Alur cerita Bionicle tahun 2001-2008 berlatar belakang dunia fantasi sains yang dihuni sebagian besar oleh makhluk sebagian organik, sebagian mesin di dunia bawah tanah, yang ada di kubah besar di bawah tanah. Dunia ini (dijuluki "The Matoran Universe") dan ras-ras di dalamnya pernah dilindungi oleh Roh Agung bernama Mata Nui, sampai ia dilemparkan ke dalam tidur abadi oleh Makuta Teridax yang jahat dan Brotherhood of Makuta. Dunia Matoran mulai hancur berantakan. Namun topeng kehidupan yang tersimpan di dalam Mata Nui dikirim ke luar angkasa untuk menemukan planet baru. Topeng tersebut mendarat di planet Bara Magna dan topeng tersebut menciptakan sebuah tubuh kecil.
Tahun 2009 memulai kisah baru dari alur cerita, meninggalkan tahun-tahun sebelumnya, dan menjelajah ke kemungkinan-kemungkinan yang lebih baru sebagai Mata Nui, setelah dibuang oleh Makuta Teridax, mendarat di planet tandus yang misterius, yang disebut Bara Magna. Di sini ia menjadi pusat cerita, dan membuat sekutu baru saat ia mencoba menemukan cara untuk menyelamatkan Matoran dan Toa dari pemerintahan tirani Makuta Teridax.
2001 - Quest for the Masks
Cerita dimulai dengan enam Toa Mata: Tahu, Lewa, Gali, Kopaka, Pohatu, dan Onua, tiba di sebuah pulau yang dikenal sebagai Pulau Mata Nui, tanpa mengingat apa pun di luar nama mereka. Mereka menemukan bahwa penduduknya, penduduk desa Matoran, menghadapi serangan konstan dari Rahi yang terinfeksi, binatang buas yang dikendalikan oleh pengaruh kuat Makuta Teridax melalui penggunaan topeng Kanohi yang terinfeksi, menyebabkan perang yang berlangsung sekitar 1000 tahun. Setelah mencari dan menemukan banyak topeng Kanohi, para Toa masing-masing menerima topeng Kanohi Emas dengan kekuatan luar biasa dan mencari Makuta sendiri. Setelah menantang kepiting Manas yang ganas dan Shadow Toa (replika ilusi Toa yang jahat seperti doppelganger), para Toa menghadapi Makuta dan mengalahkannya dengan menyatukan kekuatan elemen mereka.
2002 - Kawanan Bohrok
Setelah kekalahannya, Makuta melepaskan Bohrok kuno. Bohrok adalah drone robotik yang dirancang untuk "membersihkan" pulau Mata Nui ke keadaannya "di masa sebelumnya". Bohrok mulai merobek-robek desa-desa di pulau itu, memaksa Matoran untuk melarikan diri. Salah satu Matoran Bumi yang inventif, Nuparu, membangun kendaraan kuat yang disebut Boxor, terbuat dari bagian-bagian Bohrok yang rusak untuk melawan kawanan itu. Para Toa, yang tidak menyadari tujuan Bohrok, mengumpulkan Krana Bohrok (makhluk seperti topeng yang berfungsi sebagai otak mereka) untuk menghadapi Ratu Bohrok, Bahrag: Cahdok dan Gahdok. Cahdok dan Gahdok yang dikalahkan disegel dalam penjara yang diciptakan oleh kekuatan elemen Toa. Toa Mata kemudian terkena zat yang disebut Energized Protodermis, yang mengubah mereka, memberi mereka baju besi dan senjata baru. Mereka menamai diri mereka "Toa Nuva".
2003 - Serangan Bohrok-Kal dan Topeng Cahaya
Dengan dikalahkannya Cahdok dan Gahdok, Kawanan Bohrok dihentikan dan dikembalikan ke sarangnya. Namun, enam Bohrok elit baru, yang disebut Bohrok-Kal, muncul dengan tujuan melepaskan Bahrag. Mereka kemudian melanjutkan untuk mencuri kekuatan Toa Nuva, yang merupakan kunci untuk membuka segel. Di ambang kekalahan, para Toa memaksa semua kekuatan mereka ke dalam Bohrok-Kal, membebani dan mengalahkan mereka.
Tak lama kemudian, dua Matoran, Takua dan Jaller, menemukan Topeng Cahaya Kanohi. Mereka ditugaskan untuk melakukan perjalanan melintasi pulau Mata Nui untuk menemukan Toa of Light. Sementara itu, Makuta menciptakan dan mengirimkan enam makhluk yang disebut Rahkshi untuk menemukan topeng dan menghentikan kedatangan Toa of Light. Rahkshi merobek-robek Mata Nui, menghancurkan desa Ta-Koro dan Onu-Koro. Rahkshi dihentikan oleh Toa, tetapi tidak sebelum membunuh Jaller. Kematian Jaller menyebabkan Takua menyadari bahwa dia adalah Toa Cahaya, dan dia mengenakan topeng untuk menjadi Toa Takanuva. Takanuva pergi untuk menghadapi Makuta dan, selama pertempuran mereka, mereka berdua jatuh ke dalam genangan protodermis berenergi, zat keperakan dengan kekuatan untuk mengubah atau menghancurkan makhluk, dan menyatu bersama menjadi Takutanuva. Takutanuva kemudian melanjutkan untuk membuka pintu ke kota Metru Nui, memungkinkan Matoran dan Toa masuk. Dengan menggunakan sebagian energi hidupnya, dia menghidupkan kembali Jaller sambil tetap menahan pintu terbuka. Namun, penggunaan energi terlalu besar dan Takutanuva dihancurkan oleh pintu, tampaknya membunuh Takanuva dan Teridax, hanya menyisakan Topeng Cahaya Takanuva. Takanuva segera dihidupkan kembali ketika topengnya digunakan untuk mengaktifkan suar ke Metru Nui. Setelah itu, para Matoran bersiap untuk kembali ke kota pulau Metru Nui.
2004 - Legenda Metru Nui
Ketika para Matoran bersiap untuk melakukan perjalanan ke Metru Nui, para Turaga (tetua desa) mengungkapkan bahwa mereka pernah menjadi Toa, bertempur di Metru Nui melawan ancaman seperti makhluk tanaman Morbuzakh dan regu penegak Vahki yang dikendalikan Dume. Mereka, sebagai Matoran, diubah menjadi Toa Metru oleh batu Toa yang mengandung kekuatan yang dikorbankan oleh Toa Lhikan. Misi mereka adalah untuk menemukan enam Great Disk dan mengalahkan Morbuzakh, ancaman tanaman yang mengancam untuk menghancurkan kota. Namun, ketika mereka melakukannya, mereka dikhianati oleh Dume, Turaga kota. Kemudian, mereka menemukan bahwa Makuta Teridax telah menyamar sebagai Dume dan mengendalikan Vahki (robot penegak hukum). Rencananya adalah untuk menidurkan para Matoran, menghapus ingatan mereka, dan membangunkan mereka kembali "sebagai penakluk mereka." Para Toa melarikan diri, tetapi diserang oleh Teridax. Menggabungkan kekuatan elemen mereka, mereka mampu menyegel Teridax dalam penjara protodermis yang mengkristal. Para Toa melakukan perjalanan ke pulau baru, yang kemudian dikenal sebagai Mata Nui, bersumpah untuk kembali untuk menyelamatkan Matoran.
2005 - Web of Shadows
Mereka memang kembali. Namun, raja jahat Sidorak dan penguasanya Roodaka telah memerintah di pulau itu, dengan makhluk-makhluk ganas seperti laba-laba yang disebut Visorak. Para Toa segera ditangkap dan bermutasi menjadi Toa Hordika yang buas. Untuk kembali normal, para Toa mencari Rahi Keetongu yang legendaris. Namun, Toa Vakama mengkhianati Toa lainnya dan bergabung dengan Sidorak, yang menjadikannya pemimpin Visorak. Toa lainnya menghadapi gerombolan Visorak dalam pertempuran besar, dan meyakinkan Vakama untuk bergabung kembali dengan mereka. Vakama kemudian memerintahkan Visorak untuk bebas. Keetongu kemudian membunuh Sidorak, yang dikhianati Roodaka dan Vakama. Keenam Toa kemudian mengalahkan Roodaka dengan keenam kekuatan elemen mereka. Namun, hal ini memiliki efek samping membebaskan Makuta karena Roodaka membawa pecahan penjaranya. Para Toa memukulnya karena alasan ini. Setelah dipulihkan oleh Keetongu, Toa Metru membawa para Matoran ke pulau baru. Ketika mereka mengorbankan kekuatan mereka untuk membangkitkan para Matoran, mereka menjadi Turaga, dan kemudian mendirikan desa-desa baru di pulau ini yang disebut Mata Nui.
2006 - Island of Doom
Para Toa Nuva mengetahui bahwa Mata Nui tidak hanya tertidur tetapi juga sekarat. Untuk menyelamatkannya, mereka harus melakukan perjalanan ke pulau Voya Nui dan mencari Kanohi Ignika, Topeng Kehidupan yang misterius. Para Toa Nuva memulai petualangan ini tetapi dengan cepat ditawan oleh enam musuh baru dan kuat, Piraka: Zaktann, Hakann, Vezok, Thok, Reidak, dan Avak. Mereka mencari topeng itu untuk tujuan gelap mereka sendiri. Ketika Toa gagal kembali, sekelompok enam Matoran mengikuti mereka. Jaller, Hahli, Hewkii, Nuparu, Kongu, dan Matoro melarikan diri ke pulau dengan tabung Toa, tetapi saat mereka melakukan perjalanan, semburan cahaya dari Bintang Merah mengubah mereka menjadi Toa Inika. Setibanya di sana, mereka belajar tentang Piraka dan bagaimana mereka memperbudak Matoran lokal dengan menyamar sebagai Toa palsu, untuk membuat Matoran membangun benteng untuk mereka. Dengan bantuan Perlawanan Matoran kecil dan penjaga kuno Axonn, Toa Inika mampu membebaskan Toa Nuva, menemukan kuil topeng, dan memerangi Piraka serta makhluk lain yang menjaganya. Mereka akhirnya muncul sebagai pemenang bersama Kanohi. Tetapi Topeng Kehidupan memiliki kehendaknya sendiri, dan pada saat-saat terakhir menghindari mereka semua, bergegas ke kedalaman laut.
2007 - Lautan Kegelapan
Setelah pengejaran Topeng Kehidupan, Toa Inika turun ke perairan setelah menerima petunjuk misterius "selamatkan kota yang tenggelam" dari seorang Matoran yang tidak dikenal, yang telah menyelamatkan Hahli dari tenggelam dengan biaya dia meninggal karena penyakit dekompresi.[14] Semburan energi dari Topeng Kehidupan mengubah Toa Inika menjadi bentuk bernapas air. Mereka menemukan desa Mahri Nui yang dihuni yang telah terputus dari Voya Nui dan tenggelam seribu tahun yang lalu. Desa ini terancam oleh panglima perang kuno yang dikenal sebagai Barraki yang telah bermutasi oleh perairan mutagenik terdekat yang disebut "The Pit". Para Toa, yang sekarang dikenal sebagai Toa Mahri, berhadapan dengan Barraki untuk bertahan hidup. Namun, pada saat Toa mengambil topeng itu, Roh Agung meninggal. Menyadari masih ada harapan, Toa Matoro bergegas ke inti alam semesta dan mengorbankan hidupnya untuk menghidupkan kembali Mata Nui. Di saat-saat terakhir hidupnya, Toa Matoro menggunakan kekuatan Topeng untuk memindahkan Toa Mahri kembali ke Metru Nui dan memungkinkan mereka menghirup udara lagi. Kehidupan Roh Agung terselamatkan tetapi dia masih harus dibangunkan.
2008 - Pertempuran Terakhir
Setelah diberi baju besi dan senjata baru oleh Artakha, Toa Nuva tiba di Karda Nui, inti alam semesta. Di sana, mereka berhadapan dengan Makuta yang mencoba mengubah populasi Av-Matoran - Matoran Cahaya - menjadi Shadow Matoran. Toa Nuva dibantu oleh kedatangan Takanuva, yang sekarang mampu mengendalikan Cahaya dan Bayangan karena serangan lintah bayangan, dan Toa Ignika, yang merupakan Topeng Kehidupan itu sendiri. Kanohi Ignika telah membuat tubuh untuk dirinya sendiri karena ingin melihat bagaimana rasanya menjadi makhluk hidup. Dengan kekuatan gabungan mereka, mereka mencapai struktur di pusat Karda Nui yang disebut Codrex, di mana Toa Ignika harus mengorbankan tubuh barunya untuk membangunkan Mata Nui. Takanuva, dengan bantuan Av-Matoran yang tersisa yang tidak rusak, mengembalikan Shadow Matoran ke keadaan mereka sebelumnya. Tak lama setelah itu, para Toa melarikan diri dari inti sebelum badai energi yang disebabkan oleh kebangkitan Mata Nui dapat menghancurkan mereka. Makuta, bagaimanapun, gagal melarikan diri, dan semuanya terbunuh. Kembali ke Metru Nui, kebangkitan Mata Nui dirayakan, tetapi perayaan itu terputus ketika terungkap bahwa Teridax telah mengambil alih tubuh Mata Nui, yang terungkap sebagai alam semesta Matoran. Menjebak roh Mata Nui dalam Topeng Kehidupan, ia mengirimnya terbang ke luar angkasa sehingga mantan Roh Agung tidak dapat mengganggu kendalinya atas alam semesta.
2009 - Sang Legenda Terlahir Kembali
Kisah Bionicle berlanjut setelah Mata Nui dibuang dari tubuhnya oleh Makuta Teridax, ke sebuah planet bernama Bara Magna. Dengan pengecualian beberapa spesies satwa liar, Bara Magna adalah planet gurun tandus yang hanya mendukung sedikit sumber daya, sehingga setiap suku di planet ini memiliki beberapa prajurit, yang disebut Glatorian, untuk bertempur untuk mereka. Sumber daya ini, seperti makanan dan air, didistribusikan sesuai dengan kebutuhan. Penduduk desa di dunia ini dikenal sebagai Agori. Agori bersama-sama membentuk enam suku yang berbeda, masing-masing berafiliasi dengan suatu wilayah. Setelah Topeng Kehidupan mendarat di Bara Magna, ia menciptakan tubuh untuk digunakan Mata Nui. Mata Nui kemudian bekerja sama dengan beberapa Glatorian untuk mengalahkan kekuatan gabungan Skrall dan Pemburu Tulang, dua ancaman utama bagi desa-desa, dan mencari cara untuk kembali ke tubuhnya. Dengan bantuan teman-teman Glatorian dan Agori barunya, ia mengekspos pengkhianat yang dikenal sebagai Metus dan mengalahkan Skrall dan Bone Hunters. Dia membantu desa-desa di dunia untuk bersatu, mengambil semua potongan robot raksasa dan menghubungkannya ke dalam prototipe tubuh robot yang besar, tubuh seperti yang ada di Semesta Matoran.
2010 - Akhir Perjalanan
Setelah mengalahkan Skrall dan melihat desa-desa lainnya bersatu, Mata Nui menghadapi tantangan untuk mengambil kembali tubuh lamanya dari Teridax. Dia belajar bahwa dia diciptakan oleh Makhluk Agung di planet Spherus Magna, yang sekarang terbagi menjadi bulan hutan (Bota Magna), bulan lautan (Aqua Magna), dan planet gurun yang tersisa (Bara Magna), sebagai hasil dari Perang Inti. Mata Nui juga mengetahui bahwa sebelum dia dibangun, ada robot sebelumnya, yang digunakan Agori sebagai rumah mereka. Seorang Agori dari Tesara bernama Tarduk membantu Mata Nui dengan menunjukkan kepadanya sumber tenaga kuno yang bisa menghidupkan robot tua tersebut.
Dalam perjalanan terakhir ini, dua pahlawan kembali untuk menyelesaikan pertarungan: Tahu, kembali ke bentuk aslinya untuk mengenakan Golden Armor yang kuat, dan Takanuva. Mereka dibantu oleh Gresh. Mereka melawan Panglima Perang Skakdi, Nektann untuk mengalahkan Makuta, dan pasukannya; gerombolan Rahkshi, dipersenjatai dengan penglihatan panas; dan Skrall.
Cerita berlanjut ketika pasukan dari Matoran Universe dan Glatorian menghadapi serangan gencar dari Skakdi, Rahkshi, dan Skrall. Baju besi emas, yang tersebar oleh ledakan Makuta dikumpulkan oleh Tahu, Gresh, dan Takanuva dari banyak musuh. Tahu mengalahkan panglima perang Skakdi, Nektann, dan kemudian mengenakan baju besi, yang membakar setiap Rahkshi Kraata di Bara Magna.
Teridax mengklaim bahwa dia akan menghancurkan Bara Magna dengan energi gravitasi, sampai Mata Nui memaksa lengannya ke atas, menyebabkan Teridax mengirim gelombang energi ke bulan-bulan di atas. Mata Nui mendorong Teridax kembali ke salah satu bulan yang melaju, bulan hijau Bota Magna, yang dampaknya menghancurkan prosesor intinya, yang membunuh Teridax. Mata Nui kemudian meratapi saudara yang bisa ia miliki, dalam pikirannya.
Akhir cerita berakhir ketika Mata Nui menggunakan kekuatannya, dan kekuatan Topeng Kehidupan, untuk menyatukan Spherus Magna sekali lagi, untuk menyembuhkan mereka yang dimutasi oleh Pit Mutagen, untuk membawa kehidupan kembali ke planet ini, dan untuk merekonstruksi fitur geografis yang hancur. Ketegangan menyebabkan inti kekuatannya menghilang, menghancurkan robot prototipe. Ketika Glatorian dan Toa menemukan Ignika tanpa cedera di lokasi di mana Mata Nui berada, Mata Nui berbicara kepada mereka dari dalam Topeng Kehidupan. Dia memberi tahu mereka bahwa masa depan adalah milik mereka sendiri dan milik mereka untuk dibangun. Dia kemudian tetap tidak aktif di Ignika. Agori, Matoran, Toa, Glatorian dan yang lainnya memulai kehidupan baru di Spherus Magna.
Masa Depan Bionicle
Toyline Bionicle ditutup pada akhir tahun 2009, setelah set 2010 diselesaikan untuk dirilis, dan digantikan pada musim panas 2010 oleh Hero Factory, tema Lego yang kompatibel dengan set Bionicle. Namun meskipun demikian, cerita ini terus berlanjut dalam serial yang ditulis oleh Greg Farshtey secara online di BIONICLEstory.com.
