SUNY diatur oleh Dewan Pengawas, yang terdiri dari enam belas anggota, lima belas di antaranya ditunjuk oleh Gubernur, dengan persetujuan Senat Negara Bagian New York. Anggota keenam belas adalah Presiden Majelis Mahasiswa SUNY. Dewan Pengawas menunjuk Kanselir yang menjabat sebagai Chief Executive Officer SUNY. Kanselir SUNY adalah Nancy L. Zimpher.
Negara bagian New York membantu membiayai sistem SUNY, yang, bersama dengan CUNY, menyediakan pendidikan tingkat perguruan tinggi berbiaya rendah bagi penduduk negara bagian. Mahasiswa SUNY juga berasal dari luar negara bagian dan 171 negara asing. Mahasiswa luar negara bagian dan asing membayar lebih banyak uang kuliah daripada mahasiswa dari Negara Bagian New York. Meskipun biaya kuliah lebih tinggi untuk mahasiswa non-residen ini, biaya kuliah mereka disubsidi oleh uang pembayar pajak Negara Bagian New York.
Untuk tahun akademik 2010-2011, biaya kuliah di sekolah-sekolah SUNY untuk gelar sarjana kurang dari dua pertiga biaya sebagian besar lembaga perguruan tinggi negeri lainnya di AS. Biaya kuliah di State University of New York di Buffalo untuk gelar sarjana adalah $ 7,772.75 per semester atau $ 15,545.50 per tahun untuk siswa non-residen. Biaya kuliah sarjana untuk mahasiswa non-residen di University of Maryland adalah $24,830.44 per tahun. Biaya kuliah dan biaya non-residen di University of Oregon adalah $25,830.00 per tahun.
Ada berbagai macam perguruan tinggi dalam sistem SUNY dengan beberapa spesialisasi yang tumpang tindih dari satu lokasi ke lokasi lainnya. SUNY membagi kampusnya ke dalam empat kategori yang berbeda: pusat universitas/lembaga pemberi doktoral, perguruan tinggi universitas, perguruan tinggi teknologi, dan perguruan tinggi komunitas. SUNY juga memiliki hubungan unik dengan perguruan tinggi hukumnya yang menyematkan perguruan tinggi yang didanai negara di dalam institusi lain seperti Cornell University dan Alfred University. Mahasiswa di perguruan tinggi wajib memiliki manfaat dari biaya kuliah yang disubsidi negara sambil menerima semua fasilitas kehidupan kampus dari institusi tuan rumah.
SUNY dan City University of New York adalah sistem universitas yang sama sekali berbeda. (Namun, keduanya adalah institusi publik yang menerima dana dari Negara Bagian New York). Selain itu, SUNY tidak boleh dikacaukan dengan University of the State of New York (USNY), yang merupakan organisasi payung pemerintah untuk sebagian besar lembaga yang terkait dengan pendidikan dan banyak personel yang terkait dengan pendidikan (baik negeri maupun swasta) di Negara Bagian New York, dan yang mencakup, sebagai komponen, Departemen Pendidikan Negara Bagian New York.
Perwakilan siswa
Pada tahun 1970-an, siswa meminta perwakilan suara di dewan pengatur perguruan tinggi SUNY. Pada tahun 1971, Badan Legislatif Negara Bagian menambahkan lima anggota siswa yang memiliki hak suara ke Dewan Pengawas Cornell. Pada tahun 1975, badan legislatif menambahkan kursi siswa non-voting ke dewan semua unit SUNY. Dua surat pendapat Jaksa Agung Negara Bagian New York mengurangi hak-hak parlementer para anggota mahasiswa untuk berpartisipasi dalam rapat. Dokumen-dokumen ini menunjukkan bahwa anggota mahasiswa sebenarnya bukan Pejabat Publik. Karena alasan ini, Jaksa Agung mengatakan bahwa para mahasiswa dapat dibawa ke pengadilan atas keputusan mereka. Pada tahun 1977, amandemen undang-undang lainnya membuat anggota mahasiswa dari dewan dan dewan SUNY tunduk pada NYS Public Officers Law atau NYS General Municipal Law dan memberikan kekuasaan parlementer kepada perwakilan mahasiswa untuk menggerakkan atau mengajukan mosi dan menempatkan item pada agenda badan-badan tersebut. Akhirnya, badan legislatif memberikan hak suara penuh kepada anggota mahasiswa pada tahun 1979, sehingga mahasiswa dari semua unit SUNY memiliki perwakilan suara, kecuali untuk NYS College of Environmental Science and Forestry. Akhirnya, pada tahun 1986, badan legislatif memberikan hak suara kepada perwakilan mahasiswa dari perguruan tinggi tersebut.