Sungai San Joaquin adalah salah satu dari dua sungai utama California, di Amerika Serikat. Dengan panjang 330 mil (530 km), sungai ini merupakan sungai terpanjang kedua di California, setelah Sungai Sacramento. Sungai ini bermula di Pegunungan Sierra Nevada barat dan mengalir ke barat dan utara hingga berakhir di Teluk San Francisco, di Delta Sacramento-San Joaquin. Cekungannya, yang berukuran sekitar 32.000 mil persegi (82.879 kilometer persegi), sebagian besar berisi lahan pertanian. Sungai ini menyediakan air minum bagi lebih dari 22 juta warga California. Tiga anak sungai terbesarnya adalah sungai Merced, Tuolumne, dan Stanislaus.
Sungai ini dulunya merupakan salah satu ekosistem sungai terkaya di California. Namun, sekarang lebih dari 60 mil (97 km) sungai kering kecuali saat banjir, karena banyak air telah diambil untuk irigasi. Bahkan, di bawah Bendungan Friant, sebuah bendungan yang dibangun pada tahun 1940-an di Sungai San Joaquin, 95 persen aliran sungai kering. Sebagian besar sungai tercemar, menghancurkan populasi bersejarah salmon chinook, yang pernah menjadi yang paling selatan di Amerika Serikat. Pestisida, selenium, dan banyak lagi bahan beracun yang terbawa oleh San Joaquin ke Teluk San Francisco.
Sekarang, salah satu proyek terbesar di Amerika Barat telah dimulai untuk memulihkan Sungai San Joaquin. Pada tanggal 13 September 2006, Dewan Pertahanan Sumber Daya Alam menandatangani perjanjian dengan pengguna Bendungan Friant dan Departemen Dalam Negeri Amerika Serikat. Perjanjian ini akan memulihkan Sungai San Joaquin di bawah bendungan, mengurangi polusi.
