Bab 1
Saat memulai permainan untuk pertama kalinya, pemain diizinkan untuk membuat avatar. Setelah membuat avatar ini, avatar tersebut akan dihapus, dan pemain diberitahu bahwa "tidak ada yang bisa memilih siapa mereka di dunia ini."
Pemain memulai cerita sebagai Kris, seorang manusia yang tinggal bersama ibu angkatnya, Toriel, seorang monster. Toriel mengantarkan Kris ke sekolah, di mana Kris pergi ke kelas yang diajar oleh Alphys. Kris dan Susie, teman sekelas monster, disuruh mengambil kapur untuk papan tulis. Setelah mereka memasuki lemari persediaan, keduanya ditarik ke dalam "Dunia Gelap". Di sana, mereka bertemu dengan Ralsei, seorang pangeran kegelapan, yang memberi tahu mereka bahwa mereka bertiga adalah pahlawan yang ditakdirkan untuk menutup geyser energi gelap untuk mengembalikan keseimbangan ke dunia itu. Namun, Raja telah menguasai Dunia Kegelapan dan bertekad untuk menyebarkan kegelapan.
Susie memilih untuk tidak membantu, hanya ingin kembali ke dunianya sendiri. Namun, ketiganya bertemu dengan Lancer, putra Raja, yang mencoba menghentikan mereka untuk melangkah lebih jauh dengan berbagai rencana yang dipikirkan dengan buruk. Susie akhirnya memutuskan untuk bergabung dengan Lancer, meninggalkan Kris dan Ralsei sendirian. Saat Kris dan Ralsei menuju ke kastil Raja, Susie berteman dengan Lancer, dan keempatnya akhirnya menjadi satu tim. Setelah menyadari bahwa mereka harus menghadapi Raja, Lancer lari ke kastil dan memberitahu antek-antek Raja untuk melemparkan Kris, Ralsei, dan Susie ke dalam penjara bawah tanah.
Susie melarikan diri dari penjara bawah tanah dan berhadapan dengan Lancer, yang menjelaskan bahwa dia ingin menjaga Susie dan Raja agar tidak saling menyakiti. Susie berjanji pada Lancer bahwa dia tidak akan menyakiti Raja. Kris, Susie dan Ralsei pergi ke puncak kastil dan bertarung melawan Raja. Akhirnya, Raja jatuh ke tanah karena kelelahan dan Ralsei menyembuhkannya. Namun, ini terungkap sebagai tipu muslihat karena Raja dengan cepat menghentikan ketiga pahlawan untuk bertindak, mengancam akan membunuh mereka semua. Jika pemain belum mengakhiri pertempuran sebelumnya dengan bertarung di sepanjang permainan, Lancer mengubah orang-orang Raja melawannya dan memenjarakannya, menggantikan ayahnya. Jika tidak, Ralsei menundukkan Raja dengan mantra sihir.
Kelompok ini menutup geyser gelap, sehingga Kris dan Susie dapat kembali ke dunia mereka sendiri. Di sana, Susie mengucapkan selamat tinggal, menyebutkan bahwa dia ingin pergi ke Dunia Gelap lagi. Pemain dapat menjelajahi kota sebelum Kris pulang ke rumah untuk tidur.
Malam itu, Kris, tanpa masukan dari pemain, gemetar di tempat tidur, lalu jatuh ke lantai, dan tertatih-tatih ke tengah ruangan. Kris merobek dada mereka dan merobek jiwanya, melemparkannya ke dalam sangkar burung di sudut ruangan. Kris menghunus pisau dan berbalik ke arah penonton. Mereka tersenyum, dengan mata kanan mereka berkedip merah.