Guede diadili di Italia pada bulan Oktober 2008. Dia dinyatakan bersalah dan dijebloskan ke penjara selama 30 tahun.
Knox dan Sollecito juga diadili. Sollecito dijatuhi hukuman penjara selama 25 tahun, dan Knox selama 26 tahun. Mereka berdua mengajukan banding atas hukuman mereka.
Jaksa penuntut mengatakan bahwa Guede, Knox dan Sollecito membunuh Kercher bersama-sama. Pengacara Knox dan Sollecito mengatakan bahwa Guede membunuh Kercher seorang diri, dan menanggalkan pakaian dan memindahkan mayatnya beberapa jam kemudian. Pada bulan Juni-November 2009, pengacara mereka mengajukan bukti dan saksi untuk mendukung teori "serigala tunggal", bahwa Guede membunuh Kercher dan kemudian menanggalkan pakaian dan memindahkan mayatnya dari jendela kamar tidurnya di rumah tempat dia tinggal bersama Knox.
Guede telah mengklaim bahwa dia telah diundang ke rumahnya, sebagai kencan yang direncanakan dengan Kercher pada hari Halloween. Saat berada di rumahnya, dia mengklaim bahwa dia jatuh sakit, dan saat berada di kamar mandi, dia mendengar jeritan keras. Dalam ceritanya, Guede mengklaim bahwa dia melihat seorang pria Italia berambut coklat memegang pisau, di atas Kercher di lantai kamarnya. Dia kemudian mengklaim bahwa pria itu melawannya, dan berlari dari rumah, sambil berkata dalam bahasa Italia yang sempurna, "Trovato negro, trovato colpevole" ("ditemukan hitam, ditemukan bersalah"). Guede mengatakan bahwa dia mencoba menolong Kercher, karena Kercher mengalami pendarahan dengan cepat, tetapi dia menjadi takut dan lari dari rumah, tanpa memanggil polisi atau siapa pun untuk meminta bantuan. Guede telah mengatakan kepada para pejabat bahwa Kercher berpakaian lengkap ketika dia ditikam, dan dia meninggalkannya dengan selimut dan bantal di tempat tidurnya. Namun, saksi dan ahli CSI, dari Polisi Forensik di Roma, menyajikan bukti yang bertentangan dengan cerita Guede tentang malam itu:
· Guede mengklaim bahwa Kercher bertemu dengannya pada hari Halloween, tetapi teman-temannya bersaksi bahwa mereka pergi berpesta dengannya, dan tidak ada satupun dari mereka yang melihat Kercher berbicara dengan Guede.
· Guede mengklaim Kercher berpakaian lengkap ketika ditikam, tetapi bercak darah di kulitnya menunjukkan bahwa kaosnya ditarik di atas bra-nya ketika dia ditikam.
· Guede mengklaim bahwa bantal putih tetap berada di tempat tidur, tetapi bantal itu ditemukan di bawah tubuh, ditandai dengan cetakan sepatu kirinya (dari sepatu tenis Nike Outbreak 2) dan cetakan telapak tangannya yang berlumuran darah.
· Guede mengklaim bahwa dia tidak kembali menanggalkan pakaian dan memindahkan mayat tersebut, tetapi bra dan tali bra yang terputus memiliki DNA yang cocok dengan profil genetik DNA Guede, juga pada tubuh dan tas tangannya.
· Guede mengklaim bahwa dia tidak memecahkan jendela lantai atas di kamar tidur ketiga, tetapi hanya 5 hari sebelumnya, dia tertangkap basah sedang berada di sebuah sekolah di Milan, dengan komputer laptop dan telepon genggam yang dicuri dari kantor hukum yang dirampok dengan batu yang menerobos jendela lantai atas.
· Guede mengklaim bahwa dia tidak menikam Kercher, tetapi ketika tertangkap di dalam sekolah Milan pada tanggal 27 Oktober 2007, polisi setempat menggeledah ranselnya dan menemukan pisau dapur yang dicuri dari dapur sekolah.
Pada persidangan Guede, hakim dan juri tidak mempercayai klaim Guede, dan mereka menghukumnya atas pembunuhan tersebut. Dia tertangkap karena sidik telapak tangannya di bantal cocok dengan berkas kepolisiannya, termasuk insiden di sekolah Milan, ketika polisi Milan membebaskannya hanya 5 hari sebelum pembunuhan. Guede dijatuhi hukuman 30 tahun penjara, tetapi dikurangi menjadi 16 tahun setelah sidang banding pertamanya.
Dalam persidangan terpisah, baik Knox maupun Sollecito diadili atas pembunuhan itu, tetapi buktinya jauh lebih sedikit dibandingkan dengan Guede. Tidak ada saksi yang bersaksi bahwa mereka melihat atau mendengar Knox atau Sollecito memasuki atau meninggalkan rumah malam itu. Selain itu, sejumlah kecil DNA yang menghubungkan mereka dengan pembunuhan itu dalam jumlah yang sangat rendah sehingga bisa dianggap sebagai kontaminasi, dan DNA dalam jumlah kecil seperti itu tidak dapat diterima selama persidangan di pengadilan pidana Inggris atau AS. Meskipun banyak sidik sepatu yang ditemukan cocok dengan sepatu Nike Guede, tidak ada sidik sepatu yang cocok dengan sepatu yang diambil polisi dari rumah Knox dan Sollecito. Masalah utama tentang mereka adalah bahwa mereka mengatakan hal-hal yang tampak mencurigakan:
· Knox telah menulis pernyataan, selama interogasi polisi, di mana dia samar-samar ingat pergi ke rumah dengan bosnya dari tempat kerja, tetapi mengira itu adalah ingatan palsu, yang disarankan di bawah tekanan polisi.
· Knox bersaksi bahwa polisi, pada hari ke-4 pertanyaan, telah membuatnya terjaga sepanjang malam, tanpa makanan, kemudian berteriak, memukulnya, dan mengancam akan memenjarakannya selama 30 tahun kecuali jika dia menyebut nama seseorang. Namun, polisi bersaksi bahwa mereka tidak menggertaknya, dan sebaliknya Knox mulai menangis dan mengaku berada di dalam rumah.
· Pada hari mayat ditemukan, ketika polisi pos tiba, Knox dan Sollecito mengatakan mereka telah menelepon polisi, tetapi catatan telepon menunjukkan bahwa panggilan itu dilakukan beberapa menit setelah, bukan sebelum, mereka tiba.
· Sollecito, ketika menelepon polisi, mengatakan bahwa telah terjadi pembobolan rumah tanpa ada yang diambil, meskipun teman serumah lainnya belum kembali untuk menghitung barang-barang mereka.
· Mereka berdua mengaku bermalam di rumah berlantai 2 miliknya, tetapi mereka tidak bisa memastikan apa yang dilakukan orang lain di lantai bawah, atau apakah keduanya telah pergi.
· Sollecito mengatakan kepada polisi bahwa ayahnya telah meneleponnya di rumah sekitar pukul 23.00. Namun, catatan telepon kemudian menunjukkan bahwa dia tidak menerima panggilan seperti itu.
Karena tidak ada saksi lain yang bisa memastikan bahwa pasangan itu tinggal di rumahnya, selama pembunuhan di rumah Knox, mereka berdua dikirim ke pengadilan. Bukti-bukti yang memberatkan mereka sangat terbatas:
· Seorang pria, Hekuran K., mengklaim bahwa dia melihat ketiganya di jalan yang sedang hujan di dekat rumah pada malam itu, dan telah berdebat dengan mereka, tetapi hujan itu terjadi pada hari Halloween, bukannya malam sebelumnya. Ketika ditanya bagaimana dia tahu jam berapa mereka bertengkar, dia mengatakan bahwa dia memeriksa jam mobilnya, tetapi jam itu rusak. Ketika ditanya apakah dia telah berbicara dengan wartawan, dia mengatakan tidak kemudian ya.
· Saksi lain, seorang pria tunawisma, Antonio C. mengatakan bahwa dia melihat Knox dan Sollecito berbicara di alun-alun kota dekat rumah malam itu pada pukul 11-11:30 malam, dihitung dari jam di dekatnya, tetapi dalam pernyataan aslinya, dia mengatakan bahwa orang lain di dekatnya mengenakan topeng, seperti pada Halloween, malam sebelumnya.
· Catatan komputer menunjukkan bahwa komputer Sollecito digunakan pada pukul 9:10 malam dan dia tinggal setidaknya 10 menit dari alun-alun kota.
· Seorang ahli sidik jari menyatakan bahwa satu cetakan sepatu di bantal tempat tidur seukuran Knox, tetapi polanya tidak cocok dengan 22 sepatunya, dan ketika bantal itu dilipat, cetakan sepatu itu persis cocok dengan sepatu Nike Guede.
· Sebagian jejak darah di keset kamar mandi di dekatnya diklaim cocok dengan kaki Sollecito, tetapi para ahli bersaksi bahwa jejak itu sangat samar sehingga juga cocok dengan kaki Guede.
· Tidak ada rambut, serat pakaian, kulit atau sidik jari Knox atau Sollecito yang ditemukan di kamar Kercher.
· Tidak ada pakaian, sepatu, atau pisau berlumuran darah yang ditemukan di rumah mereka, atau di mobil Sollecito.
· Sebuah pisau yang diambil dari dapur Sollecito, dengan DNA Knox pada gagangnya, diklaim cocok dengan sejumlah kecil DNA Kercher di dekat ujungnya, tetapi pisau itu terlalu besar untuk membuat dua dari tiga luka tusukan, dan dinyatakan negatif untuk residu darah di mana pun.
Ketika Knox divonis bersalah dalam persidangan pertama, putusan itu dipertanyakan oleh beberapa orang sebagai "anti-Amerika", tetapi Sollecito juga divonis bersalah pada saat yang sama.