Richard Henderson CH FRS FMedSci (lahir 19 Juli 1945) adalah seorang ahli biologi molekuler dan biofisika Skotlandia. Dia adalah pelopor di bidang mikroskop elektron molekul biologis. Ia berbagi Hadiah Nobel Kimia pada tahun 2017 dengan Jacques Dubochet dan Joachim Frank.

Henderson telah bekerja di Medical Research Council Laboratory of Molecular Biology (MRC LMB) di Cambridge sejak tahun 1973, dan menjadi direkturnya antara tahun 1996 dan 2006. Dia juga merupakan profesor tamu di Miller Institute dari University of California, Berkeley pada musim semi 1993.

Dia mengerjakan struktur bacteriorhodopsin, sebuah molekul pada bakteri. Molekul ini menangkap energi dari cahaya, dan menggunakannya untuk memindahkan proton keluar dari sel. Ini adalah model atom kedua yang pernah ada dari protein membran. Teknik yang dikembangkan Henderson untuk kristalografi elektron masih digunakan.

Metode Henderson membantu memecahkan struktur beberapa reseptor berpasangan protein G (GPCR). GPCR adalah keluarga besar protein reseptor yang mendeteksi molekul di luar sel. Mereka mengaktifkan jalur transduksi sinyal internal. Hal ini mengarah ke respons sel terhadap molekul di luar sel.