Bagian pertama dari kereta bawah tanah, menggantikan rute trem yang sangat sibuk, dan mengikuti Yonge Street dari Eglinton Avenue ke selatan ke Front Street, kemudian berbelok ke barat selama satu blok untuk berakhir di Bay Street, di sebelah stasiun kereta api utama kota Union Station dan stasiun kereta bawah tanah juga disebut Union. Jalur ini selesai dibangun pada tahun 1954 dan memiliki panjang 7,4 km.
Pada tahun 1963, bagian lain ditambahkan, yang mengarah ke utara dari stasiun Union, di bawah University Avenue dan Queen's Park ke dekat Bloor Street, di mana bagian itu berbelok ke barat dan berakhir di St.
Jalur Bloor-Danforth dibuka pada tahun 1966 di sepanjang Bloor Street dan Danforth Avenue dari Keele Street ke Woodbine Avenue, dan dibuat lebih panjang pada tahun 1968 untuk beroperasi dari Islington Avenue ke stasiun Warden di Warden dan St Clair Avenues.
Perutean jalur melintasi Lembah Don dimungkinkan karena pilihan yang dibuat lebih dari empat puluh tahun sebelumnya. Ketika Prince Edward Viaduct dibangun melintasi Don River pada tahun 1919, desainnya mencakup dek kembar di bawah jalan untuk memungkinkan jalur kereta api di masa depan. Hal ini memungkinkan kereta bawah tanah untuk melintasi Don Valley ke Danforth Avenue di sisi timur.
Jalur Yonge-University diperpanjang ke utara 8,7 km dari Eglinton Avenue ke Finch Avenue dan Yonge pada tahun 1973 dan 1974.
Lebih banyak jalur (9,9 km) ditambahkan ke Jalur Yonge-University pada tahun 1978 ketika jalur ini diperpanjang dari St George dan Bloor, ke utara dan barat laut ke Eglinton Avenue dan Allen Road, kemudian ke utara di sepanjang tengah Allen Road ke Wilson Avenue.
Pada bulan Oktober 1976, sebuah pembakaran (api yang disengaja) menghancurkan gerbong kereta bawah tanah dan merusak stasiun Christie. Hal ini menyebabkan penutupan Jalur Bloor-Danforth selama tiga hari, dan menutup stasiun Christie selama beberapa waktu untuk perbaikan. Jalur lainnya ditambahkan pada tahun 1980 di kedua ujung Jalur Bloor-Danforth. Perpanjangan ini masing-masing menambahkan satu stasiun, teluk bus, dan, di ujung timur, ruang untuk terhubung ke Scarborough RT.
Dengan enam stasiun pada jalur sepanjang 6,8 km, Scarborough RT adalah jalur yang dibangun hampir semuanya di atas tanah, dan tidak memiliki jalur langsung yang terhubung ke jalur lain dan menggunakan kereta yang berbeda. Jalur ini menggunakan kereta Intermediate Capacity Transit System (ICTS) yang sangat berbeda dari kereta bawah tanah. Rutenya sepenuhnya terpisah dari lalu lintas jalan raya dan pejalan kaki, stasiun-stasiunnya sepenuhnya tertutup, dan kereta-keretanya memiliki banyak pintu yang menggunakan platform tinggi.
Tambahan 1,6 km ditambahkan ke ujung utara bagian Spadina dari Jalur Yonge-University-Spadina, menambahkan satu stasiun (Downsview), dengan parkir untuk bus.
Pada bulan Agustus 1995, TTC mengalami kecelakaan kereta bawah tanah yang sangat buruk dalam apa yang disebut kecelakaan Russell Hill, di Jalur Yonge-University-Spadina di selatan stasiun St Clair West. Tiga wanita meninggal dan 100 orang terluka, beberapa terluka parah.
Jalur kereta bawah tanah terbaru, Sheppard, dibuka pada tahun 2002. Jalur ini membentang 5,5 km ke timur, di bawah Sheppard Avenue dari stasiun Sheppard di jalur Yonge (sekarang disebut Sheppard-Yonge), ke stasiun Don Mills di Sheppard dan Don Mills Road. Jalur Sheppard memiliki lebih sedikit pengguna daripada dua jalur kereta bawah tanah lainnya, dan kereta yang lebih pendek beroperasi di jalur ini.
Dalam sejarahnya selama lebih dari lima puluh tahun, bayi pertama yang lahir di peron stasiun kereta bawah tanah TTC baru terjadi baru-baru ini pada tanggal 6 Februari 2006. Insiden ini terjadi di stasiun Wellesley dan menyebabkan penundaan pada sistem kereta bawah tanah. Kejadian ini menjadi berita halaman depan selama berhari-hari.
Sistem suara otomatis ditambahkan untuk mengumumkan setiap stasiun (seperti; "Stasiun berikutnya adalah Bloor, stasiun Bloor.") yang mengakhiri kebutuhan operator kereta untuk mengumumkan setiap pemberhentian. Sistem otomatis ini digunakan di seluruh sistem kereta bawah tanah dan RT.