Pada awal Mei 1779, Arnold bertemu dengan Stansbury. Stansbury, yang kesaksiannya di hadapan komisi Inggris rupanya keliru menempatkan tanggal pada bulan Juni, mengatakan bahwa, setelah bertemu dengan Arnold, "Saya pergi secara diam-diam ke New York dengan membawa tender layanan [Arnold] kepada Sir Henry Clinton." Mengabaikan instruksi dari Arnold untuk tidak melibatkan orang lain dalam komplotan itu, Stansbury menyeberangi garis Inggris dan pergi menemui Jonathan Odell di New York. Odell adalah seorang Loyalis yang bekerja dengan William Franklin, Gubernur Kolonial terakhir New Jersey dan putra Benjamin Franklin. Pada tanggal 9 Mei Franklin memperkenalkan Stansbury kepada Mayor André, yang baru saja diangkat menjadi kepala mata-mata Inggris. Ini adalah awal dari korespondensi rahasia antara Arnold dan André, kadang-kadang menggunakan istrinya Peggy sebagai perantara yang bersedia, yang memuncak lebih dari setahun kemudian dengan perubahan sisi Arnold.
Komunikasi rahasia
André berbicara dengan Jenderal Clinton, yang memberinya wewenang luas untuk mengejar tawaran Arnold. André kemudian menyusun instruksi kepada Stansbury dan Arnold. Surat pertama ini membuka diskusi tentang jenis bantuan dan intelijen yang mungkin diberikan Arnold, dan termasuk instruksi tentang cara berkomunikasi di masa depan. Surat-surat akan diteruskan melalui lingkaran wanita yang menjadi bagian dari Peggy Arnold, tetapi hanya Peggy yang akan menyadari bahwa beberapa surat berisi instruksi yang ditulis dalam kode dan tinta tak terlihat yang akan diteruskan ke André, menggunakan Stansbury sebagai kurir.
Pada bulan Juli 1779, Arnold memberikan lokasi dan kekuatan pasukan kepada Inggris, serta lokasi depot pasokan, sambil menegosiasikan kompensasi. Pada awalnya, ia meminta ganti rugi atas kerugiannya dan £10.000, jumlah yang diberikan Kongres Kontinental kepada Charles Lee atas jasanya di Angkatan Darat Kontinental. Jenderal Clinton, yang sedang melakukan kampanye untuk menguasai Lembah Sungai Hudson, tertarik pada rencana dan informasi tentang pertahanan West Point dan pertahanan lainnya di Sungai Hudson. Dia juga mulai bersikeras untuk melakukan pertemuan tatap muka, dan menyarankan kepada Arnold agar dia mengejar komando tingkat tinggi lainnya. Pada Oktober 1779, negosiasi terhenti. Selain itu, gerombolan Patriot menjelajahi Philadelphia untuk mencari Loyalis, dan Arnold serta keluarga Shippen diancam. Arnold ditolak oleh Kongres dan oleh otoritas setempat dalam permintaan detail keamanan untuk dirinya dan mertuanya.
Pengadilan militer
Pengadilan militer untuk mempertimbangkan dakwaan terhadap Arnold mulai bertemu pada tanggal 1 Juni 1779, tetapi tertunda sampai Desember 1779 oleh penangkapan Jenderal Clinton di Stony Point, New York, yang membuat tentara menjadi sibuk untuk bereaksi. Terlepas dari kenyataan bahwa sejumlah anggota panel hakim adalah orang-orang yang tidak menyukai Arnold atas tindakan dan perselisihan di awal perang, Arnold dibebaskan dari semua kecuali dua dakwaan kecil pada 26 Januari 1780. Arnold bekerja selama beberapa bulan ke depan untuk mempublikasikan fakta ini; Namun, pada awal April, hanya satu minggu setelah Washington mengucapkan selamat kepada Arnold atas kelahiran putranya pada 19 Mei, Edward Shippen Arnold, Washington menerbitkan teguran resmi atas perilaku Arnold.
Panglima Tertinggi akan jauh lebih senang dalam kesempatan memberikan pujian kepada seorang perwira yang telah memberikan jasa-jasa terhormat kepada negaranya seperti Mayor Jenderal Arnold; tetapi dalam kasus ini, rasa tanggung jawab dan rasa hormat terhadap kejujuran mewajibkannya untuk menyatakan bahwa dia menganggap tindakannya [dalam tindakan yang dihukum] sebagai tidak bijaksana dan tidak pantas.
- Pemberitahuan yang diterbitkan oleh George Washington, 6 April 1780
Tak lama setelah teguran Washington, penyelidikan Kongres terhadap pengeluarannya menyimpulkan bahwa Arnold telah gagal untuk sepenuhnya memperhitungkan pengeluarannya yang dikeluarkan selama invasi Quebec, dan bahwa ia berhutang kepada Kongres sekitar £ 1.000, sebagian besar karena ia tidak dapat mendokumentasikannya. Sejumlah besar dokumen-dokumen ini hilang selama mundur dari Quebec; marah dan frustrasi, Arnold mengundurkan diri dari komando militernya di Philadelphia pada akhir April.
Tawaran untuk menyerahkan West Point
Pada awal April, Philip Schuyler telah mendekati Arnold dengan kemungkinan memberinya komando di West Point. Diskusi antara Schuyler dan Washington tentang masalah ini belum membuahkan hasil pada awal Juni. Arnold membuka kembali saluran rahasia dengan Inggris, memberi tahu mereka tentang proposal Schuyler dan termasuk penilaian Schuyler tentang kondisi dan West Point. Dia juga memberikan informasi tentang usulan invasi Prancis-Amerika ke Quebec yang akan naik ke Sungai Connecticut. (Arnold tidak tahu bahwa invasi yang diusulkan ini adalah tipu muslihat yang dimaksudkan untuk mengalihkan sumber daya Inggris). Pada tanggal 16 Juni Arnold memeriksa West Point saat dalam perjalanan pulang ke Connecticut untuk mengurus bisnis pribadi, dan mengirim laporan yang sangat rinci melalui saluran rahasia. Ketika sampai di Connecticut Arnold mengatur untuk menjual rumahnya di sana, dan mulai mentransfer aset ke London melalui perantara di New York. Pada awal Juli ia kembali ke Philadelphia, di mana ia menulis pesan rahasia lain kepada Clinton pada 7 Juli yang menyiratkan bahwa pengangkatannya ke West Point terjamin dan bahwa ia bahkan mungkin memberikan "gambar karya ... yang dengannya Anda dapat mengambil [West Point] tanpa kerugian".
Jenderal Clinton dan Mayor André, yang kembali dengan kemenangan dari Pengepungan Charleston pada tanggal 18 Juni segera terperangkap dalam berita ini. Clinton, yang khawatir bahwa tentara Washington dan armada Perancis akan bergabung di Rhode Island, kembali menetapkan West Point sebagai titik strategis untuk direbut. André, yang memiliki mata-mata dan informan yang melacak Arnold, memverifikasi pergerakannya. Gembira dengan prospeknya, Clinton memberi tahu atasannya tentang kudeta intelijennya, tetapi gagal menanggapi surat Arnold pada 7 Juli.
Arnold selanjutnya menulis serangkaian surat kepada Clinton, bahkan sebelum ia mengharapkan tanggapan atas surat 7 Juli. Dalam suratnya pada tanggal 11 Juli, ia mengeluh bahwa Inggris tampaknya tidak mempercayainya, dan mengancam akan menghentikan negosiasi kecuali jika ada kemajuan. Pada tanggal 12 Juli ia menulis lagi, membuat eksplisit tawaran untuk menyerahkan West Point, meskipun harganya (selain ganti rugi atas kerugiannya) naik menjadi £ 20.000, dengan uang muka £ 1.000 yang akan dikirimkan dengan tanggapan. Surat-surat ini disampaikan bukan oleh Stansbury tetapi oleh Samuel Wallis, pengusaha Philadelphia lainnya yang memata-matai Inggris.
Komando di West Point
Pada tanggal 3 Agustus 1780, Arnold memperoleh komando West Point. Pada tanggal 15 Agustus ia menerima surat berkode dari André dengan tawaran terakhir Clinton: £20.000, dan tidak ada ganti rugi atas kerugiannya. Karena kesulitan dalam menyampaikan pesan melintasi garis, tidak ada pihak yang tahu selama beberapa hari bahwa pihak lain menyetujui tawaran itu. Surat-surat Arnold terus merinci pergerakan pasukan Washington dan memberikan informasi tentang bala bantuan Prancis yang sedang diorganisir. Pada 25 Agustus Peggy akhirnya menyampaikan kepadanya persetujuan Clinton terhadap persyaratan tersebut.
Washington, dalam menugaskan Arnold ke komando di West Point, juga memberinya wewenang atas seluruh Sungai Hudson yang dikuasai Amerika, dari Albany hingga ke garis Inggris di luar New York City. Saat dalam perjalanan ke West Point, Arnold memperbarui kenalannya dengan Joshua Hett Smith, seseorang yang Arnold tahu telah melakukan pekerjaan mata-mata untuk kedua belah pihak, dan yang memiliki rumah di dekat tepi barat Hudson tepat di selatan West Point.
Begitu dia memantapkan dirinya di West Point, Arnold mulai secara sistematis melemahkan pertahanan dan kekuatan militernya. Perbaikan yang diperlukan pada rantai di seberang Hudson tidak pernah diperintahkan. Pasukan didistribusikan secara bebas di dalam area komando Arnold (tetapi hanya sedikit di West Point sendiri), atau diberikan kepada Washington berdasarkan permintaan. Dia juga membumbui Washington dengan keluhan tentang kurangnya persediaan, menulis, "Semuanya menginginkan". Pada saat yang sama, dia mencoba menguras persediaan West Point, sehingga pengepungan akan lebih mungkin berhasil. Bawahannya, beberapa di antaranya adalah rekan lama, menggerutu tentang distribusi persediaan yang tidak perlu, dan akhirnya menyimpulkan bahwa Arnold menjual beberapa persediaan di pasar gelap untuk keuntungan pribadi.
Pada tanggal 30 Agustus 30, Arnold mengirim surat yang menerima persyaratan Clinton dan mengusulkan pertemuan dengan André melalui perantara lain: William Heron, seorang anggota Majelis Connecticut yang menurutnya bisa dipercaya. Heron, dalam sebuah twist komik, pergi ke New York tanpa menyadari pentingnya surat itu, dan menawarkan jasanya sendiri kepada Inggris sebagai mata-mata. Dia kemudian membawa surat itu kembali ke Connecticut, di mana, curiga dengan tindakan Arnold, dia mengirimkannya ke kepala milisi Connecticut. Jenderal Parsons, melihat surat yang ditulis sebagai diskusi bisnis berkode, mengesampingkannya. Empat hari kemudian, Arnold mengirim surat bersandi dengan isi yang sama ke New York melalui jasa istri seorang tawanan perang. Akhirnya, sebuah pertemuan ditetapkan untuk 11 September di dekat Dobb's Ferry. Pertemuan ini digagalkan ketika kapal-kapal bersenjata Inggris di sungai, yang tidak diberitahu tentang kedatangannya yang akan datang, menembaki perahunya.
Plot terbuka
Arnold dan André akhirnya bertemu pada 21 September di rumah Joshua Hett Smith. Pada pagi hari tanggal 22 September James Livingston, kolonel yang bertanggung jawab atas pos terdepan di Verplanck's Point, menembaki HMS Vulture, kapal yang dimaksudkan untuk membawa André kembali ke New York. Tindakan ini merusak kapal dan dia harus mundur ke hilir, memaksa André untuk kembali ke New York melalui darat. Arnold menulis surat izin untuk André sehingga dia bisa melewati garis, dan juga memberinya rencana untuk West Point. Pada hari Sabtu, 23 September André ditangkap, di dekat Tarrytown, oleh tiga patriot Westchester bernama John Paulding, Isaac Van Wart, dan David Williams; surat-surat yang mengungkap rencana untuk merebut West Point ditemukan dan dikirim ke Washington, dan pengkhianatan Arnold terungkap setelah Washington memeriksanya. Sementara itu, André meyakinkan perwira komandan yang tidak curiga kepada siapa dia dikirim, Kolonel John Jameson, untuk mengirimnya kembali ke Arnold di West Point. Namun, Mayor Benjamin Tallmadge, anggota dinas rahasia Washington, bersikeras Jameson memerintahkan tahanan itu dicegat dan dibawa kembali. Jameson dengan enggan memanggil kembali letnan yang mengantarkan André ke dalam tahanan Arnold, tetapi kemudian mengirim letnan yang sama sebagai utusan untuk memberi tahu Arnold tentang penangkapan André.
Arnold mengetahui penangkapan André keesokan paginya, 24 September, ketika ia menerima pesan Jameson bahwa André berada dalam tahanannya dan bahwa surat-surat yang dibawa André telah dikirim ke Jenderal Washington. Arnold menerima surat Jameson saat menunggu Washington, yang rencananya akan sarapan pagi bersamanya. Dia bergegas ke pantai dan memerintahkan bargemen untuk mendayungnya ke hilir ke tempat Vulture berlabuh, yang kemudian membawanya ke New York. Dari kapal Arnold menulis surat kepada Washington, meminta agar Peggy diberi jalan yang aman ke keluarganya di Philadelphia, permintaan yang dikabulkan Washington. Ketika disajikan dengan bukti pengkhianatan Arnold, dilaporkan bahwa Washington tenang. Namun, dia menyelidiki sejauh mana pengkhianatan itu, dan menyarankan dalam negosiasi dengan Jenderal Clinton atas nasib Mayor André bahwa dia bersedia menukar André dengan Arnold. Saran ini ditolak Clinton; setelah pengadilan militer, André digantung di Tappan, New York pada 2 Oktober. Washington juga menyusupkan orang ke New York dalam upaya untuk menculik Arnold; rencana ini, yang hampir berhasil, gagal ketika Arnold berganti tempat tinggal sebelum berlayar ke Virginia pada bulan Desember.
Arnold berusaha membenarkan tindakannya dalam surat terbuka berjudul To the Inhabitants of America, yang diterbitkan di surat kabar pada Oktober 1780. Dalam surat kepada Washington yang meminta perjalanan yang aman untuk Peggy, dia menulis bahwa "Cinta kepada negara saya mendorong perilaku saya saat ini, betapapun hal itu mungkin tampak tidak konsisten bagi dunia, yang sangat jarang menilai benar tindakan seseorang."