Kepulauan Yaeyama (八重山諸島 Yaeyama-shotō, juga 八重山列島 Yaeyama-rettō, Yaeyama: Yaima Okinawan: Eema) adalah kepulauan atau gugusan pulau di barat daya Prefektur Okinawa, Jepang. Luasnya 591,46 kilometer persegi (228,36 sq mi). Pulau-pulau tersebut berada di barat daya Kepulauan Miyako. Mereka adalah bagian dari kepulauan Kepulauan Ryukyu. Kepulauan Yaeyama adalah bagian Jepang yang paling jauh dari pulau-pulau utama. Di dalamnya terdapat pulau-pulau berpenghuni paling selatan (Hateruma) dan paling barat (Yonaguni) di Jepang. Kota Ishigaki berfungsi sebagai kepala politik, budaya, dan ekonomi Kepulauan Yaeyama.
Kepulauan Yaeyama memiliki banyak spesies tanaman subtropis dan hutan bakau. Pulau-pulau ini menghasilkan tebu dan nanas. Terumbu karang di sekitar pulau-pulau tersebut merupakan habitat ideal bagi lumba-lumba, penyu, dan ikan-ikan yang lebih besar seperti ikan pari Manta dan hiu Paus. Sebelum dimusnahkan oleh manusia, paus dan Dugong adalah hal yang umum. Yaeyama pernah memiliki populasi Dugong terbesar di Kepulauan Ryukyu. Di Pulau Aragusuku, ada Utaki yang telah mengistirahatkan Dugong dengan tengkorak mereka. Non-penduduk tidak diizinkan masuk kecuali mereka mendapatkan izin dari penduduk setempat. Dikatakan bahwa setiap pendatang tanpa izin akan diusir dengan paksa.
