Sir Joseph John "J.J." Thomson, OM, FRS (18 Desember 1856 - 30 Agustus 1940) adalah seorang fisikawan Inggris dan peraih Nobel. Dia menemukan elektron dan isotop, dan menemukan spektrometer massa. Dia dianugerahi Hadiah Nobel Fisika pada tahun 1906 untuk penemuan elektron dan karyanya tentang konduksi listrik dalam gas. John Joseph Thomson pada tahun 1893 mengatakan: "Tidak ada cabang fisika lain yang memberi kita kesempatan yang begitu menjanjikan untuk menembus rahasia listrik."
Pada tahun 1897, Thomson menunjukkan bahwa sinar katoda terdiri atas partikel bermuatan negatif yang sebelumnya tidak diketahui, yang massanya sangat kecil dibandingkan dengan muatan listriknya. Partikel ini kemudian disebut elektron dan merupakan partikel subatomik pertama yang ditemukan. Thomson juga menemukan bukti pertama untuk isotop elemen stabil (non-radioaktif) pada tahun 1913, saat mempelajari sinar anoda (kation positif).
Dalam teori atom, ia berhipotesis bahwa atom adalah bola muatan positif yang tersebar merata, di mana elektron bermuatan negatif individu berada. Dia kemudian menyimpulkan bahwa ada lebih dari satu partikel bermuatan negatif dalam sebuah atom.
Banyak pemuda yang belajar dan bekerja dengannya di Universitas Cambridge juga menjadi fisikawan terkenal.