Khoisan adalah nama untuk dua bangsa di Afrika Selatan: San dan Khoikhoi. Suku San adalah orang semak yang mencari makan, dan Khoi adalah orang pastoral yang sebelumnya dikenal sebagai Hottentots. Hubungan antara kedua kelompok ini tidak begitu jelas. San umumnya lebih kecil daripada manusia lain di daerah tersebut. Mereka juga terlihat sangat berbeda dari kelompok orang lain di sana. Pada tahun 2018, antara 90.000 dan 100.000 San tersisa. Sebagian besar dari mereka tinggal di Botswana dan Namibia. Ada minoritas San di Afrika Selatan, Angola, Zambia dan Zimbabwe.

Suku San adalah sebagian dari penduduk asli Afrika Selatan. Kemudian migrasi Bantu ke selatan dari Afrika Utara dan Timur mencapai wilayah tersebut 700 tahun yang lalu.[when?] Populasi Bantu menggeser Khoi dan San untuk menjadi penduduk utama Afrika Selatan.

Khoisan "adalah populasi terbesar di Bumi pada suatu saat", menurut seorang ahli genetika evolusi. Bukti keberadaan asli Khoisan di Afrika Selatan adalah distribusi bahasa mereka saat ini. Kelompok bahasa Khoisan sering kali memiliki perbedaan ekstrim dalam struktur dan kosakata meskipun jaraknya dekat, yang menunjukkan periode panjang pemukiman dan evolusi bersama bahasa di wilayah yang sama.

Charles Darwin menulis tentang Khoisan dan seleksi seksual dalam The Descent of Man pada tahun 1882, mengomentari bahwa steatopygia mereka berevolusi melalui seleksi seksual dalam evolusi manusia, dan bahwa "bagian posterior tubuh memproyeksikan dengan cara yang paling indah".

Pada tahun 1990-an, studi genomik masyarakat dunia menemukan bahwa kromosom Y pria San memiliki pola polimorfisme yang berbeda dari semua populasi lainnya. Karena kromosom Y sedikit berubah, jenis tes DNA ini digunakan untuk menentukan kapan subkelompok manusia yang berbeda terpisah satu sama lain. Hal ini menunjukkan nenek moyang bersama terakhir mereka. Para penulis penelitian ini menunjukkan bahwa San mungkin telah menjadi salah satu populasi pertama yang membedakan dari nenek moyang bersama yang paling baru dari semua manusia yang hidup, diperkirakan hidup 60.000 hingga 90.000 tahun yang lalu.