Anne lahir pada tanggal 12 Desember 1574 di kastil Skanderborg. Kelahirannya menjadi pukulan bagi ayahnya, Raja Frederick II dari Denmark, yang telah mengharapkan seorang putra. Ibu Anne, Sophie dari Mecklenburg-Güstrow, bagaimanapun, baru berusia 17 tahun. Tiga tahun kemudian, dia melahirkan seorang putra. Dia adalah calon Christian IV dari Denmark.
Anne dikirim bersama kakak perempuannya, Elizabeth, ke Güstrow, di Jerman. Dia dibesarkan di sana oleh kakek-neneknya dari pihak ibunya. Mereka adalah Adipati dan Duchess dari Mecklenburg. Hal ini karena istana Denmark sangat liar pada saat ini. Raja Frederick terkenal suka makan berat dan banyak minum. Dia juga tidak setia kepada Ratu. Dibandingkan dengan ini, di Güstrow, Anne menikmati kehidupan yang tenang dan stabil di tahun-tahun awalnya. Christian juga dikirim untuk dibesarkan di Güstrow. Namun, dua tahun kemudian, pada tahun 1579, Rigsraad, atau Dewan Penasihat Denmark, berhasil memintanya untuk pindah ke Denmark. Anne dan Elizabeth kembali bersamanya.
Anne menikmati pendidikan keluarga yang dekat dan bahagia di Denmark. Ini sebagian besar karena Ratu Sophie. Dia merawat anak-anaknya sendiri ketika mereka sakit. Sejumlah besar orang dari seluruh Eropa ingin menikahi Anne dan kakak perempuannya. Di antara orang-orang ini adalah James VI dari Skotlandia. Dia menyukai Denmark karena dia menganggapnya sebagai kerajaan dengan agama yang baik dan mitra dagang yang baik. Duta besar Skotlandia pada awalnya mencoba membuatnya menikahi putri tertua. Namun, Frederick menikahkan Elizabeth dengan Henry Julius, Adipati Brunswick. Dia berjanji kepada orang Skotlandia bahwa "untuk [putri] Anna yang kedua, jika Raja memang menyukainya, dia harus memilikinya."
Pertunangan dan pernikahan proksi
Posisi Sophie menjadi lebih sulit setelah kematian Frederick pada tahun 1588. Dia harus bergabung dalam perebutan kekuasaan dengan Rigsraad untuk mengendalikan Raja Christian. Namun, dia bekerja lebih keras daripada Frederick dalam membuat orang menikah. Dia mampu mengatasi poin-poin sulit tentang mahar dan posisi Orkney. Dia menyegel perjanjian pada bulan Juli 1589. Anne tampaknya sangat bersemangat tentang pertandingan itu. Pada tanggal 28 Juli 1589, mata-mata Inggris Thomas Fowler mengatakan bahwa Anne sangat mencintai James. Dia mengatakan bahwa "adalah kematian baginya jika pernikahan itu diputuskan". Dia menambahkan bahwa Anne membuktikan cintanya dengan banyak cara. Namun, Fowler juga mengatakan bahwa James tidak membalas cinta Anne, dan dia lebih menyukai pria daripada wanita. Hal ini tidak akan diceritakan kepada Putri yang berusia 14 tahun. Pada saat ini, dia dengan setia menyulam kemeja untuk tunangannya. Sementara itu, 300 penjahit bekerja membuat gaun pengantinnya.
Bahkan jika rumor ini benar, James membutuhkan pernikahan kerajaan. Hal ini karena ia perlu mempertahankan garis Stuart. "Tuhan adalah saksiku," jelasnya, "Aku bisa saja menahan diri lebih lama dari yang diizinkan oleh negara, [seandainya] penundaanku yang lama tidak menimbulkan kecemburuan yang besar di dada banyak orang atas ketidakmampuanku, seolah-olah aku adalah stok yang mandul." Pada tanggal 20 Agustus 1589, Anne dan James menikah secara terpisah, tetapi satu sama lain. Ini disebut pernikahan proxy. Pernikahan mereka berlangsung di Kastil Kronborg. Upacara diakhiri dengan perwakilan James, George Keith, Earl Marischal ke-5, duduk di samping Anne di ranjang pengantin.