Sanger pensiun pada tahun 1983 ke rumahnya, "Far Leys", di Swaffham Bulbeck di luar Cambridge.
Pada tahun 1992, Wellcome Trust dan Medical Research Council mendirikan Sanger Centre (sekarang Sanger Institute), yang dinamai menurut namanya. Institut ini berada di Wellcome Trust Genome Campus dekat Hinxton, hanya beberapa mil dari rumah Sanger. John Sulston, direktur pendiri, bertanya kepada Sanger apakah pusat tersebut dapat dinamai untuk menghormatinya. Sanger setuju, tetapi memperingatkan, "Sebaiknya nama itu bagus". Institut ini dibuka oleh Sanger sendiri pada tanggal 4 Oktober 1993, dengan staf kurang dari 50 orang. Institut ini sekarang memiliki peran utama dalam pengurutan genom manusia. Institut ini sekarang memiliki lebih dari 900 orang dan merupakan salah satu pusat penelitian genom terbesar di dunia.
Meskipun ia tetap tidak menyukai kekerasan, ia telah kehilangan keyakinan agama Quaker-nya dan menyebut dirinya seorang agnostik. Dalam sebuah wawancara yang diterbitkan di surat kabar Times pada tahun 2000, Sanger dikutip mengatakan: "Ayah saya adalah seorang Quaker yang berkomitmen dan saya dibesarkan sebagai Quaker, dan bagi mereka kebenaran sangat penting. Saya menjauh dari kepercayaan itu - seseorang jelas mencari kebenaran tetapi seseorang membutuhkan beberapa bukti untuk itu. Bahkan jika saya ingin percaya pada Tuhan, saya akan merasa sangat sulit. Saya perlu melihat bukti".
Ia menolak tawaran gelar ksatria karena ia tidak ingin disapa dengan sebutan "Sir", tetapi kemudian menerima penghargaan Order of Merit.
Pada tahun 2007, British Biochemical Society diberi hibah oleh Wellcome Trust untuk membuat katalog dan melestarikan 35 buku catatan laboratorium di mana Sanger mencatat penelitiannya yang luar biasa dari tahun 1944 hingga 1983. Dalam melaporkan hal ini, jurnal Science mencatat bahwa Sanger, "orang yang paling rendah hati yang bisa Anda harapkan untuk ditemui", sekarang menghabiskan waktunya berkebun di rumahnya di Cambridgeshire.
Kematian
Sanger meninggal pada tanggal 19 November 2013 di rumahnya di Cambridge, Inggris, dalam usia 95 tahun. Biografi ilmiahnya saat ini sedang ditulis untuk diterbitkan pada tahun 2014.
