Polimorfisme nukleotida tunggal (SNP, diucapkan snip; jamak snips) adalah variasi urutan DNA dalam suatu populasi. SNP hanyalah perbedaan nukleotida tunggal dalam genom.
Misalnya, fragmen DNA yang diurutkan dari dua orang, AAGCCTA ke AAGCTTA, berbeda dalam satu nukleotida. Dalam hal ini kita katakan bahwa ada dua alel. Hampir semua SNP umum hanya memiliki dua alel. SNP paling sering terjadi di daerah DNA yang tidak mempengaruhi kelangsungan hidup organisme: jika tidak, SNP akan disingkirkan oleh seleksi alam. Faktor-faktor lain, seperti rekombinasi genetik dan tingkat mutasi, juga dapat mempengaruhi kepadatan SNP. Ada variasi di antara populasi manusia, sehingga alel SNP yang umum di satu kelompok geografis atau etnis mungkin jauh lebih jarang di kelompok lain.
Variasi genetik antar individu ini (khususnya di bagian non-coding genom) kadang-kadang dieksploitasi dalam sidik jari DNA, yang digunakan dalam ilmu forensik. Selain itu, variasi genetik ini menyebabkan perbedaan dalam kerentanan kita terhadap penyakit. Tingkat keparahan penyakit dan cara tubuh kita merespons pengobatan juga merupakan manifestasi dari variasi genetik. Misalnya, mutasi basa tunggal dalam gen APOE (apolipoprotein E) dikaitkan dengan risiko yang lebih tinggi untuk penyakit Alzheimer.
