Babak 1
Kisahnya, berdasarkan cerita Yunani Kuno, mengambil tempat di Pulau Kreta, tak lama setelah Perang Troya. Ilia adalah putri Raja Troya Priam yang kalah perang. Ilia telah dibawa ke Kreta. Dia mencintai Pangeran Idamante, putra Raja Kreta Idomeneo, tetapi tidak ingin memberi tahu dia tentang cintanya padanya. Idamante baik hati dan membebaskan para tahanan Troya. Dia memberi tahu Ilia bahwa itu bukan salahnya bahwa ayah mereka adalah musuh. Trojan dan Kreta (orang-orang dari Kreta) keduanya menyambut kembalinya perdamaian, tetapi Electra, putri Raja Yunani Agamemnon cemburu pada Ilia. Dia kesal karena Idamante telah berbaik hati dan membiarkan para tahanan bebas. Arbace, teman tepercaya raja, membawa berita bahwa Idomeneo telah tenggelam di laut saat kembali ke Kreta dari Troy. Electra, khawatir bahwa Ilia, seorang Trojan, akan segera menjadi Ratu Kreta, merasakan kemurkaan Hades menyiksanya.
Idomeneo tidak tersesat di laut, tetapi diselamatkan oleh Neptunus (dewa laut) dan terdampar di pantai Kreta. Di sana ia teringat akan janji yang dibuatnya kepada Neptunus: ia telah berjanji untuk mengorbankan (membunuh untuk para Dewa) makhluk pertama yang harus ia temui, apakah itu manusia atau hewan. Orang pertama yang ia temui adalah putranya sendiri, Idamante. Karena keduanya sudah lama tidak bertemu, mereka tidak saling mengenali satu sama lain pada awalnya. Ketika Idomeneo akhirnya menyadari bahwa itu adalah putranya sendiri yang harus dia bunuh, dia menyuruh Idamante untuk pergi dan tidak pernah melihatnya lagi. Idamante tidak mengerti mengapa ayahnya mengatakan hal ini. Ia sangat marah, tetapi kemudian lari. Para prajurit Kreta turun dari kapal Idomeneo dan bertemu dengan istri-istri mereka, dan semuanya memuji Neptunus.
Babak 2
Di istana raja, Idomeneo bertanya kepada Arbace apa yang harus dia lakukan, karena dia telah tidak mematuhi dewa. Arbace mengatakan bahwa Neptunus akan senang jika ada korban lain yang bisa dikorbankan selama Idamante dikirim ke pengasingan (ke negara lain). Idomeneo menyuruh anaknya untuk membawa Electra ke rumahnya, Argos. Kata-kata baik Idomeneo kepada Ilia membuatnya berkata dengan sangat ramah bahwa, karena dia telah kehilangan segalanya, dia akan menjadi ayahnya dan Kreta akan menjadi negaranya. Saat dia pergi, Idomeneo menyadari bahwa mengirim Idamante ke pengasingan telah membuat Ilia tidak bahagia. Electra senang pergi ke Argos dengan Idamante.
Di pelabuhan Sidon, Idomeneo mengucapkan selamat tinggal kepada putranya dan menyuruhnya untuk memerintah seperti raja yang baik. Namun, sebelum kapal dapat berlayar, badai pecah, dan seekor ular laut muncul. Ular itu adalah utusan dari Neptunus, yang marah kepada Idomeneo. Idomeneo menawarkan nyawanya kepada sang dewa.
Babak 3
Di taman kerajaan, Ilia meminta angin sepoi-sepoi untuk membawa cintanya kepada Idamante. Idamante mengatakan bahwa ia harus pergi untuk melawan ular. Ketika dia mengatakan dia ingin mati karena Ilia tidak mencintainya. Hal ini membuat Ilia mengatakan kepadanya bahwa dia mencintainya. Mereka dikejutkan oleh Electra dan Idomeneo. Ketika Idamante bertanya kepada ayahnya mengapa dia mengirimnya pergi, Idomeneo tidak bisa mengatakan yang sebenarnya. Ilia meminta Electra untuk beberapa kebaikan, tetapi Elektra sangat cemburu pada Ilia sekarang, dan dia ingin membalas dendam. Arbace datang dengan berita bahwa orang-orang, yang dipimpin oleh Imam Besar Neptunus, berteriak bahwa mereka menginginkan Idomeneo. Imam Besar mengatakan kepada raja bahwa monster Neptunus sedang menghancurkan banyak hal, dan meminta Idomeneo untuk menyebutkan nama orang yang pengorbanannya diminta oleh dewa. Ketika raja mengatakan bahwa putranya sendiri yang menjadi korban, orang-orang merasa ngeri.
Di luar kuil, raja dan Pendeta Tinggi bergabung dengan para pendeta Neptunus untuk berdoa agar sang dewa berbaik hati dan berbelas kasihan. Arbace membawa berita bahwa Idamante telah membunuh monster itu. Idomeneo sekarang khawatir bahwa Neptunus akan menginginkan balas dendam yang lebih besar lagi. Idamante masuk dengan jubah pengorbanan, mengatakan bahwa ia memahami kekhawatiran ayahnya yang mengerikan dan ia siap untuk mati, Idomeneo mengucapkan selamat tinggal yang tragis kepada putranya sendiri dan akan membunuhnya, ketika Ilia melangkah maju dan menawarkan diri untuk mati sebagai gantinya. Neptunus sekarang berubah pikiran. Kita mendengar suaranya mengatakan bahwa jika Idomeneo menyerah menjadi raja dan membiarkan Idamante dan Ilia memerintah sebagai raja dan ratu, dia akan memaafkan. Semua orang senang kecuali Electra, yang ingin mati. Idomeneo mengatakan bahwa Idamante dan pengantinnya adalah penguasa baru. Orang-orang memanggil dewa cinta dan pernikahan untuk memberkati pasangan kerajaan dan membawa kedamaian.
