Mesir ke Suriah memulai Perang Turki-Mesir Pertama. Orang-orang Mesir menyerbu sebagian besar Suriah dengan mudah. Perlawanan terkuat dan hanya benar-benar signifikan dilakukan di kota pelabuhan Acre. Pasukan Mesir akhirnya merebut kota itu setelah pengepungan selama enam bulan. Keresahan di front dalam negeri Mesir meningkat selama pengepungan. Ali dipaksa untuk semakin memeras Mesir untuk mendukung kampanyenya, dan rakyatnya membenci beban yang bertambah.
Setelah jatuhnya Acre, tentara Mesir berbaris ke utara ke Anatolia. Pada Pertempuran Konya (21 Desember 1832), Ibrahim Pasha dengan telak mengalahkan tentara Ottoman yang dipimpin oleh Wazir Agung Reshid Pasha. Sekarang tidak ada hambatan militer antara pasukan Ibrahim dan Konstantinopel sendiri.
Selama masa kampanye, Muhammad Ali mengawasi kekuatan Eropa dengan cermat. Khawatir akan adanya intervensi lain yang akan membalikkan semua keuntungannya, ia melanjutkannya secara perlahan dan hati-hati. Misalnya, ia melanjutkan praktik penggunaan nama Sultan pada salat Jumat di wilayah yang baru direbut. Dia terus mengedarkan koin Ottoman alih-alih mengeluarkan koin baru yang memiliki kemiripan dengannya.p111 Selama gerakan Muhammad Ali tidak mengancam keruntuhan total negara Utsmaniyah, kekuatan-kekuatan di Eropa tetap menjadi pengamat yang pasif.
Terlepas dari pertunjukan ini, tujuan Muhammad Ali sekarang adalah untuk menyingkirkan Sultan Utsmaniyah Mahmud II saat ini dan menggantikannya dengan putra sultan, Abdülmecid yang masih bayi. Kemungkinan ini begitu mengkhawatirkan Mahmud II sehingga ia menerima tawaran bantuan militer Rusia. Hal ini berujung pada Perjanjian Hünkâr Iskelesi.p72 Keuntungan Rusia membuat pemerintah Inggris dan Prancis kecewa, sehingga mereka mengupayakan solusi yang dinegosiasikan. Pada bulan Mei 1833, Konvensi Kutahya ditandatangani.
Syarat perdamaian adalah bahwa Ali akan menarik pasukannya dari Anatolia dan menerima wilayah Kreta dan Hejaz sebagai kompensasi. Ibrahim Pasha akan ditunjuk sebagai Wāli Suriah. Namun, perjanjian perdamaian itu tidak memberikan Muhammad Ali sebuah kerajaan yang independen untuk dirinya sendiri, sehingga ia tidak memiliki keinginan. p122
