Penanda yang dapat dipilih adalah gen reporter yang dimasukkan ke dalam sel bersama dengan sisipan gen. Artinya, eksperimen dapat mengetahui gen yang tepat ada di dalam sel karena penanda dapat dilihat atau dideteksi.

Paling sering, ini digunakan untuk bakteri atau untuk sel dalam kultur. Penanda yang dapat dipilih menunjukkan keberhasilan transfeksi atau prosedur lain yang dimaksudkan untuk memasukkan DNA asing ke dalam sel. Ini adalah teknik dalam penargetan gen dan knockout gen.

Penanda yang dapat dipilih sering kali merupakan gen resistensi antibiotik; bakteri yang telah menjalani prosedur untuk memasukkan DNA asing ditumbuhkan pada media yang mengandung antibiotik. Antibiotik mematikan sel-sel yang tidak memiliki penanda resisten. Koloni bakteri yang dapat tumbuh telah berhasil mengambil dan mengekspresikan materi genetik yang diperkenalkan.

Alternatif untuk penanda yang dapat dipilih adalah penanda yang dapat disaring, yang memungkinkan peneliti untuk membedakan antara sel yang diinginkan dan yang tidak diinginkan.

Contoh penanda yang dapat dipilih termasuk: