Dua fitur utama yang ditemukan di otak penderita penyakit Alzheimer, adalah neurobrillary tangles ('kusut' untuk singkatnya), yang terbuat dari protein yang disebut tau, dan plak pikun (yang sebagian besar terbuat dari protein lain yang disebut beta-amiloid, mereka juga kadang-kadang disebut bundel beta-amiloid atau 'bundel' untuk singkatnya). Protein tau yang membentuk kusut sebelumnya menyatukan struktur di dalam neuron yang disebut mikrotubulus yang merupakan bagian penting dari neuron; membentuk bagian dari sitoskeleton (kerangka sel) yang mempertahankan bentuk sel, dan mikrotubulus berperan dalam komunikasi sel.
Baik kekusutan maupun plak mungkin disebabkan oleh penyakit lain, seperti virus Herpes simpleks Tipe 1 yang sedang diselidiki sebagai kemungkinan penyebab atau kontributor dalam mengembangkan Alzheimer. Tidak diketahui secara pasti apakah kekusutan dan plak adalah bagian dari penyebab Alzheimer, atau apakah itu adalah akibatnya.
Mikrotubulus 
Mikrotubulus terbuat dari protein yang disebut tubulin. Tubulin terpolimerisasi, yaitu ketika molekul membentuk bentuk yang sama berulang-ulang yang dihubungkan bersama dalam kelompok, dan kelompok-kelompok ini dihubungkan bersama. Mereka bisa membentuk rantai panjang atau bentuk lainnya; dalam hal ini tubulin yang terpolimerisasi membentuk mikrotubulus. Mikrotubulus adalah tabung kaku seperti sedotan mikroskopis yang berongga di dalamnya. Mikrotubulus membantu menjaga bentuk neuron, dan terlibat dalam melewatkan sinyal melalui neuron.
Tau 
Tau adalah protein yang banyak ditemukan di neuron sistem saraf pusat. Protein ini membantu menyatukan mikrotubulus di dalam neuron. dan ketika terjadi perubahan dalam cara kerja protein tau, mikrotubulus akan pecah. Protein tau yang tidak lagi menyatukan mikrotubulus membentuk untaian yang disebut fibril, yang kemudian menggumpal bersama di dalam neuron untuk membuat apa yang disebut neurofibrillary tangles. Gumpalan ini, juga dikenal sebagai 'tau tangles', adalah semua yang tersisa setelah neuron mati.
| Tahapan Braak dari perubahan neurofibriler terkait penyakit Alzheimer. Saat ini hanya digunakan untuk tujuan penelitian |
| Panggung | Kusut neurofibrillary di: | Gejala |
| Tahap I/IITransentorhinal | Wilayah transentorhinal dan wilayah entorhinal | Tidak ada gejala |
| III/IV Tahap limbik | Formasi hipokampus dan bagian dari sistem limbik dan amigdala | Awal penyakit AlzheimerGangguan kognitif : masalah memori, kognisi spasial |
| Tahap V/VIIsokortikal | Di seluruh korteks serebral | Demensia: penyakit Alzheimer yang berkembang sepenuhnya |
Beta-amyloid 
Plak beta-amiloid (Aβ) (juga disebut 'amiloid beta') berawal dari protein yang disebut protein prekursor amiloid (APP). APP adalah salah satu protein yang membentuk membran sel atau penutup luar, yang melindungi sel. Dalam hal ini neuron. Karena dibuat di dalam sel, APP menonjol keluar melalui membran sel.
Di berbagai bagian sel yang berbeda, termasuk bagian terluar dari membran sel, bahan kimia yang disebut enzim memotong APP menjadi potongan-potongan kecil. Enzim-enzim yang melakukan pemotongan ini adalah alfa-sekretase, beta-sekretase, dan gamma-sekretase. Tergantung pada enzim mana yang melakukan pemotongan dan bagian mana dari APP yang dipotong, dua hal yang berbeda dapat terjadi. Satu yang membantu dan satu lagi yang menyebabkan pembentukan plak beta-amiloid.
Plak terbentuk ketika beta-sekretase memotong molekul APP di salah satu ujung peptida beta-amiloid, melepaskan sAPPβ dari sel. Gamma-sekretase kemudian memotong potongan APP yang tersisa dan, masih mencuat keluar dari membran neuron, di ujung lain dari peptida beta-amiloid. Setelah pemotongan ini, peptida beta-amiloid dilepaskan ke ruang di luar neuron dan mulai menempel pada peptida beta-amiloid lainnya. Potongan-potongan ini saling menempel untuk membentuk oligomer. Oligomer yang berbeda dengan berbagai ukuran sekarang melayang-layang di sekitar ruang antara neuron, yang mungkin bertanggung jawab untuk bereaksi dengan reseptor pada sel-sel tetangga dan sinapsis, yang memengaruhi kemampuan mereka untuk berfungsi.
Sebagian oligomer ini dibersihkan dari otak. Oligomer yang tidak dibersihkan akan menggumpal bersama dengan lebih banyak potongan beta-amiloid. Semakin banyak potongan-potongan yang menggumpal, oligomer semakin besar, dan ukuran berikutnya disebut protofibril dan ukuran berikutnya setelah itu disebut fibril. Setelah beberapa saat, fibril-fibril ini menggumpal bersama dengan molekul protein lainnya, neuron dan sel-sel non-saraf yang mengambang di sekitar ruang antara sel-sel dan membentuk apa yang disebut plak.
Angiopati amiloid serebral (CAA)
Endapan beta-amiloid juga terbentuk di dinding (di tunika media, lapisan tengah, dan tunika adventitia atau tunika eksterna, lapisan luar) dari arteri kecil dan menengah (dan kadang-kadang vena) di korteks serebral dan leptomeninges (leptomeninges adalah dua lapisan dalam - pia mater dan arachnoid - dari meninges, membran 3 lapis pelindung yang menutupi otak).
CAA ditemukan pada 30% orang yang berusia di atas 60 tahun yang tidak menderita demensia, tetapi ditemukan pada 90%-96% orang yang menderita penyakit Alzheimer dan parah pada sepertiga hingga dua pertiga dari kasus-kasus ini.